使用 samtools 批量构建 bam 索引

今天要用下 IGV，查看 bam 需要有索引，所以记录下方法吧。

使用 xargs

ls *.bam | xargs -n1  samtools index
# 或
ls *.bam | xargs -i samtools index {}  # Mac 上好像不支持 -i 选项

使用 parallel

ls *.bam | parallel samtools index '{}'

参考：

• https://www.biostars.org/p/170522/
• https://www.runoob.com/linux/linux-comm-xargs.html
• https://cloud.tencent.com/developer/article/1441636