MySQL有多种存储引擎，每种存储引擎有各自的优缺点，可以择优使用：
MyISAM、InnoDB、MERGE、MEMORY(HEAP)、BDB(BerkeleyDB)、EXAMPLE、FEDERATED、ARCHIVE、CSV、BLACKHOLE。
MySQL支持数个存储引擎作为对不同表的类型的处理器。
· MyISAM管理非事务表。它提供高速存储和检索，以及全文搜索能力。MyISAM在所有MySQL配置里被支持，它是默认的存储引擎，除非你配置MySQL默认使用另外一个引擎。
· MEMORY存储引擎提供“内存中”表。MERGE存储引擎允许集合将被处理同样的MyISAM表作为一个单独的表。就像MyISAM一样，MEMORY和MERGE存储引擎处理非事务表，这两个引擎也都被默认包含在MySQL中。
注释：MEMORY存储引擎正式地被确定为HEAP引擎。
· InnoDB和BDB存储引擎提供事务安全表。BDB被包含在为支持它的操作系统发布的MySQL-Max二进制分发版里。InnoDB也默认被包括在所 有MySQL 5.1二进制分发版里，你可以按照喜好通过配置MySQL来允许或禁止任一引擎。
· EXAMPLE存储引擎是一个“存根”引擎，它不做什么。你可以用这个引擎创建表，但没有数据被存储于其中或从其中检索。这个引擎的目的是服务，在 MySQL源代码中的一个例子，它演示说明如何开始编写新存储引擎。同样，它的主要兴趣是对开发者。
· NDB Cluster是被MySQL Cluster用来实现分割到多台计算机上的表的存储引擎。它在MySQL-Max 5.1二进制分发版里提供。这个存储引擎当前只被Linux, Solaris, 和Mac OS X 支持。在未来的MySQL分发版中，我们想要添加其它平台对这个引擎的支持，包括Windows。
· ARCHIVE存储引擎被用来无索引地，非常小地覆盖存储的大量数据。
· CSV存储引擎把数据以逗号分隔的格式存储在文本文件中。
· BLACKHOLE存储引擎接受但不存储数据，并且检索总是返回一个空集。
· FEDERATED存储引擎把数据存在远程数据库中。在MySQL 5.1中，它只和MySQL一起工作，使用MySQL C Client API。在未来的分发版中，我们想要让它使用其它驱动器或客户端连接方法连接到另外的数据源。
虽然说MySQL有这么多存储引擎，但是在一般使用当中相对常用的是MyISAM和InnoBD 。
接下来 我会对于MyISAM和InnoBD 来讲解下，其中的区别。或者说如何在实际应用中抉择两者。
InnoDB： MyISAM：
支持事务处理等 不支持事务，回滚将造成不完全回滚，不具有原子性
不加锁读取
支持外键 不支持外键
支持行锁
不支持FULLTEXT类型的索引 支持全文搜索
不保存表的具体行数，扫描表来计算有多少行 保存表的具体行数,不带where时，直接返回保存的行数
DELETE 表时，是一行一行的删除 DELETE 表时，先drop表，然后重建表
InnoDB 把数据和索引存放在表空间里面 MyISAM 表被存放在三个文件 。frm 文件存放表格定义。 数据文件是 MYD (MYData) 。 索引文件是MYI (MYIndex)引伸
跨平台可直接拷贝使用 跨平台很难直接拷贝
InnoDB中必须包含AUTO_INCREMENT类型字段的索引 MyISAM中可以使AUTO_INCREMENT类型字段建立联合索引
表格很难被压缩 表格可以被压缩
总结：
因为MyISAM相对简单所以在效率上要优于InnoDB.如果系统读多，写少。对原子性要求低。那么MyISAM最好的选择。且MyISAM恢复速度快。可直接用备份覆盖恢复。
如果系统读少，写多的时候，尤其是并发写入高的时候。InnoDB就是首选了。
两种类型都有自己优缺点，选择那个完全要看自己的实际类弄。