0041-【linux系统】-conda软件安装及生物信息平台配置
Anaconda官网目录
https://www.anaconda.com/download/#linux
conda 帮助文档
https://conda.io/docs/user-guide/overview.html
手册：https://conda.io/docs/_downloads/conda-cheatsheet.pdf
bioconda官网
https://bioconda.github.io/
软件搜索：
https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes
minconda
为只带python和conda的简化版anaconda
清华源下载路径
清华大学开源软件镜像站首页：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
安装miniconda
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
## 设置为公共路径，便于日后脚本引用
## [/home/toucan/miniconda3] >>> /opt/conda将miniconda写入环境变量
vim ~/.bashrc
export PATH=/home/toucan/miniconda3/bin:$PATH
source ~/.bashrc
conda
rm -f Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
添加第三方镜像
TUNA 还提供了 Anaconda 仓库的镜像，运行以下命令:即可添加 Anaconda Python 免费仓库。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yesConda 三方源
当前tuna还维护了一些anaconda三方源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
显示已经安装的channel
conda config --get channels显示结果:
$conda config --get channels
--add channels 'defaults' # lowest priority
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/'
--add channels 'r' # highest priority
conda的配置文件
conda通道的配置文件一般在~/.condarc里面，内容如下。全局控制conda的安装在conda_path/.condarc，具体操作见https://conda.io/docs/user-guide/configuration/admin-multi-user-install.html。快捷加入配置通道方法
将 bioconda、conda-forge最常用的两个放在上面，以便加快安装速度
vim ~/.condarc
channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- defaults
- r
show_channel_urls: true安装示例
conda install numpy
conda install panda
显示,python包安装的路径为：用户目录下的miniconda3文件夹
environment location: /home/toucan/miniconda3
added / updated specs:
- numpy
利用bioconda安装生物软件
conda install fastqc更新软件，卸载软件
conda update 软件名
conda remove 软件名R包及软件安装
官网安装方法：
https://www.rstudio.com/products/RStudio/
conda 官网支持的R包：
https://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs
安装R
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base安装Rstudio桌面版
sudo apt-get install gdebi-core
sudo gdebi -n rstudio-1.0.44-amd64.deb
rm rstudio-1.0.44-amd64.deb 安装Rstudio服务器版
sudo apt-get install gdebi-core
cd ~/software
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.1.383-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.1.383-amd64.deb查看ip
ifcofig
inet 192.168.161.148
inet 127.0.0.1
# 登录成功
http://192.168.161.148:8787/
# 输入linux用户的账号和密码
需要设置：打开浏览器后，将全局设置，packages的镜像路径设置为广州
配置参数，一般不需要设置，如果登录不上
sudo rstudio-server verify-installation #查看安装是否正常
sudo rstudio-server start #启动RStudio-server
sudo rstudio-server status #查看RStudio-server
sudo rstudio-server stop #关闭RStudio-server
sudo rstudio-server restart #重启RStudio-serverconda命令
查询库中软件的版本： conda search 软件名
安装指定版本：conda install 软件名=版本号 （conda会卸载之前安装的版本，再重新安装）
更新版本 ：conda update 软件名
卸载软件 ：conda remove 软件名
激活软件 ： source activate 软件名 （把目录添加进环境变量）
钝化软件： source deactivate （从环境变量里面 删去 ）
查看添加的频道 ：conda config --get channels
激活虚拟环境：source activate env1
针对虚拟环境安装软件： conda install -n env1 numpy pandas
指定版本安装：conda create -n env1 python=2.7
指定下载通道安装：conda install -c r rstudio
关系虚拟环境：source deactivate env1
#查看当前系统下的环境和虚拟环境
conda info -e
# 创建新环境
# 指定python版本为2.7，注意至少需要指定python版本或者要安装的包# 后一种情况下，自动安装最新python版本
conda create -n env_name python=2.7
# 同时安装必要的包
conda create -n env_name numpy matplotlib python=2.7
# 环境切换
# 切换到新环境# linux/Mac下需要使用source activate env_name
activate env_name
#退出环境，也可以使用`activate root`切回root环境
deactivate env_name
# 移除环境
conda remove -n env_name --all
官方bioconda虚拟环境例子
# 环境名字为 aligners
# 环境中安装 bwa bowtie hisat star
conda create -n aligners bwa bowtie hisat star
# 如果还想继续安装，指定安装环境；否则安装到默认环境
conda install -n aligners hisat2
# 启动新环境
source activate aligners
star -h
source deactivate aligners
# 移除不需要的环境
conda renove -n env1 --all
包管理
给某个特定环境安装package有两个选择，一是切换到该环境下直接安装，二是安装时指定环境参数-n
activate env_nameconda install pandas
# 安装anaconda发行版中所有的包
conda install anaconda
conda install -n env_name pandas
conda list
# 指定查看某环境下安装的package
conda list -n env_name
#查找包
conda search pyqtgraph
# 更新包
conda update numpy
conda update anaconda
参考文章：
https://www.jianshu.com/p/2f3be7781451
https://zhuanlan.zhihu.com/p/22678445