基因测序环境配置过程

安装环境： ubuntu16.04

步骤一：安装R语言

步骤二：安装CloneVB_1.0.tar

步骤三：安装samtloos

安装地址：http://www.010lm.com/roll/2016/0620/2343389.html

步骤四：下载Var Scan2

步骤五：下载参考序列文件ref.fa

下载地址：http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#human

步骤六：用samtools对样本进行排序等处理

##利用samtools分别对normal样本和tumor样本的bam格式文件进行排序

$ samtools sort tumor.bam tumor.sorted

$ samtools sort normal.bam normal.sorted

##利用samtools对排序后的bam文件建立索引（tumor.sorted.bam及其索引在同一文件夹下）

$ samtools index tumor.sorted.bam

$ samtools index normal.sorted.bam

##利用samtools生成pileup文件(ref.fa为参考序列文件)

$ samtools mpileup -f ref.fa normal.sorted.bam > normal.pileup

$ samtools mpileup -f ref.fa tumor.sorted.bam > tumor.pileup

##使用VarScan2得到后缀为snp和copynumber文件

$ samtools mpileup -q 1 -f ref.fa normal.sorted.bamtumor.sorted.bam | java -jar VarScan.jar copynumber output --mpileup 1--min-segment-size 100 --max-segment-size 200

$ java -jar VarScan.jar somatic normal.pileup tumor.pileup output--min-coverage-tumor 1 --somatic-p-value 0.01 --min-var-freq 0.05--min-freq-for-hom 0.3