生信入门(软件/技巧)概览

序言

仔细思考一下自己近几年来所使用过的软件，真的感受到了某些软件对处理数据的效率提升，是十分显著的。然后每每跟别人安利这个那个软件总是很费口舌，然后大多数时候别人也不可能听一遍就会了，所以说还是通过一篇文章来总结一下，可以节省超级多时间的一个入门软件的概览好了~~

软件/技巧目录

• tmux 永远不断线的terminal
• htop 丰富的监控软件
• jupyter lab 强大的交互python终端
• snipaste 便签纸体验的截图工具
• ranger 终端界面的文件浏览器
• zsh 高效、流畅的终端

tmux

如果是一个拥有服务器的生信人员的话，那么使用远程的服务器肯定是日常的一环，毕竟现在流行的轻便的工作站、笔记本，然后把大部分的钱花在一台比较好的服务器上，因为基因组数据的日益增大，服务器的储存空间也可以远远超过个人的笔记本。
所以这里介绍一个软件tmux，tmux是一个分屏工具，但是对我来说，其最重要的作用是

保持连接

由于tmux属于一个在终端/服务器层面上的图形界面软件，所以即使你因为网络波动、停电、win10更新、改变工作地点等等的原因导致你连接的服务器的终端被关闭，也不用担心自己的terminal会被关闭。

可以用一句话来说，在tmux下打开的每一个终端都相当于运行在了后台，你能看到的它的原因。仅仅是因为tmux捕获了这个运行在了后台的程序，并通过它，把你的输入传递给它，把它的输出可视化到了挡墙屏幕上。

tmux真实例子

htop

在使用服务器时，我们都会被告知存在一个叫top的工具，可以观察当前服务器运行的任务以及当前服务器的状态，但是top的界面真的就十分的简单和粗糙。像极了上个世纪DOS界面的产物。

后来我发现了htop，作为top的升级版，一来继承了top的特点，又添加了很多语法高亮以及丰富的功能。所以也成为了进行监控服务时候的首选吧。
甚至可以看到别人所输入的命令，从而可以借鉴别人的代码或者直观的看到别人所使用的线程数。

htop 例子

jupyter lab

由于我绝大部分时间使用的语言都是python，所以一个好的python交互界面绝对可以大大节省我的时间。例如可以保存之前的输出结果。可以自动补全历史命令。可以内嵌绘图结果。可以自动补全module、命令等。

而jupyterlab作为一个Notebook的升级版，一方面内嵌了notebook的所有功能，另外一方面也增加了诸如文件管理器、终端以及众多的插件支持的部分。所以使用这个东西也成为了我的日常，一旦涉及到了需要进行交互式绘图的环节，使用notebook也成为必备的过程。

如何使用在远程服务器上使用jupyterlab？
在远程的服务器上工作最痛苦的一点就是交互。所以每一个便捷高效的软件都在竭尽全力的使得用户更加高效、流畅的毫无障碍的在远程和本地使用该软件。
jupyterLab就做得很好，因为它本身就是基于网页的，所以对此没有什么问题。
主要的过程就是通过ssh远程访问服务器上打开的jupyterLab
ssh -N -f -L localhost:8888:localhost:8889 remote_user@remote_host
需要注意的是，这里的localhost:8888与localhost:8889的差异，千万不要死记硬背，而是通过理解去记忆它才能在之后灵活的使用不同的参数。
前者指的是本地的8888端口，而后者指的是，当你登录到remote_user@remote_host时，所使用的的端口8889，所以一旦你需要进行多次跳转时，就一定要牢记这一点。

jupyterLab

snipaste

这个也是少有的在微软商店发现的好用的软件，虽然是微软商店上的项目，但是似乎mac上也有兼容的版本。所以需要的话大家可以自己找一找。

截图工具之前一直使用的都是qq，真是跟网友们讲的一样了，我唯一还是用qq的原因是因为要用来截图。所以后来我找了很多截图工具，这个snipaste最让我喜欢的一个功能是贴到屏幕上，就像便签纸一样

便签纸的功能可以做什么呢？
就像excel中的首行冻结一样，可以把别的地方的信息部分截取，然后方便的挪动到另外一个地方来进行对比，毕竟很多时候切换来切换去就会花很多的时间。不如直接把一边的信息截图，然后在另外一边照抄一遍。

便签纸 功能演示

ranger

这个ranger我之前应该也有推荐过，这里就贴个图就好了。
灵活的服务器文件管理器-ranger

ranger 例子

** oh-my-zsh
zsh绝对是所有终端中最为定制化的一个，但是由于它复杂的定制化，所以大部分人就会望而却步。还好github上的活雷锋们没有放弃这一个终端，提供了一个帮助定制化zsh的项目。

通过 oh-my-zsh就可以方便使用zsh的诸如 自动补全历史命令，记录历史地址的功能

自动补全历史命令
这说是一个很简单的功能，但是也真的节省了大量的时间，不然每次都得重新的输入history | grep blabla就会十分的奔溃。。。

其它高效的软件推荐

• pycharm 终极的python IDE
• Filezila 方便的文件传输管理器
• MobaXterm功能强大且用户友好免费的 SSH终端
• Zotero 强大的文献管理工具
• 滴答清单 个人日历任务管理软件

结尾

简单总结一下，希望大家可以更为高效的处理数据吧，最能提高效率的还是自己个人操纵数据的技术的上升呀~~