SNP检测，就用飞行时间质谱(MALDI-TOF)法，超精准！

全称Single Nucleotide Polymorphisms，是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括转换、颠换、缺失和插入，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富。从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式,但实际上发生的只有两种，即转换和颠换,二者之比为2:1。SNP 在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T ,原因是CG中的胞嘧啶常被甲基化,而后自发地脱氨成为胸腺嘧啶。

一般而言,SNP 是指变异频率大于1 %的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ,人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×10^6 个 。因此,SNP成为第三代遗传标志,人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关。

遗传疾病诊断、致病候选基因研究、药物筛选研究、分子标记辅助育种、群体遗传研究等领域都会涉及到SNP分型分析。

SNP基因分型的常见方法有：

Taqman 探针法、SNaPshot法、飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）分型、HRM（高分辨率熔解曲线）分型等技术平台。其中，基于时间飞行质谱（MALDI-TOF）完成的SNP检测准确率可达99.9%，除了准确性高、灵活性强、通量大、检测周期短等优势外，最有吸引力的应该还是它的性价比。飞行时间质谱平台（MALDI-TOF）是国际通用的基因单核苷酸多态性（SNP）的研究平台，该方法凭借其科学性和准确性已经成为该领域的新标准。

为此，我们推荐使用Solis BioDyne，增强掺入非常规核苷酸效率的TERMIPol ® DNA聚合酶，适合用于MALDI-TOF质谱法和其他引物延伸平台。

以Agena 平台为例：《MassARRA系统》

原理：首先通过PCR扩增出含有SNP位点的一段DNA（SNP位点前后各50bp左右），然后用SAP酶去除掉PCR 体系中剩余的脱氧核糖核苷三磷酸（dNTP）和引物，然后加入一单碱基延伸引物，其3’末端碱基紧挨SNP位点，采用四种ddNTP替代dNTP。这样，探针在SNP位点处仅延伸一个碱基，连接上的ddNTP与SNP位点的等位基因对应。用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 检测延伸产物与未延伸引物间的分子量差异，确定该点处碱基。

实验流程如下：

1.PCR扩增含有目的SNP 的DNA序列，并通过纯化去除未结合的dNTPs

2.iPLEX单碱基延伸：纯化后的PCR产物，针对每个靶点SNP设计一条延伸引物，在以ddNTPs为底物的体系中进行单碱基延伸，每个SNP的等位基因延伸产物仅为末端一个碱基的差异。

3.纯化，并将产物转移到SpectroCHIP芯片上，进行质谱检测，同一个SNP的等位基因由于分子量不同，形成不同的检测峰而被区分。

Solis BioDyne的TERMIPol® DNA Polymerase将会用于上图中的单核苷酸延伸中

已发表文章：

【1】Bormann, Felix Georg et al. “Epigenetic regulation of Amphiregulin and Epiregulin in colorectal cancer.”International journal of cancer144 3 (2019): 569-581 .

【2】Wilcke, Arndt et al. “The role of gene DCDC2 in German dyslexics.”Annals of dyslexia59 1 (2009): 1-11 .

【3】Ikryannikova, L N et al. “A MALDI TOF MS-based minisequencing method for rapid detection of TEM-type extended-spectrum beta-lactamases in clinical strains of Enterobacteriaceae.”Journal of microbiological methods75 3 (2008): 385-91 . 【4】Sauer, Sascha et al. “Single-nucleotide polymorphisms: analysis by mass spectrometry.”Nature Protocols1 (2006): 1761-1771.

 除了上述的高端的分子诊断神器，Solis BioDyne为客户提供终点PCR（end-point PCR），qPCR（real-time PCR），反转录PCR（Reverse transcription），以及其它PCR所需的配套试剂。产品线纵览图如下：

Solis BioDyne来源于欧盟-爱沙尼亚共和国，自1995年以来，Solis BioDyne一直致力于开发和生产高品质的生命科学试剂，现已成为当今欧洲领先的试剂供应商之一。高标准的生产标准和服务使Solis BioDyne成为全球值得信赖的首选PCR供应商。我们的DNA聚合酶，PCR Master Mixes，qPCR Mixes和其它试剂被全球110多个国家的研究者所使用，包括顶级研究机构和生物技术公司。

Solis BioDyne拥有独家的蛋白质稳定技术专利，确保其PCR酶与PCR Mixes产品具有极高的稳定性，研究者可以常温运输以及常温下配置PCR反应体系（无需冰盒）。即使是室温放置30天，其酶活性也没有损耗。   作为Solis BioDyne在中国的区域总代理，艾美捷科技有限公司将为中国客户提供最全面的Solis BioDyne产品以及订制服务。  

想要了解更多，欢迎关注公众号：amyjetsci