自然哲学和科学
在古代，哲学的范畴是很广的，包括研究人的思想和所有外界的事物，其包罗万象，而近代随着研究对象越来越多，世界上的很多学问都开始精细化，分门别类，一科一科的学问，所以现在已经很难有像亚里斯多德那样知识非常全面的智学家，往往出来的都是所谓的科学家。
那时候的哲学指的是自然哲学，被我们认为是伟大科学家的牛顿，其实他也认为自己是哲学家。广义上的哲学，研究的是人类普遍的问题：
我们是谁？我们从哪里来？我们要去到哪里？
牛顿作为自然哲学家，很重要的发现是万有引力。
万有引力是一个普遍的力，适合于整个宇宙。地球上不同质量的物体从天上掉到地上的加速度都是一样的，所以地球对不同物体所产生的引力是不一样的，也就是说万有引力，是由地球和物体共同决定的，而且这个力可以跨越距离，不需要接触自发产生。
万有引力还根据双方的距离而改变，也就是双方都需要知道对方在哪里，否则怎么能出现恰当的引力呢？
这是万有引力难以理解的地方，甚至有人称之为神迹。虽然牛顿对万有引力做出了描述，但是这仅仅是对客观事实的一个阐释，来自于观测，他并不知道为什么会有引力的产生，也不想引申。
这就是工具主义方法论——知之为知之，不知为不知。虽然不知道万有引力的来龙去脉，但是计算的时候知道如何去计算引力。牛顿没有用神来描述引力，因为如果用神来解释，不过就是用一个神秘来代替另一个神秘。
进化论的出现
牛顿的科学价值观出现在17至18世纪，而到了19世纪，人们研究的东西越来越宽泛，从而出现了博物学（natural history），通过归纳总结自然环境中的事物，来了解这个世界。
博物学包括矿物学，动物学，植物学，动物学还分为研究各种不同种类的动物等等，如今研究的学科太多，分类太细，已经没有人可以靠一己之力了解全部，所以如今已经没有博物学了。
博物学在那个时代非常关键，因为它是一切科学哲学不可缺少的基础。因为我们仅凭我们的理性来构建这个世界是并不靠谱的，因为未来并不等于过去，这是根本上的问题所在。
而我们的经验是基于客观事实，这是大于理性的。经验不一定可靠，但却是我们掌握的最可靠的知识来源。
自培根以来，研究矿物，生物等真实环境的知识是非常重要的，因为这些是我们能看到的客观事实，是我们积累的经验，也是我们可以赖以生存发展的知识来源。
对于客观环境的研究，其实从古希腊时期的哲学家就开始了，不过到了19世纪世人研究的范围和深度都变大了。
这种变化对于基督教产生了巨大的冲击。在1650年，爱尔兰的大主教根据自己对圣经的研究，断定地球的诞生日期是公元前4004年10月23号午夜，但是随着地质学家对于底层沉积100多年的研究，基督教的地球时间论断明显太短了，这就无法解释世界历史。
另外，根据对于化石的研究，科学家们开始质疑生物的自古不变的认知。比如，林奈在他的著作《自然系统》中就探讨了生物的变化，并且发现猛犸是一种已经灭绝的物种，这极大地冲击了“上帝创造生物”的教义，并且认识到生物会不断变化的，这时候人们把生物和时间联系了起来。
而在1802年，法国博物学家拉马克在他的著作《生物学》中，把生命的历史与地球的历史绑定在了一起，认为地球上的生物是随着地球变化而变化的，他的观点主要有以下三个：
1）用进废退
2）生物变化经历了很长的时期，原因在于自然
3）所有变化都是从简单到复杂，生命起源于水中
这些是进化论的雏形，达尔文总结了前人的基础，建立了进化论，但是他认为“用进废退”不足以说明生物进化的根本。
用进废退学说，认为环境能够直接改变生物性状，并且这些性能够被后代继承，但这是不一定的。比如，环境恶劣，我们可以磨砺自己的身体，让身体强壮，肌肉发达，但是发达的肌肉并不能遗传给下一代，自然环境并不是主导生物进化的本质原因。
直到1838年，达尔文阅读了马尔萨斯的人口学原理，才找到了生物进步的本质。
马尔萨斯的人口学原理中，认为事物是人类生存不可缺少的东西，而两性之间的感情，也是人类必须的，未来要维持现状，就有繁殖的需求。
达尔文从中领悟到了进化论的两个原则：生存和繁衍。
这两者中，繁衍是第一位的，只有把基因繁衍到下一代，才会对进化史有影响。
进化只有一个目的，就是让你活到你能繁衍的年龄，并且把你的基因繁衍到下一代，然后照顾下一代知道下一代能够繁衍，进而复制基因传递下去。
物种之间要争夺资源，生存并且繁衍，这就产生了红皇后原理——世界上物种都在进化，都在为了自身的基因延续而努力生存和繁衍，所以不管各个物种如何拼命，大家的相对位置变化不大。
当一般棕熊刚来到北极圈的时候，因为在雪地里太显眼，所以不容易捕猎到食物，所以在生存繁衍的进化过程中，毛色浅的熊更容易存活下来，所以浅毛色基因更容易复制到下一代。随着一代一代地繁衍，浑身白色的北极熊成为自然进化的产物，它更能够生存和繁衍，适应环境。
当相对而言，那些北极熊的猎物，随着北极熊进化得越来越适应环境，他们同时也在进化，也朝着越来越能够躲避北极熊的方向自我发展中，所以，相对而言，进化而来的北极熊并没有明显的优势，大家的相对位置并没有太大变化。
所有动物的进化，都是在往更复杂的路上前进。