大数据----------------R语言下依赖库与依赖包的安装

由于博主最近在学习大数据的基础,避免不了要搭建以hadoop,hbase,hive等软件为基础的环境,这一路的bug可谓是层出不穷啊!在历经万苦后终于将前面的都安装好了,顺利了一会儿,没想到在数据可视化的R语言这又出现了问题!该开始的问题是Ubuton无法更新源头的问题,反复尝试始终没法解决,后面回想起当初安装MangoDB也是遇上了这样的情况,虽然无法使用最新版,但没办法初学者一时也找不出啥问题只好使用ubuton系统自带的R语言包了!

使用R语言进行可视化必须要安装四个依赖库:RMySQL,ggplot2,devtools,taiyun/recharts。

然而就是这里出现问题:使用install.packages('RMySQL')安装RMySQL提示

package  ‘panelvar’  is   not    available(for   R     version   3.2.3)

开始我以为是自己的R语言安装版本过低不支持RMySQL的安装然后没办法就百度各种R语言卸载的方式,看得我实在是眼花缭乱,就百度了报错的原因,果然不是位R语言版本的问题,也还算可以,不用卸载R语言包了。

命令前有>表示在R交互环境执行,没有>表示在终端命令模式执行。

sudo apt-get install libmariadb-client-lgpl-dev

然后使用:

> install.packages('DBI')

安装DBI。

下载RMySQL的离线安装包:地址: https://cran.r-project.org/web/packages/RMySQL/index.html

R CMD INSTALL RMySQL_0.10.14.tar.gz

使用如上命令安装RMySQL,更改为自己的安装包名字,同时要在安装包所在位置下执行该命令!

假如依旧报错,唉嘿嘿嘿,终于不要屈服与系统了,接下来可以使用以下的命令安装

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("包名")

 如果安装DBI的时候安装不了,也可以使用该命令,亲测有效哦!我是用了这个方法安装了DBI然后再用离线方式安装了RMySQL

如果还不行?

唉,我该怎么说才好呢?

 

 

 

 

 

 

没关系,木叶永不言败!终极奥义:

首先登录网址:

https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive

或者

https://cran.r-project.org/src/contrib/00Archive

该网址几乎包括了R语言的所有依赖包,可以找到每个软件的不同版本

之后如下操作就可以了;

进入R

$ R 

> packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_1.0.1.tar.gz" 

> install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source)

进行安装时可能会跳出错误如:

ERRO:dependencies     'plyr'   ,   'digest'    are    not   available    for    package     'ggplot2'

removing   '/media/cx/HDDF/PipeLine/RNA_ref_2016/software/R-3.2.3/libarary/ggplot2'

这是因为缺少‘plyr’和‘digest’两个依赖库,所以在进行ggpplot2的安装时应该用同样的方法先安装‘plyr’和‘digest’两个依赖库。

安装其他依赖库的同时可能还会报错如:

* installing *source* package ‘RCurl’ ...
** 成功将‘RCurl’程序包解包并MD5和检查
checking for curl-config... no
Cannot find curl-config
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/dav/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/RCurl’

 ERROR: configuration failed for package ‘xml2’

这是因为缺少安装四个组件:安装命令:

sudo apt-get install libssl-dev

 sudo apt-get install libssh2-l-dev

 sudo apt-get install libcur14-openssl-dev

 sudo apt-get install libxml2-dev

博主遇上的暂时只有这三个,假如还有其他的,可以自行百度一下安装方式,应该是大同小异的;

到此R语言的配置就安装好啦!

最后执行

>devtools::install_github('taiyun/recharts')        安装taiyun/recharts

可以在R的交互环境下查看安装的包:命令

>.packages(all.available=TRUE)

 

R是自由软件,不带任何担保。
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用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。

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用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。
用'q()'退出R.

> .packages(all.available=TRUE)
  [1] "askpass"       "assertthat"    "backports"     "BH"           
  [5] "BiocInstaller" "bitops"        "boot"          "brew"         
  [9] "callr"         "class"         "cli"           "clipr"        
 [13] "clisymbols"    "cluster"       "codetools"     "colorspace"   
 [17] "crayon"        "curl"          "DBI"           "desc"         
 [21] "devtools"      "dichromat"     "digest"        "evaluate"     
 [25] "fansi"         "foreign"       "fs"            "ggplot2"      
 [29] "git2r"         "glue"          "gtable"        "htmltools"    
 [33] "htmlwidgets"   "httr"          "ini"           "jsonlite"     
 [37] "labeling"      "lattice"       "lazyeval"      "magrittr"     
 [41] "MASS"          "Matrix"        "memoise"       "mgcv"         
 [45] "mime"          "munsell"       "openssl"       "pillar"       
 [49] "pkgbuild"      "pkgconfig"     "pkgload"       "plyr"         
 [53] "prettyunits"   "processx"      "ps"            "R6"           
 [57] "rcmdcheck"     "RColorBrewer"  "Rcpp"          "RCurl"        
 [61] "recharts"      "remotes"       "reshape2"      "rlang"        
 [65] "RMySQL"        "roxygen2"      "rpart"         "rprojroot"    
 [69] "rstudioapi"    "rversions"     "scales"        "sessioninfo"  
 [73] "stringi"       "stringr"       "survival"      "sys"          
 [77] "tibble"        "utf8"          "viridisLite"   "whisker"      
 [81] "withr"         "xml2"          "xopen"         "yaml"         
 [85] "base"          "compiler"      "datasets"      "graphics"     
 [89] "grDevices"     "grid"          "KernSmooth"    "methods"      
 [93] "nlme"          "nnet"          "parallel"      "spatial"      
 [97] "splines"       "stats"         "stats4"        "tcltk"        
[101] "tools"         "utils"        
>

警告:如果明明安装成功了,但查询不到已经安装的包的时候,看看是不是用的用su-   调用了别的用户安装,如果是那么必须要从该用户进入R环境方可以查询到。博主就是在普通用户上调用了root用户,因为可能要使用达到sudo命令.

大部分包都可以通过这几个方法安装成功,有时候用这个办法不成功,用另外几个方法又能成功,这就需要大家自己去尝试了

最后附上几个贴子的链接:

https://jingyan.baidu.com/article/4ae03de3cade393eff9e6bfc.html

http://bi.dataguru.cn/thread-348303-1-1.html

http://blog.sina.com.cn/s/blog_838d33c00102vug9.html

https://blog.csdn.net/Flyfish111222/article/details/79836813 

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