由于博主最近在学习大数据的基础,避免不了要搭建以hadoop,hbase,hive等软件为基础的环境,这一路的bug可谓是层出不穷啊!在历经万苦后终于将前面的都安装好了,顺利了一会儿,没想到在数据可视化的R语言这又出现了问题!该开始的问题是Ubuton无法更新源头的问题,反复尝试始终没法解决,后面回想起当初安装MangoDB也是遇上了这样的情况,虽然无法使用最新版,但没办法初学者一时也找不出啥问题只好使用ubuton系统自带的R语言包了!
使用R语言进行可视化必须要安装四个依赖库:RMySQL,ggplot2,devtools,taiyun/recharts。
然而就是这里出现问题:使用install.packages('RMySQL')安装RMySQL提示
package ‘panelvar’ is not available(for R version 3.2.3)
开始我以为是自己的R语言安装版本过低不支持RMySQL的安装然后没办法就百度各种R语言卸载的方式,看得我实在是眼花缭乱,就百度了报错的原因,果然不是位R语言版本的问题,也还算可以,不用卸载R语言包了。
命令前有>
表示在R交互环境执行,没有>
表示在终端命令模式执行。
sudo apt-get install libmariadb-client-lgpl-dev
然后使用:
> install.packages('DBI')
安装DBI。
下载RMySQL的离线安装包:地址: https://cran.r-project.org/web/packages/RMySQL/index.html
R CMD INSTALL RMySQL_0.10.14.tar.gz
使用如上命令安装RMySQL,更改为自己的安装包名字,同时要在安装包所在位置下执行该命令!
假如依旧报错,唉嘿嘿嘿,终于不要屈服与系统了,接下来可以使用以下的命令安装
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("包名")
如果安装DBI的时候安装不了,也可以使用该命令,亲测有效哦!我是用了这个方法安装了DBI然后再用离线方式安装了RMySQL
如果还不行?
唉,我该怎么说才好呢?
没关系,木叶永不言败!终极奥义:
首先登录网址:
https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive
或者
https://cran.r-project.org/src/contrib/00Archive
该网址几乎包括了R语言的所有依赖包,可以找到每个软件的不同版本
之后如下操作就可以了;
进入R
$ R
> packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_1.0.1.tar.gz"
> install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source)
进行安装时可能会跳出错误如:
ERRO:dependencies 'plyr' , 'digest' are not available for package 'ggplot2'
removing '/media/cx/HDDF/PipeLine/RNA_ref_2016/software/R-3.2.3/libarary/ggplot2'
这是因为缺少‘plyr’和‘digest’两个依赖库,所以在进行ggpplot2的安装时应该用同样的方法先安装‘plyr’和‘digest’两个依赖库。
安装其他依赖库的同时可能还会报错如:
* installing *source* package ‘RCurl’ ...
** 成功将‘RCurl’程序包解包并MD5和检查
checking for curl-config... no
Cannot find curl-config
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/dav/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/RCurl’
ERROR: configuration failed for package ‘xml2’
这是因为缺少安装四个组件:安装命令:
sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libssh2-l-dev
sudo apt-get install libcur14-openssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev
博主遇上的暂时只有这三个,假如还有其他的,可以自行百度一下安装方式,应该是大同小异的;
到此R语言的配置就安装好啦!
最后执行
>devtools::install_github('taiyun/recharts') 安装taiyun/recharts
可以在R的交互环境下查看安装的包:命令
>.packages(all.available=TRUE)
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用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。R是个合作计划,有许多人为之做出了贡献.
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用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。
用'q()'退出R.> .packages(all.available=TRUE)
[1] "askpass" "assertthat" "backports" "BH"
[5] "BiocInstaller" "bitops" "boot" "brew"
[9] "callr" "class" "cli" "clipr"
[13] "clisymbols" "cluster" "codetools" "colorspace"
[17] "crayon" "curl" "DBI" "desc"
[21] "devtools" "dichromat" "digest" "evaluate"
[25] "fansi" "foreign" "fs" "ggplot2"
[29] "git2r" "glue" "gtable" "htmltools"
[33] "htmlwidgets" "httr" "ini" "jsonlite"
[37] "labeling" "lattice" "lazyeval" "magrittr"
[41] "MASS" "Matrix" "memoise" "mgcv"
[45] "mime" "munsell" "openssl" "pillar"
[49] "pkgbuild" "pkgconfig" "pkgload" "plyr"
[53] "prettyunits" "processx" "ps" "R6"
[57] "rcmdcheck" "RColorBrewer" "Rcpp" "RCurl"
[61] "recharts" "remotes" "reshape2" "rlang"
[65] "RMySQL" "roxygen2" "rpart" "rprojroot"
[69] "rstudioapi" "rversions" "scales" "sessioninfo"
[73] "stringi" "stringr" "survival" "sys"
[77] "tibble" "utf8" "viridisLite" "whisker"
[81] "withr" "xml2" "xopen" "yaml"
[85] "base" "compiler" "datasets" "graphics"
[89] "grDevices" "grid" "KernSmooth" "methods"
[93] "nlme" "nnet" "parallel" "spatial"
[97] "splines" "stats" "stats4" "tcltk"
[101] "tools" "utils"
>
警告:如果明明安装成功了,但查询不到已经安装的包的时候,看看是不是用的用su- 调用了别的用户安装,如果是那么必须要从该用户进入R环境方可以查询到。博主就是在普通用户上调用了root用户,因为可能要使用达到sudo命令.
大部分包都可以通过这几个方法安装成功,有时候用这个办法不成功,用另外几个方法又能成功,这就需要大家自己去尝试了
最后附上几个贴子的链接:
https://jingyan.baidu.com/article/4ae03de3cade393eff9e6bfc.html
http://bi.dataguru.cn/thread-348303-1-1.html
http://blog.sina.com.cn/s/blog_838d33c00102vug9.html
https://blog.csdn.net/Flyfish111222/article/details/79836813