生信分析 - 常用命令 - 持续更新

有的命令玩着玩着又忘了，好悲哀。

（都是Linux的东西，如果不会linux的话，可以移步虚拟机安装那篇，链接就不做了，要是这点手都不动的话，估计装了虚拟机也会没有下一步了，公众号swxxxt有编程学习内容）。

001. SRA数据下载：

　　准备ID：

　　/vol1/srr/SRR672/005/SRR6728405 分别为 * * SRR号头/SRR号最后一位/SRR号

　　下载：

　　ascp -v -QT -l 400m -P33001 -k1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --user era-fasp --file-list ID ./

　　*注：ascp是默认下载到home的

　　拆分reads（当然，你要是不给原始文件，它会去找资源给你下载的，是不是很智能？智能才怪，前面的reads白下了，如果网速慢的话，还是先下载SRA格式吧，至于解压快还是直接下载快，并不清楚，因为今天的网速还可以，反正怎样都吃IO和CPU）：

　　fastq-dump --split-3 SRR* 拆分为三个fastq文件（其他参数不表）

　　 for i in `ls SRR67* | grep -v fastq` ; do echo "fastq-dump --split-3 $i & "