构建本地化nr nt库

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写在前面。

nr.*tar.gz # Non-redundant protein sequences from GenPept, Swissprot, PIR, PDF, PDB, and NCBI RefSeq
nt.*tar.gz # Partially non-redundant nucleotide sequences from all traditional divisions of GenBank, EMBL, and DDBJ excluding GSS,STS, PAT, EST, HTG, and WGS.
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1.下载nr，nt包

• Filezilla在ncbi数据库下载nr、nt包(nr.gz,nr.gz.md5,nt.gz,nt.gz.md5)
  解压：

nohup gunzip nr &
nohup gunzip nt &

• md5值校验文件完整性。两个包一个27GB，另外一个35GB，也不算小，用md5值校验，安心。

md5sum nr.gz
md5sum nt.gz

[root@xxx nr_nt]# md5sum nr.gz
f17f681c860d0c5d85342088f0818713  nr.gz
[root@xxx nr_nt]# cat nr.gz.md5
f17f681c860d0c5d85342088f0818713  nr.gz
[root@xxx nr_nt]# md5sum nt.gz
5d50c089a686f771d164c9e8e9a81a12  nt.gz
[root@xxx nr_nt]# cat nt.gz.md5
5d50c089a686f771d164c9e8e9a81a12  nt.gz

• 校验结果与上述下载的两个md5文件比较。

2.本地建库.

• 建立索引步骤放在后台运行，考虑避免建库出现错误，添加了 -logfile 函数，记录建库的过程。
  nr本地化

nohup makeblastdb -in nr -parse_seqids -hash_index -dbtype prot -logfile nr_logfile &

• nt本地化

nohup makeblastdb -in nt -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl -logfile nt_logfile &

yuwq
2017/4/17

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现在看当年写的教程，还是太年轻了。最大的问题就是权限。我怎么能直接在root账户下做这些操作，危险系数太高了。
sudo是个好东西，只是当时没有意识到！
另外一个就是不能什么东西都一股脑用nohup丢到后台，用2>&1 > file.log这种方式 保存更利于后面到排错。

yuwq
2019/7/9

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