关于“秦始皇到底是不是吕不韦的儿子”这个话题，学者们争论了许久，始终莫衷一是。但作为二十四史之首的《史记》，却给出了肯定的答案。而且，班固也赞同司马迁的这一观点。
一、《史记》《吕不韦列传》里有相关记载
《吕不韦列传》中说：子楚（庄襄王）是秦王庶出的孙子，被送往赵国当质子。子楚的母亲夏姬不被安国君宠幸，秦国又多次攻打赵国，所以子楚在赵国也很不受待见，日常的车乘等物品很缺乏，生活很穷困，日子过得不如意。当时在邯郸做买卖的大商人吕不韦遇见了子楚，觉得子楚身上有文章可做，就对子楚说：“吾能大子之门！”从小就在哪都不受待见的子楚并不笨，他明白吕不韦的意思，立刻表态：“必如君策，请得分秦国与君共之”（事成了，秦国是咱俩的）。于是，吕不韦开始花重金、又自己亲自参与运作子楚当太子的事，最终事成。
在此过程中，子楚相中了吕不韦的宠姬，吕不韦不得已忍痛割爱，而《史记》中这一段的描述，就清楚地证明了：吕不韦就是秦始皇的生身父亲。吕不韦取邯郸诸姬绝好善舞者与居，知有身。子楚从不韦饮，见而说之，因起为寿，请之。吕不韦怒，念业已破家为子楚，欲以钓奇，乃遂献其姬。姬自匿有身，至大期时，生子政。子楚遂立姬为夫人。
吕不韦在赵国的邯郸城中得到了一个能歌善舞的绝世美人，非常宠爱她，并且令她有了身孕。子楚跟吕不韦喝酒时，喜欢上了赵姬，就跟吕不韦说：“这妞不错，我喜欢，给我吧”。吕不韦一听挺生气，但为了放长线钓大鱼，还是答应了子楚。赵姬努力隐瞒自己怀孕的事，怀胎十月之后，生了个儿子取名为“政”，就是秦始皇。
所以，作为正史、作为二十四史之首的《史记》，在《吕不韦列传》中，对秦始皇的生父是吕不韦一事，是有明确记载的。而且，这段记载与《秦始皇本纪》中关于秦始皇生身的描述也十分吻合，《秦始皇本纪》中这样记载：秦始皇帝者，秦庄襄王子也。庄襄王为秦质子於赵，见吕不韦姬，悦而取之，生始皇。以秦昭王四十八年正月生於邯郸。及生，名为政，姓赵氏。年十三岁，庄襄王死，政代立为秦王。
二、从秦始皇和吕不韦对待彼此的态度上，可以看出二人关系不寻常
1.吕不韦辅佐秦始皇不遗余力。《秦始皇本纪》中这样记载：吕不韦为相，封十万户，号曰文信侯。招致宾客游士，欲以并天下。王年少，初即位，委国事大臣。秦始皇继位时只有十三岁，吕不韦为相，号称“仲父”，整个国家大事都由吕不韦说了算。吕不韦招纳天下贤士，想要帮助秦始皇吞并天下。
其实，从吕不韦认为子楚“奇货可居”，再到割爱宠妾赵姬给子楚，我们都不难看出吕不韦的野心之大。从吕不韦门下食客三千人可与“战国四公子”齐名，到因嫪毐事发受牵连后众臣纷纷不顾个人安危为其求情，我们也不难看出吕不韦的巨大影响力。即便是这样，吕不韦仍然不遗余力辅佐年幼的秦始皇，丝毫没有据天下为己有之心。这也多少能说明吕不韦与秦始皇的关系不一般，以及众臣对二人关系的心知肚明。
2.秦始皇对吕不韦仁慈有加。秦始皇是一个什么样的人？妄自尊大，暴戾恣睢，杀人如麻。这些秉性，“焚书坑儒”之事可见一斑。《秦始皇本纪》中说：“秦王为人，蜂准，长目，挚鸟膺，豺声，少恩而虎狼心，居约易出人下，得志亦轻食人。”就是这样一个人，在因吕不韦而起的“嫪毐之祸”之后，秦始皇仅仅是免了吕不韦的相国之职。
吕不韦被罢相一年间，各诸侯国、各路宾客、各地使者络绎不绝地来到吕不韦家，邀请吕不韦到各自的国家去做官。直到吕不韦的影响力严重威胁到秦始皇的威信，秦始皇才不得已给他写了一封信："君何功于秦?秦封君河南，食十万户;君何亲于秦?号称仲父。其与家属徙处蜀!"吕不韦也是个聪明人，他知道秦始皇已经容不下他了，他知道他活着会让秦始皇很为难、很没面子，所以服毒自杀。
以秦始皇的个性，杀个人犯得上如此费劲么？连他儿子二世都能说杀李斯就杀李斯，何况秦始皇呢？其实他知道他妈与吕不韦斯通，他更知道自己和吕不韦的关系，所以才迟迟没对吕不韦下死手。聪明的吕不韦服毒自杀，才是对爷俩最好的成全。
三、班固赞同司马迁“吕不韦是秦始皇生父”的观点
班固是东汉著名的史学家、文学家，著有《汉书》。班固深受儒学思想影响，对司马迁《史记》里的很多观点都提出过质疑，因此自著《汉书》，对于《史记》里的汉代部分重新编写。
但在“吕不韦是秦始皇生父”这一点上，班固和司马迁达成了共识。班固在孝明皇弟十七年十月十五日乙丑上表陈述亡秦之过时，这样写道：“周历已移，仁不代母，秦直其位，吕政残暴。”这里的“吕政残暴”中的 “吕政”一词，就是说秦始皇是吕不韦的儿子，应该姓吕而不姓嬴。
综上所述，按照《史记》可查记载和班固所言，秦始皇就是吕不韦的儿子。至于持反对意见的质疑声音，大多都是质疑《史记》的真实性和班固的权威性。有人说，司马迁由于憎恨秦始皇而刻意抹黑丑化他，我觉得这种可能性很小。司马迁少年博览群书，曾师从名儒孔安国、董仲舒，二十岁游历大江南北、论道京城大家，“李陵之祸”后忍辱苟生，倾全力撰写《史记》，这样一个满腹经纶、视学问重于命的人，是不会犯抹黑历史人物这样低级的错误的，不然怎么配得上史学家的头衔。至于班固的历史地位，也是毋庸置疑的，作为东汉著名的史学家、文学家，没有足够的考证，他也绝对不会说出“吕政残暴”这句话来。