Results里一部分技术的介绍

本来想等到组会上再说这部分内容的,没想到有几位同学相当厉害,已经在啃Results里面一些技术细节了。于是就有了这篇匆匆赶出来的东西,希望能给被技术细节们困住的同学一点帮助。


Sumoylation of PKC-θ upon TCR stimulation

这部分需要确认检测TCR被激活后PKC-θ是否被SUMO化了,这里的思路是利用CD3(TCR复合体的一条主要的链)和CD28的抗体进行刺激后利用SDS-PAGE电泳来检测PKC-θ的分子量。(还是那句话,SDS-PAGE电泳是分子生物学研究中的一种非常重要的技术,建议自己找些资料多了解一下。)文中的Flag和Myc都是连接在需要检测的蛋白上的Tag,方便后续的检测。结果

observed 'up-shifted' PKC-θ bands that migrated more slowly than PKC-θ by SDS-PAGE, including two main 'up-shifted' bands around ~90 kDa and ~175 kDa (Supplementary Fig. 1a).

而且这些带(bands)还会

were eliminated by coexpression of the main SUMO1 protease SENP1 (Supplementary Fig. 1a), which indicated that they probably represented sumoylated PKC-θ.

但是这种检测是比较粗糙的,

We detected bands in a wide range of molecular masses above 83 kDa that migrated more slowly than PKC-θ (Fig. 1a), which suggested that the stimulation of T cells induced the sumoylation of PKC-θ.

还记得这一段开头说PKC-θ的分子量是多少吗?

PKC-θ has an apparent molecular mass of ~73 kilodaltons (kDa) by SDS-PAGE, consistent with its predicted molecular weight.

而SUMO protein则的质量则是12 kDa,那么above 83 kDa意味着什么,就应该很好理解了吧。

~PS: immunoprecipitation & immunoblot也是分子生物学最基础、也最重要的技术之一,值得花些时间多了解一下。~

接下来的结果、图以及后续的一些比较小的实验运用的技术都差不多,注意好质量和抗体都是抗什么的,保持耐心,不要暴走,基本就能把这部分Result读下来了。


Lys325 and Lys506 are major PKC-θ-sumoylation sites

这段相对好读一些,只要搞清楚两点:

  1. K???R表示第???位的赖氨酸被突变了
  2. Figure 1b 那幅质谱出来的图运用的方法是一整篇paper介绍的内容,所以,如果你对质谱相关技术不是特别感兴趣的话,就别深究那幅图了(捂脸)。

其它的碎碎念

T cell activation and TH2 differentiation require PKC-θ sumoylation中导入的GFP蛋白不仅用作后面检测的Tag,也用作筛选导入成功细胞的gate.

剩下的figure基本都是一些电泳图和直观展现统计结果的图,电泳图大家应该已经会看了,展现统计结果的图要注意这么个东西,

这东西叫error bar,顾名思义就是表示误差大小

它的长度表示的是标准差或标准误。

剩下的问题由于时间关系我就不写先了,很快就到组会了,在组会上大家可以进行更加详细的讨论。

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