Trim_galore使用（2018-05-25）

安装了半天没安上，用了公司服务器已经安装的trim_galore。

命令行也借鉴一下（小小的改动），对很多参数不是很懂。

/SSD750/PB1/soft1/trim_galore_v0.4.2/trim_galore -q 30 --phred33 --stringency 3 --path_to_cutadapt /opt/anaconda2/bin/cutadapt --fastqc -e 0.1 --length 35 --three_prime_clip_R1 1 --three_prime_clip_R2 1 -o /home/test04/lyr/WGR/ /home/test04/lyr/WGR/xinjiangshida/170926001WL_S1_L001_R1_001.fastq /home/test04/lyr/WGR/xinjiangshida/170926001WL_S1_L001_R2_001.fastq

结果，过程参考博文

https://blog.csdn.net/lixiangyong123/article/details/52062323

1，拿到原始数据后，首先用软件 FastQC 看一下数据质量

得到html文件，打开后如图

我们比较关心的数据信息

使用安装好的trim_galore去除质量的reads。该软件需要调用FastQC和cutadapt ，需要提前装好

2，这两步处理完后可以再次用FastQC看一下质量，没啥问题就继续往下做

基本上数据的质量还是不错的，可以进行后续的拼接和组装。

参考博文

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=635619&do=blog&id=884213