范中豪
范中豪

使用3D Slicer进行颅骨去除

关于3D Slicer的下载、安装及模块安装在上一篇博客中以及介绍过，以下将专注于使用3D Slicer进行颅骨去除

准备

此次，我们需要安装SwissSkullStripper模块，安装后需要重启软件才能使用该模块

使用SwissSkullStripper模块，如图划线部分，点击Help，会出现蓝色链接，点击可进入官网
使用3D Slicer进行颅骨去除_第1张图片

在官网界面，我们可以看到两个下载链接，这两个图谱文件（atlas image、atlas brain mask）是我们进行接下来操作需要使用的
使用3D Slicer进行颅骨去除_第2张图片

下载下来之后把它们保存在无中文名字的文件夹内待用，并修改文件名分别为Atlas.mha和AtlasMask-label.mha（atlas image.mha -> Atlas.mha，atlas brain mask -> AtlasMask-label.mha）

使用

在3D Slicer中分别载入需要进行颅骨去除的文件和刚刚下载的两个备用文件

点击File，点击Add Data即可出现下面载入文件的界面，将上述文件导入即可
使用3D Slicer进行颅骨去除_第3张图片

最后一次在选择Input, Output 和 Atlas，最后点击Apply，即可生成去除颅骨的图像
使用3D Slicer进行颅骨去除_第4张图片

注意Output最好选择Create new Volume，这样生成的文件不会覆盖我们之前导入的文件。Altas部分就是导入我们之前在官网下载的两个图谱文件

效果
使用3D Slicer进行颅骨去除_第5张图片

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