操作系统的安装
gamit 在许多操作系统上都可以运行.但是最常用的系统还是 linux. 大多数人也会在 linux 下使用 gamit.
安装方式
一般常用的方式有如下两种.
-
windows操作系统下安装vbox或vmware虚拟机,在虚拟机中安装linux. - 安装
windows和linux双系统.
如果你不知道选择哪种方式,可以选择第一种虚拟机的方式.
linux 发行版
常见的 linux 发行版有许多.这里按照推荐优先级给出几个.如果你不知道选择哪个,第一个是不错的选择.
opensuseubuntudebiancentosRedHat
具体的安装方式可以在网上搜到,这里略过不讲.
配置源
linux 有一个非常方便的功能就是软件源. 凡是在软件源中的软件只要使用简短的几行甚至一行命令就可以自动解决依赖并安装到你的电脑上.这里给出几个常用的几个国内源.
- 网易 http://mirrors.163.com
- 搜狐 http://mirrors.sohu.com
- 中科大 http://mirrors.ustc.edu.cn
- 华科大 http://mirrors.hust.edu.cn
配置过程参见各开源镜像站帮助.
运行环境
csh
gamit 有大量的脚本程序依赖 csh 执行.若尚未安装,则需要先安装 csh 或 tcsh .
如果你的操作系统是 opensuse , 从软件源中安装 csh 的命令为.
sudo zypper se csh # search csh
sudo zypper in tcsh # or sudo zypper in csh
如果你的操作系统是 ubuntu ,从软件源中安装 csh 的命令为
sudo apt-get install csh
其他操作系统请参考相关帮助.
gfortran
gamit 主要的编程语言为 fortran .若尚未安装,需要安装 gfortran 用于编译.
opensuse 下安装 gfortran 的命令为
sudo zypper se fortran # search gfortran
sudo zypper in gcc-fortran
ubuntu 下安装 gfortran 的命令为
sudo apt-get install gfortran
libx11-dev
gamit 在安装使用到了 libx11.so 和 Xlib.h .若未安装 libX11-devel ,需要安装 libx11-devel 库.
opensuse 下的安装命令为
sudo zypper se libX11-devel
sudo zypper in libX11-devel
ubuntu 下的安装命令为
sudo apt-get install libX11-devel
bash
如果你的 shell 环境不是 bash ,建议使用 bash 作为日常使用的 shell .如果没有需要安装. opensuese 下安装为
sudo zypper se bash
sudo zypper in bash
ubuntu 下为
sudo apt-get install bash
安装 gamit
install_software
该文件是安装 gamit 的脚本文件.首先确保该文件具有可执行的权限.若没有,则需要在所在目录执行如下命令获取可执行权限.
chmod +x install_software
在 bash 下运行如下命令
./install_software
随后提示是否解压缩继续. 输入 y 继续
The compressed tarfiles will be removed after extraction of the
directories, but except for that, the script may be stopped and
rerun safely from any point. Tarfiles to be uncompressed:
com.10.50.tar.gz etopo5.grd.10.0.tar.gz example.10.50.tar.gz example_ftpfiles.tar.gz gamit.10.50.tar.gz help.10.50.tar.gz kf.10.50.tar.gz libraries.10.50.tar.gz maps.10.1.tar.gz tables.10.50.tar.gz
Continue ? (y/n)
y
接下来会搜索 libraries/Makefile.config 中 X11LIBPATH 和 X11INCPATH 这两个选项中 Xlib.h 和 libX11.so 两个文件,并询问路径与你的系统是否符合. linux 下查找这两个文件的命令为
sudo find / -name Xlib.h
sudo find / -name libX11.so #或 sudo finid / -name libX11.a
sudo 表示以管理员权限执行命令. 这两个命令会返回 Xlib.h 和 libX11.so 所在位置.
Searching directories set in libraries/Makefile.config for X11 installation
Verified these paths to X11 libs and includes
X11LIBPATH:
X11INCPATH: /usr/include
Are these paths complete and correct for your system? (y/n)
若回答 y 会继续安装.若回答 n 则程序会搜索两个文件并返回(有可能)正确的路径,并询问是否正确.因此建议事先在 libraries/Makefile.config 文件中事先修改 X11LIBPATH 和 X11INCPATH 这两个选项.比如我的路径是
X11LIBPATH: /usr/lib64
X11INCPATH: /usr/include
这时候询问
Are these paths complete and correct for your system? (y/n)
才可以回答 y .接下来询问默认配置是否正确
GAMIT dimensions in /libraries/Makefile.config are set to
maxsit = 60
maxepc = 2880
maxatm = 13
maxsat = 32
Are these defaults found in Makefile.config correct?
If NOT edit the Makefile.config now before choosing to contine
Continue ? (y/n)
-
maxsit最大测站数 -
maxepc最大历元数 -
maxatm最大天顶延迟参数个数 -
maxsat最大卫星数
如果需要修改,需要回答 n 并在 libraries/Makefile.config 中修改.如果回答 y 程序继续.
Running unimake to create Makefile for comlib
System name: Linux cat.little 4.1.27-27-default #1 SMP PREEMPT Fri Jul 15 12:46:41 UTC 2016 (84ae57e) x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
System release number translated to 4127
OSID Linux 4127 not found in Makefile.config - remove Makefile and STOP
Failure in make_gamit -- install_software terminated
如果程序出现上述错误, 表示你的操作系统内核版本(这里是 4127 )太高,需要修改 libraries/makefile.config 中支持的 Linux 内核版本号
# ----- for Linux from 0.0.1 to 3.0.0 -- #
284 OS_ID Linux 0001 3000
修改为你自己的版本号(这里是 4127 ).
# ----- for Linux from 0.0.1 to 3.0.0 -- #
284 OS_ID Linux 0001 4127
后面程序继续安装,直至询问你
Create the gg link in your home directory to the version of
gamit/globk you just installed ? (y/n)
回答 y .创建指向安装目录的软链接.
程序最后会给出配置环境变量的提示
Don't forget to set your : path to include /home/octocat/code/gamit10.5.bak.compile/gamit/bin and /home/octocat/code/gamit10.5.bak.compile/kf/bin
: HELP_DIR environment variable in you shell profile
(in .cshrc/.tcshrc add: setenv HELP_DIR /home/octocat/code/gamit10.5.bak.compile/help/)
: INSTITUTE evnironment variable in your shell profile
(in your .cshrc/.tcshrc add: setenv INSTITUTE where_i_work)
where_i_work is a 3 character identifier for your solutions
在你的 $HOME$ 目录下找到 .bashrc 打开,并在最后加上如下三行
export PATH=$PATH:~/gg/gamit/bin:~/gg/kf/bin:~/gg/com
export HELP_DIR=~/gg/help/
export INSTITUTE=sgg
-
~/gg/gamit/bin,~/gg/kf/bin和~/gg/com一个都不能少 -
HELP_DIR这里的~/gg/help/最后一个/不能少 -
INSTITUTE写成你自己的机构简称