Git仓库某一个文件夹里的文件离奇丢失的问题

最近我在开发一个智能硬件产品的项目，涉及了硬件、软件两个方面，用同一个git项目的不同分支进行协同，例如硬件小伙伴使用hardware分支，软件小伙伴使用software分支，分支间差异较大，例如hardware分支就是纯电路图，software分支就是纯代码的情况；

software分支引用了一些开源的代码，Simpleini和Arduino-IRremote，直接通过git clone方式获取到开发的文件目录中，在software分支上各种提交操作等，未发现异常情况，直到有天我切到了hardware分支，然后再切回去，发现Simpleini和Arduino-IRremote文件夹中的文件都不见了，然后我去gitcaft上查看已经push到远端仓库的内容，发现这里是这样的：

这两个文件夹都是点不开的，而且丢失文件的文件夹后面都被追加了 @****（正好是我引用代码处的提交点） ，原来该文件夹的内容根本就没有被跟踪上；文件都没有被跟踪上，也就更无法使用git 恢复了；

对此问题百思不得其解，google各种解决方案，看到一句话警醒了我：

好激动，我又重新从github上获取了代码，将相应的.git文件夹都删掉，如下图：

然后先在我自己的git项目路径，执行git rm指令删除那两个异常的文件夹，或直接手动删掉那两个文件夹；

将新的代码再次放入原有目录，先后执行add、commit、push，然后查看gitcafe的代码，一切正常了；

如果引用了第三方的代码，还想加入自己的项目中，又还不想删掉里面的.git目录，那还有种方法是将其作为本项目的子模块，参考（这种方式我没有验证过，仅供大家参考吧）：https://git-scm.com/book/zh/v1/Git-%E5%B7%A5%E5%85%B7-%E5%AD%90%E6%A8%A1%E5%9D%97