lncRNA数据库和miRNA数据库

 lncＲNA- related database
Noncoding ＲNA       http:/ /biobases. ibch.poznan．pl/ncＲNA/ 
fＲNAdb                    http:/ /www． ncrna．org/frnadb/ 
NＲED                      http:/ /jsm- research. imb.uq.edu.au/nred/ cgi- bin/ncrnadb.pl 
lncＲNAdb                http:/ /www.lncrnadb.org/ 
ncFANs                     http:/ /www.ebiomed.org/ncFANs/ 
NONCODE               http:/ /www. noncode.org/NONCODEＲv3/ 
ChIPBase                 http:/ /deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/ 
LNCipedia                 http:/ /www.lncipedia.org 

DIANA- LncBase       http:/ /www.microrna.gr/LncBase 

lncipedia                   http://lncipedia.org/db/transcript/lnc-C8orf56-1:8

2.1 相关的miRNA-lncRNA, ceRNA调控网络资源:

（1）starBase平台（http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php）： 构建了最全面的CLIP-Seq实验支持的miRNA和lncRNA (包括了lncRNA，pseudogene， circRNA)的调控关系网络,构建了ceRNA调控网络和提供了长非编码RNA功能预测工具。

此外，starBase还构建了最全面的包含了14癌症类型（>6000个样本）Pan-Cancer（泛癌）表达图谱和互作网络。[Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42:D92-7.]

starBase最新版已经发表在Nucleic Acids Res. （Li et al. 2014 Jan;42:D92-7.)上了，提供了最全面的CLIP-Seq数据支持的miRNA-lncRNA和ceRNA网络。starBase的第一版从2011年发表后，到目前被引用140多次（google scholar），访问10多万次，被选为ESI和Nucleic Acids Res.的Top Paper。只列出CLIP-Seq高通量实验数据支持的miRNA靶向的lncRNA。（由于单纯计算机预测的结果假阳性率非常高，故都不列出。

（2）DIANA-LncBase数据库（www.microrna.gr/LncBase）构建了基于单个CLIP-Seq数据和计算机预测的miRNA和lncRNA调控关系。[Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41:D239-45.]

（3）miRcode：http://www.mircode.org/mircode/，瑞典哥德堡大学的研究人员开发的一种可以搜索的界面软件来预测miRNA的靶点，当前的版本覆盖了完整的GENECODE注释的转录组，包括10419条已经注册的lncRNA。

（4）linc2GO:http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/~liuke/Linc2GO/index.html，清华大学整合的lncRNA功能注释数据库，以竞争性內源RNA(ceRNA)假说为基础的人的lincRNA功能注释。