涉密信息系统与公共信息系统的区别，主要体现在四个方面：
一是信息内容不同。涉密信息系统存储、处理和传输的信息涉及国家秘密和其他敏感信息，应严格控制知悉范围；公共信息系统存储、处理和传输的信息不能涉及国家秘密。
二是设施、设备标准不同。涉密信息系统的安全保密设施、设备，必须符合国家保密标准；公共信息系统的安全保密设施、设备也应符合一定技术标准要求，但并不要求执行国家保密标准。
三是检测审批要求不同。涉密信息系统必须满足安全保密要求，符合国家保密标准，投入使用前必须经安全保密检测评估和审查批准；公共信息系统投入使用前也需要进行相关检测，但检测的目的和要求不同。
四是使用权限不同。涉密信息系统要严格控制使用权限；公共信息系统则是开放性的，只要具备一定访问条件就可以使用。
分级保护
通常情况下对涉密信息系统施以保护都是按照分级原则进行分级实施的。涉密系统的安全管理级别分为绝密级、机密级、秘密级，有效分级后，才能更进一步实施分级保护，提升管理效能，提升安全标准。
1.秘密级
信息系统当中包含有秘密级的国家秘密，其总体的防护水平不应该低于国家信息安全等级保护三级的要求，信息系统应该达到分级保护的技术标准。
2.机密级
信息系统当中包含有机密级国家秘密，其防护水平不应低于国家信息安全等级保护四级要求，同时，还需要符合分级保护的保密技术要求。
3.绝密级
信息系统当中包含有绝密级国家秘密，其防护水平应不低于国家信息安全等级保护五级要求，需符合分级保护的保密技术要求。同时，绝密级涉密信息系统应该被建设并应用到封闭的场地建筑之内，不能与外网连接。
管理依据
2000年12月，第九届全国人大常委会第十九次会议通过《关于维护互联网安全的决定》。此外，我国还颁布了《计算机信息系统保密管理暂行规定》、《计算机信息系统国际联网保密管理规定》、《计算机信息网络国际互联网安全保护管理办法》、《互联网信息服务管理办法》、《涉及国家秘密的信息系统审批管理规定》、《信息系统和信息设备使用保密管理规定》等。
2003年9月，中共中央办公厅、国务院办公厅转发的《国家信息化领导小组关于加强信息安全保障工作的意见》（中办发[2003]27号）提出“实行信息安全等级保护”的要求，并指出“对涉及国家秘密的信息系统，要按照党和国家有关保密规定进行保护”。
2004年12月，中共中央保密委员会下发的《关于加强信息安全保障工作中保密管理的若干意见》（中保委发[2004]7号）指出，我国的国家秘密分为秘密、机密、绝密三级，涉密信息系统也按照秘密、机密、绝密三级进行分级管理。为贯彻国家信息安全等级保护制度，落实中央文件精神，国家保密局下发《涉及国家秘密的信息系统分级保护管理办法》（国保发[2005]16号），并陆续制定了国家保密标准BMB17-2006《涉及国家秘密的信息系统分级保护技术要求》、BMB20-2007《涉及国家秘密的信息系统分级保护管理规范》、BMB22-2007《涉及国家秘密的信息系统分级保护测评指南》、BMB23-2008《涉及国家秘密的信息系统分级保护方案设计指南》，用于指导涉密信息系统的建设、使用和管理。分级保护工作从技术要求、方案设计、管理规范到安全测评，具备了一套完整的标准与规范。
这些规章和标准对采集、存储、处理、传递、输出国家秘密信息的计算机系统作了规定。《保密法》针对当前涉密信息系统频繁泄密的严峻形势和我国近些年来对涉密信息系统管理的做法，对涉密信息系统的保密管理作了规定。《保密法》第二十三条确立了涉密信息系统分级保护原则，规定了涉密信息系统保密设施、设备规划建设和配备要求，还规定涉密信息系统投入使用必须经检查合格。第二十四条是关于信息系统和信息设备保密管理的禁止性规定。
管理原则
（1）适度安全的原则：由于信息泄露、溢用、非法访问或非法修改而造成的危险和损害相适应的安全。没有绝对安全的信息系统（网络），任何安全措施都是有限度的。关键在于“实事求是”、“因地制宜”地去确定安全措施的“度”，即根据信息系统因缺乏安全性造成损害后果的严重程度来决定采取什么样的安全措施。
（2）按最高密级防护的原则：涉密信息系统处理多种密级的信息时，应当按照最高密级采取防护措施。
（3）最小化授权的原则：涉密信息系统的建设规模要最小化，非工作所必需的单位和岗位，不得建设政务内网和设有内网终端；其次，涉密信息系统中涉密信息的访问权限要最小化，非工作必需知悉的人员，不得具有关涉密信息的访问权限。
（4）同步建设、严格把关的原则：涉密信息系统的建设必须要与安全保密设施的建设同步规划、同步实施、同步发展。要对涉密信息系统建设的全过程（各个环节）进行保密审查、审批、把关。要防止并纠正“先建设，后防护，重使用，轻安全”的倾向，建立健全涉密信息系统使用审批制度。不经过保密部门的审批和论证，信息系统不得处理国家秘密信息。
（5）内、外网物理隔离的原则。即“涉及国家秘密的通信、办公自动化和计算机信息系统不得直接或间接与国际互联网或其他公共信息网络相连接，必须实行物理隔离。”
（6）安全保密措施与信息密级一致的原则。涉密信息系统应当采取安全保密措施，并保证所采取措施的力度与所处理信息的秘密等级相一致。
（7）资格认证的原则。涉密信息系统安全保密全面解决方案的设计、系统集成及系统维修工作，应委托经过国家保密部门批准授予资质证书的单位承担。涉密系统不得采用未经国家主管部门鉴定、认可的保密技术设备，更不准使用国外进口的各类安全防范产品包括软件。
（8）以人为本、注重管理的原则：涉密信息系统的安全保密三分靠技术，七分靠管理。加强管理可以弥补技术上的不足；而放弃管理则再好的技术也不安全。
保密规定
编辑
1.规划和建设计算机信息系统，应当同步规划落实相应的保密设施。
2.计算机信息系统的研制、安装和使用，必须符合保密要求。
3.计算机信息系统应当采取有效的保密措施，配置合格的保密专用设备，防泄密、防窃密。所采取的保密措施应与所处理信息的密级要求相一致。
4.计算机信息系统联网应当采取系统访问控制、数据保护和系统安全保密监控管理等技术措施。
5.计算机信息系统的访问应当按照权限控制，不得进行越权操作。未采取技术安全保密措施的数据库不得联网。
系统建设
涉密信息系统的建设应当选择具有“涉密信息系统集成资质”的单位承担或者参与涉密信息系统的设计与实施。
涉密信息系统使用的信息安全产品原则上应当选用国产产品，并应当通过国家保密局授权的检测机构依据有关国家保密标准进行的检测，通过检测的产品由国家保密局审核发布目录。
涉密信息系统建设使用单位在系统工程实施结束后，应当向保密工作部门提出申请，由国家保密局授权的系统测评机构，依据国家保密标准BMB22-2007《涉及国家秘密的计算机信息系统分级保护测评指南》，对建成的涉密信息系统进行安全保密测评。
涉密信息系统建设使用单位在系统投入使用前，应当按照《涉及国家秘密的信息系统审批管理规定》，向设区的市级以上保密工作部门申请进行系统审批，涉密信息系统通过审批后方可投入使用。已投入使用的涉密信息系统，其建设使用单位在按照分级保护要求完成系统整改后，应当向保密工作部门备案。
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