生物信息基本概念

染色质环

在哺乳动物细胞核内，由于染色质浓缩聚合的
性质，导致基因纤维上两个远端位点会产生随机碰
撞而以较低的频率相互作用。然而，在某些确定的
基因位点间，这种远距离互作的频率却显著高于预
测值。在 sub-Mb 分辨率的 Hi-C 互作图谱中，这些
远距离互作的位点大量存在，它们构成了染色质稳
定结构的基础，或直接参与转录等调控过程。因此，
由基因位点的远距离互作而介导染色质纤维折叠形
成的环状结构，称之为“Chromatin loop”，即染色质
环。

单倍型haplotype

单倍型是存在于染色单体内具有统计学关联性
的一类单核苷酸多态性 (single nucleotide
polymorphisms, SNPs)，Hi-C 技术能够使DNA 片段
在全基因范围内进行单倍型组装

研究还发现，
与疾病相关的 SNPs 位点明显富集在基因的互作区
域，暗示着远距离突变可能会破坏相关基因的表达
调控而导致疾病的发生

3C染色体构像捕获技术（chromosomeconformationcapture）

第一步，固定。
使用固定剂（常为甲醛）将靠近染色体的２个区域相连，固定剂在这里发挥了“双面胶”的双向抓牢作用，使原本结构可变的染色体“静止”，以利于后续操作。如果一条染色体内部被固定，常形成环状结构。

第二步，酶切。
对固定后的染色体使用限制性内切酶处理。
一般使用识别６碱基的限制性内切酶进行操作，理论上每４０９６（４６）个碱基就存在一个酶切位点。通过酶切，可将环内部剪切为多个片段。

第三步，连接。
使用ＤＮＡ连接酶使切断的ＤＮＡ片段重新连接，形成一个ＤＮＡ环。

第四步，解环。
被固定的ＤＮＡ解除交联，使环状ＤＮＡ线性化。

第五步，扩增。
例如，原来线性ＤＮＡ存在Ａ—Ｅ共５个片段，推测形成空间结构后，Ａ和Ｅ可能靠近，因此在Ａ片段和Ｅ片段靠近限制性内切酶识别位点之处，设计引物，并以线性ＤＮＡ为模板，进行半定量或定量的聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增。

第六步，判定。
根据不同引物组合的扩增效率，确定２个片段空间靠近的概率。

目的：３Ｃ技术主要确定“一对一”关系，就是线性距离较远的２个ＤＮＡ片段之空间关系。

Chip-loop 技术

Hi-C(High throughput 3C 高通量3C技术)

CHIA-PET