生物信息学(BioInfo) - Linux 常用操作

切换目录

cd

参数	效果
无参数 或 ~	返回home目录
..	切换到上级目录
-	切换至之前工作的目录

打印文件（目录）列表

ls

（不作特殊说明时，下文“所有文件及目录”等表达指不包含隐藏文件的所有文件及目录）

参数	效果
-a	列出当前目录所有文件及目录，包括以”.”开头的隐藏文件、以”..”开头的有父目录的文件
-A	列出当前目录所有除”.”、”..”开头的文件及目录
-l	列出当前目录所有文件、目录及其所有者、文件大小、修改日期、文件权限、文件类型等详细信息
-g	同”ls -l”命令但不显示所有者
-G	同”ls -l”命令但不显示组
-s	列出当前目录所有文件、目录及其大小
-t	以修改时间顺序列出当前目录所有文件、目录
-S	以大小顺序列出当前目录所有文件、目录
-R	“递归”列出当前目录所有文件及所有目录的子文件、子目录
-h	以容易理解的方式列出当前目录所有文件、目录的大小
-F	列出当前目录所有文件及目录并进行区分，目录以”/”结尾
-r	倒序列出当前目录所有文件、目录
-i	列出当前目录所有文件、目录及它们的索引节点号

新建文件

touch

参数	效果
无参数	创建一个空文件，如touch file1

新建目录

mkdir

参数	效果
-p	递归创建目录，如 mkdir -p directory1/directory2，创建包含目录2的目录1
-m permission	创建权限为permission的目录

复制文件

cp

参数	效果
-R	递归复制，如 cp -R directory location，把目录directory连同其所有文件和子目录复制到目录location中
-p	保持源文件或源目录的属性
-i	复制过程中可能出现覆盖的情况时，询问用户
-f	强制复制文件或目录，无论目标目录是否存在，不存在则创建
-d	当复制符号连接时，把目标文件或目录也建立为符号连接，并指向与源文件或目录连接的原始文件或目录
-a	等同于-dpR

移动/重命名文件

mv

参数	效果
无参数	如mv source target，当target不存在时，将source重命名为target，重命名时必须满足源位置与目标位置相同；当target存在时，用source覆盖target
-v	打印移动信息
-i	如有产生覆盖的情况，询问用户
-n	不进行覆盖操作
-f	强制覆盖
-u	若源文件（源目录）比目标文件（目标目录）新，则覆盖
-b	若目标文件（目标目录）被覆盖，则对其先进行备份，备份文件（备份目录）在原名字后带上”~”

删除文件/目录

rm

参数	效果
-f	强制删除
-i	删除前询问用户
-r	递归删除目录和目录中的所有文件和子目录

rmdir

• 删除空目录

读取文本文件

cat

参数/方法	效果
无参数	显示文件全部内容
-n	对输出的所有行编号
-b	对非空输出行编号
-s	若有连续的空行，则只输出一行空行
> << EOF	创建文件或向已有文件追加内容，如 cat > file << EOF，创建file(向file追加内容)
>	合并文件，如cat file1 file2 > fileN，将file1和file2合并为fileN，若fileN已存在，则清空fileN再合并内容
file1 file2 … >> fileN	将多个文件的内容追加到fileN

more

参数/方法	效果
-s	连续空行显示为一行
-num	一页显示num行
+num	从第num行开始显示
-p	先清除原显示内容，再显示新内容
-c	先显示新内容，再清除原显示内容
-d	提示使用者用space键继续，q键退出，同时禁用响铃
+/pattern	在显示前搜索字符串pattern，然后从pattern前两行开始显示
/pattern	向下搜索字符串pattern
q键	退出
=键	输出当前行的行号
Ctrl + F 或 Space键	向下滚动一屏
Ctrl + B	向上滚动一屏

less

• 包含more所有操作，只需将more替换为less

参数/方法	效果
-N	显示每行的行号
?pattern	向上搜索字符串pattern
n	重复前一个搜索
↑键 或 ↓键	向上一行或向下一行
PageUp键 / B键 或 PageDown键	向上翻一页或向下翻一页

查看命令历史

history

参数	效果
无参数	返回一个列表，列表中包含曾经使用过的上15条命令
-number	返回一个列表，列表中包含曾经使用过的上number条命令
!number	运行编号为number的历史命令

管道操作

|

• command1 | command2
  将command1的输出作为command2的输入

统计

wc

参数	效果
-l	统计行数
-L	返回最长行的长度
-w	统计词数
-m	统计字符数
-c	统计字节数

比较

diff

参数	效果
无参数	比较两个文件或目录中的同名文件
-a	若处理的文件不是文本文件，则当做文本文件处理
-b	忽略空格进行比较
-B	忽略空行进行比较
-c	显示全部文本内容并对差异处进行标识
-H	利用试探法加速大文件的搜索
-i	忽略大小写进行比较
-n	将结果输出为RCS格式
-N	在比较目录时，若两个目录中只存在一个比较文件，则将该文件与空文件比较
-q	仅显示有无差异，不显示详细信息
-r	递归比较子目录中的文件
-T	在每行前加上tab对齐
-u	以合并的方式显示差异内容
-w	忽略全部空格进行比较

搜索

grep

参数	效果
无参数	如 grep ‘pattern’ file，在文件中检索字符串pattern
-num	如grep -3 ‘pattern’ file，同时显示匹配行的上下3行
-c	只显示匹配行的行号，不显示匹配内容
-h	当检索多个文件时，不显示匹配文件的文件名
-i	忽略大小写进行检索
-l	显示匹配的文件名
-L	显示不匹配的文件名
-n	在匹配的行前显示行号

排序

sort

参数/方法	效果
-b	忽略每行前的空格字符
-c	检查文件是否已排序
-f	忽略大小写进行排序
-n	按照数值大小排序
-o	如sort file1 -o file1，对file1进行排序操作，并将排序结果替换原文件的内容
-r	以相反顺序进行排序
-u	删除排序结果中重复的行
>	如sort file1 > file2，将file1的排序结果输入到file2中

修改文件/目录权限

chmod

参数	效果
-R	递归修改权限
who	修改权限的对象，有u（用户）、g（同组用户）、o（其他用户）、a（所有用户）四种

• + 或 - 或 =
  +：增加权限
  -：删除权限
  = ：重新设定权限

• permissions
  r：可读
  w：可写
  x：可执行

#例如：
chmod u+w file

查看进程

jobs

查看当前终端后台的进程

ps

参数	效果
-A	显示所有进程
-a	显示现在终端的所有进程，包括其他用户的进程
-p	显示进程使用CPU的时间，如ps -p pid，显示ID号为pid的进程的使用CPU时间
-u	显示以用户为主的进程
-x	通常与au连用，-aux，显示更为详细的信息

top

参数	效果
无参数	显示CPU占用最多的运行进程的信息列表
-c	切换显示命令名和完整命令行
-d	设置刷新的时间间隔
-i	不显示闲置进程和僵死进程
-M	按驻留内存大小进行排序
-p	监控特定进程的状态，如top -p pid，监控ID号为pid的进程状态
-P	按CPU使用百分比大小进行排序
-q	无延迟进行刷新
-s	安全模式进行监控
-T	按时间进行排序

修改进程状态

bg

• %pid
  将ID号为pid的后台进程置于运行状态
  ps.实现将前台进程放至后台运行：先用Ctrl + Z将前台进程在后台挂起，然后用jobs命令查看后台进程的ID号pid，最后用bg %pid使进程在后台运行

fg

• %pid
  将ID号为pid的后台进程调至前台运行

kill

• pid
  终止ID号为pid的进程
  如kill 5，终止ID号为5的进程

查看磁盘使用情况

df

参数	效果
无参数	无对象时对象为默认文件系统，可将特定文件系统作为对象
-a	显示所有文件系统的磁盘使用情况
-h	以人类易读的方式显示大小
-i	显示文件系统的索引节点信息
-k	按块（1024字节）大小显示文件系统的磁盘使用情况
-l	只显示本地文件系统的磁盘使用情况
-m	按块（1M）大小显示文件系统的磁盘使用情况
-t	只显示特定文件系统类型的文件系统的磁盘使用情况，如df -t ext4，只显示ext4类型的文件系统的磁盘使用情况
-T	显示已挂载的文件系统的类型
-x	显示除特定文件系统类型外的文件系统的磁盘使用情况，如df -x ext3，显示除ext3类型外的文件系统的磁盘使用情况

修改密码

passwd

参数	效果
无参数	直接进行密码修改操作
-d	删除用户密码，仅root权限操作
-f	强制操作
-l	锁定用户无权更改密码，仅root权限操作
-S	查询用户的密码状态，仅root权限操作
-u	解除对用户的密码锁定，仅root权限操作

其它命令

• pwd
  返回当前目录的绝对路径值

• man
  命令行帮助

• clear
  清空终端窗口

• exit
  退出当前终端

通配符

• ~
  表示根目录

• .
  当前目录

• ..
  上级目录

• *
  缩略表达，如 cat* 表示以”cat”开头的所有名字，*opt 表示以”opt”结尾的所有名字，cat*opt 表示所有以”cat”开头并以”opt”结尾的名字

• ?
  缩略表达，与 * 可表示多个字符不同，一个 ? 仅表示一个字符，如cat???opt表示以”cat”开头、”opt”结尾、中间有三个字符的所有名字

快捷键

组合	效果
Ctrl + A	将光标移至输入行头
Ctrl + D	键盘输入结束或退出终端
Ctrl + E	将光标移至输入行末
Ctrl + K	从光标所在位置删除至行末
Ctrl + L	清空屏幕
Ctrl + S	暂停当前程序，暂停后按任意键恢复运行
Ctrl + C	结束进程
Ctrl + Z	挂起进程并放在后台
Alt + Backspace	向前删除一个单词
Shift + PgUp	将终端显示向上移动
Shift + PgDn	将终端显示向下移动