开源分割代码集锦 2018-08-25更新

1. 器官分割

• HyperDense-Net: A hyper-densely connected CNN for multi-modal image segmentation

代码，python 2.7，Theano，MICCAI 2017 脑部多模态图像分割（8个脑部结构）第一名（截至2018年4月）
也是无偏形状约束的作者。

• 6个月婴儿脑部分割代码

python 2.7， keras
比赛官网，Dice: 白质0.885，灰质 0.85，脑脊液 0.91

• OCT图像，VGG16 Transfer Learning - Pytorch
  

• MR白质束分割

pytorch code, FCN框架

• 在CNN中使用Attention gated

胰腺分割，Unet。pytorch实现

• Deep Learning Examples for Medical Imaging Applications (Based on Tensorpack/TensorFlow)

Landmark detection using different DQN variants

• 20180601-MICCAI 18-atlas network 3D whole brain分割from limited data

pytorch 0.2代码。 the spatially localized atlas network tiles (SLANT) method to distribute multiple independent 3D fully convolutional networks to cover overlapped sub-spaces in a standard atlas space，简化了定位的任务，从而可以融合传统的配准、标签融合方法和深度学习方法。性能提升了2个点左右，时间从30h缩短到了15min。

• 20180610-An Intravascular Ultrasound Segmentation Network

tensorflow代码，首次用深度学习同时分割管腔和血管壁

• 3D RoI-aware U-Net for 器官分割

pytorch代码

2. 病灶分割

• MICCAI 2017内窥镜视觉挑战血管发育不良的检测与定位冠军

python3.6， pytorch 0.3，作者也是Carvana Image Masking Challenge的冠军

• 交互式基于patch的分割方法

南大，201804 arxiv，MR膀胱数据集上的结果是85，排名第四

• MICCAI 2018青光眼检测baseline

Disc-aware 集成网络。全局信息定位，然后再定位ROI里分割。一共four streams. keras+tf实现。

3. 病理图像

• 胎盘病理图像分类

精度：89% Keras 代码

• 20180529-卷积LSTM，细胞追踪挑战赛第三名

代码待定

• 20180604-MICCAI2018-Joint Segmentation and Classification for 乳腺癌活组织切片图像诊断

pytorch代码，华盛顿大学。Unet的基础上增加了一个分支，输出instance level的概率map

4. 自然图像分割

• 20180419-DetNet: A Backbone network for Object Detection

face++, 代码暂未公开

• 20180427-Stacked U-Nets: A No-Frills Approach to Natural Image Segmentation

python 2.7, pytorch实现

• 卷积条件随机场

pytorch 0.4实现，linux系统。

• TernausNetV2-卫星图像分割

CVPR比赛第二名，编解码结构，增加了额外的输出（predicted contour）辅助instance 分割，wideResnet作为编码器。pytorch 0.4

• CVPR2018-Real-time Semantic Segmentation Comparative Study
  

  

  比较不同模块的组合

• CVPR2018-卫星图像道路提取第一名（北邮）

LinkNet34+ Dilated Convolution layer， python 2.7, pytorch 2.0

• 国内车牌识别99%+准确率

• yolo v3 pytorch实现

• 2018-MIT Semantic Soft Segmentation
  Spectral segmentation
  semantic feature generation 128D

• pytorch-segmentation

• 去噪算法程序集锦

• 抠图算法集锦

5. DL教程

• tf without a phd

• tf官方教程-有notebook

• tf实现的CNN模型

• DL+医疗教程

Deep Oncology- 将DL应用到医学； 教程列表

• An overview of semantic image segmentation

6. 工具

• 基于opencv的抠图工具