麦哲伦基金原名富达国际投资基金，由内德.约翰逊创建于1963年，1965年改名为麦哲伦基金，1969年，林奇受雇成为富达公司的股票分析师。
1972年至1974年美国发生了股市大崩盘，1976年，麦哲伦基金只剩600万美元规模，富达公司把它和另外一只1200万美元的基金合二为一，规模1800万美元，因当时缺乏对销售基金感兴趣的机构，基金被迫处于封闭，投资者只能赎回不能申购，这就是1977年林奇被任命为麦哲伦基金经理时的形势。
初期
林奇做股票分析师期间，所熟悉的股票范围包括大部分纺织业、钢铁行业和化工行业，但麦哲伦基金是一只可以购买任何股票的资本增值型基金，好在他在1974-1977年间担任过富达基金公司研究部的经理，也是投委会成员之一，对其他行业有所了解，他本人在1975年就开始帮助一家慈善机构管理投资组合，也有这方面的经验，同时，因为麦哲伦基金规模小，处于封闭状态，让林奇可以安静地学习投资，即使犯了错误也不会广受关注，给了他和基金一起慢慢成长的机会。
在担任基金经理之初，林奇忙于换股，卖出前任青睐的股票，买入自己青睐的股票，同时还要不停地抛出股票变现，应对投资者的赎回。在第一年，他就跟后来的自己一样，买进卖出非常多的股票，且并不限于自己当分析师时研究的领域，遍布各行各业，他不关心行业，完全是凭借经验，关注公司本身，他是这样总结这一年的投资策略的：“特殊情况公司、被低估的周期型公司以及小盘和中盘成长型公司”。总之，就是那些价值被低估的公司。不断地寻找价值低估更厉害、赚钱机会更大的股票，来替换掉手中现有的赚钱机会相对较小的股票，这就是他的投资原则。
林奇也反思，许多股票只持有了几个月，对于那些投资吸引力变得越来越大的公司，应该一直坚决长期持有，而不应该短期持有后就过早卖出。这种抛掉好公司买进差公司的事，林奇也没少干，被他自嘲为“拔掉鲜花浇灌野草”，据说巴菲特为在年报中引用林奇的这句话，还专门打电话给他。
麦哲伦基金整整封闭了4年，这4年让林奇熟悉了各种各样的公司和行业，也完成了他的基金经理新手试炼，教会他日后如何管理一只几十亿美元规模的基金。这段时间他得到的最关键的一个投资经验是，知道了自己独立研究有多么重要，亲自拜访上市公司，亲自参加投资研讨会，亲自与来访的公司交流。不知道他是不是因为被分析师坑掉才得出的这个经验。
富达公司有一个传统，与上市公司共进午餐，就是利用午餐时间与来访的上市公司交流，据林奇说，在公司餐厅，你几乎可以和标准普尔500指数中任何一家上市公司一起边吃边谈。后来还扩展到早餐和晚餐。
林奇会优先选择自己没有投资过的公司一起吃饭，目的是了解一下由于不投资这些公司股票而没有关注到的那些重要信息，反过来说，林奇买入那么多公司股票，也是为了能够关注到更多公司，俗称观察仓，给我们的启示是，在初步研究后，如果觉得这家公司还值得深入研究和跟踪，我们不妨先买入一点小小的仓位，因为人就是有这样的天性，特别关注自己买入的股票，这样我们就更有动力去做深入研究。
相对于主动上门的公司，林奇更喜欢自己邀请公司来进行交流，这种交流就可能会让他比别人更早一步知道某些重要信息，因为主动上门的公司肯定也在向所有其他投资者讲述同样的故事。林奇还喜欢关心公司的竞争对手，值得敬佩的竞争对手说不定就是好的投资对象。
林奇还有定期交流的习惯，每隔一个月与每一个主要行业的代表人士至少交谈一次，以免漏掉行业最新动态。林奇是个有心人，总是留心注意用笔记下所有他在午餐和会议上遇见的上市公司人士的名字，方便以后联系，林奇从他们身上学到很多专业知识。林奇有记录上市公司调研日志的习惯，包括公司名称、当前价格和信息摘要。
中期
1981年麦哲伦基金突破1亿美元规模，林奇也告别独角戏，开始拥有越来越多的助理，他充分授权，让助理们负起责任，后来这些助理也成长为非常出色的基金经理。此时的林奇已经成为一名很有耐心的投资者，而麦哲伦基金也重新对外开放申购，正是他大展拳脚的时候。
传统上分析师管研究，基金经理管投资，这种做法对基金经理有利，一是不需要做研究，二是不需要对投资结果负责，因为基金经理都是遵从分析师的推荐，但这样的坏处是，分析师为推卸自己的责任，不会冒险向基金经理推荐独具眼光的可能大放异彩的潜力股，而是推荐那些大家普遍高度认可但潜力有限的股票，比如IBM，这样即使投资业绩很糟糕也无法职责分析师，毕竟大家都推荐这种股票，最后的结果就是大家都买了，都不赚钱。
富达基金公司则不同，要求基金经理必须自己做研究，可借鉴分析师的研究成果，但必须对结果负责，即分析师研究加基金经理研究的双重研究，这样富达公司的信息渠道和分析成果无疑更丰富了。
富达公司的具体做法是，每周召开投资例会，所有的分析师和基金经理都要提出他们本周推荐的股票，每人只有90秒时间，就是要求在最短的时间里说清自己的推荐理由。为了避免伤害发言者的自信心，不允许任何听众对别人的发言提出任何反馈意见，每个人自己决定是否听从发言者的意见来选股，就是说在例会上不存在权威，不存在对错，不争论，每个人发表自己的意见，并决定是否听从别人的意见。后来因为人太多，例会又变成了研究简报。林奇会有选择的采纳。
从对各个行业起起落落的长期观察中，林奇发现，尽管投资于周期型公司股票和特殊情况下股价被低估的公司股票，可能会取得2-5倍的投资回报率，但是投资于零售业和餐饮业公司股票会有更高的投资回报率，而且风险普遍要低得多。
林奇喜欢的公司的共同点是，资产负债表非常稳健，发展前景良好，但大部分基金却都不敢买入的股票。他的依据不是别人也喜欢，而恰恰是相反。
在1982年初的一片恐慌中，林奇始终保持镇定和冷静，因为他有一套经受住恐慌考验的办法，那就是专注于更大的大局，设想最坏的事情不会发生（或者不会一直最坏），然后问自己，如果最坏的事情不会发生的话，那会怎样呢？譬如，股评家们评论汽车销售暴跌，汽车行业似乎要永远陷入不景气的痛苦中，但林奇认为，不管经济是否衰退，美国人终究会、必然会去购买汽车的，所以他买入了克莱斯勒股票。市场的悲观恰恰是我们买入好公司的契机，不然凭什么我们能以超低价买入这么好的公司股票呢？
林奇并不回避债券，如果长期国债的投资收益率高出标准普尔500指数的红利收益率6个百分点或更多，那就应该卖出股票而买入长期国债。1982年美国长期国债利率高达13%-14%就是这样。
晚期
1983年4月，麦哲伦基金规模增长到10亿美元。同期麦哲伦基金投资组合中有450只股票，同年秋天达到900只，同年底，麦哲伦基金规模达到16亿美元，成为美国第二大基金。这也意味着如此规模的基金要想战胜市场更难，但林奇做到了。
在这900只股票中，有700只股票加在一起还不到基金总资产的10%，那为什么要很少量地持有这么多股票呢？林奇解释，一是很多公司本身股本规模非常小，10%的上限占用的资金很少，二是由于还无法确定这些公司是否真的值得大规模投资，三是有时一项无足轻重的小规模股票投资可能会引导你发现一个巨大的投资机会。
关于行业与个股，一种是自上而下，重视行业投资配置而不重个股选择，如果你预感到哪个行业将会表现不错，就把资金配置到这个行业，至于是哪个公司，可以闭着眼睛随便选，一种是自下而上，重视个股选择而不重视行业配置，就是精选个股，一家一家公司逐一进行详细分析后再做选择。林奇属于后者，尽管看好汽车行业，但并不是在该行业里掷飞镖，眉毛胡子一把抓，他仍专注精研个股，只投资自己看好的公司。
关于流动性，林奇不同于其他基金经理，一点也不担心，所以他从不回避小盘股。选择股票就像选择人生伴侣，离婚是否容易，可不是结婚前应该考虑的因素，如果你一开始就做出了错误的选择，无论如何结果都会一团糟，拥有世界上再好的流动性也没有用，最应该考虑的是，股票到底值不值得持有，而不是好不好卖出。
整个1984年，林奇持有的前10大重仓股没有变化，这一时期的买入-持有策略，与他早期频繁买进卖出的做法完全相反。
林奇1984年开始投资于海外市场，是除约翰.邓普顿之外，第一个大规模投资美国之外股市的美国基金经理，将10%-20%的资金投资于海外。国与国之间的文化背景差异并不是关键，股价不可能永远脱离基本面，这一规律不因国家不同而转移。别人都是去国外旅游，而林奇趁着陪夫人旅游的机会却去实地考察上市公司了。我感觉他在做任何事情时，都想着投资这件事，时刻带着发现新的投资机会的慧眼。
1984年标准普尔下跌了6.27%，而麦哲伦基金涨了2%，1985年重仓持有的仍是前面的长期国债和汽车股，他说，最值得买入的好股票，也许就是你已经持有的那一只股票，别总是一山望着一山高。到1986年2月，基金规模突破50亿美元，同年基金取得23.8%收益率，1987年又取得39%的收益率。
在指数创出历史新高之际，媒体一致鼓吹牛市来了，此时，林奇5年来第一次进行策略性转移，转攻为收，减持汽车股，1987年，基金规模突破100亿美元，同年10月股市大崩盘。林奇总是能够用大局观来洞察未来，他对股市长期大趋势总是持乐观态度，尽量让自己忽视股市可能出现的大调整，所以股灾前，虽然他抛出了不看好的储贷机构股票，但又买入了其他看好的股票，也就是说，他从来不预测股市短期涨跌，既然股市长期上涨，那么就保持比较高的仓位吧。
这次股灾也延迟了林奇的退休计划，因为他渴望有更多时间陪伴家人，而不是股票，当时已经准备辞职了，股灾又把他多留了3年。给我们的启示是，投资、赚钱永远不是人生的全部，它们只是我们实现美好生活的工具，千万别本末倒置，把自己弄成赚钱的工具。
1987年股市崩盘后，最赚钱的股票是成长股，而非周期股，投资周期股，重要的是要抓住正确时机及时抛出，获利了结，不然的话，好股票就会变成烂股票。也就是说，投资周期股，时机把握很重要，不管是买入还是卖出，因为它们不适合长期持有。
失败是成功之母，让麦哲伦基金赔钱的股票一长串，林奇犯错一点也不少，选错了股票赔了钱很正常，哪怕强如林奇大师。但如果发现公司基本面恶化，还死死抱住不放，甚至错上加错进一步追加买入更多股票，那就应该感到羞耻了，这是林奇一再努力避免犯下的投资错误，所以上述赔钱股大都不是林奇的重仓股，成功的投资组合的一个重要方面就是一定要控制亏损。