由于兴趣，自学生信第一天，纯属记录，若有错漏，欢迎指出。
第一次用，真有点不习惯，哈哈哈哈。
教材：鸟哥的私房菜，4-12章，某公司培训材料
一、基础命令篇：
常见操作命令
su -user
更改为其他用户并使用其环境变量设置 su root 切换到管理员命名。
cp命令
文件复制
-a 拷贝目录，保留链接、文件属性，并递归地拷贝目录
cp -i 交互式拷贝，询问是否覆盖文件。
cp -l 不做拷贝文件，只作链接。
mv命令
[参数] 源文件或目录 目标文件或目录 对象为文件为则为改名，为目录将文件或者目录移动到该文件.
-i 交互式操作，-f 强制执行。
rm命令
删除文件/目录，对于链接文件只是断开链接
-I 交互式删除，-r 删除目录与子目录 ，*删除当前目录下所有文件（目录不删除）
mkdir命令
创建一个目录（类似MSDOS下的md命令）。要求创建目录的用户在当前目录中（dir-name的父目录中）具有写权限，并且 dirname 不能是当前目录中已有的目录或 文件名称
-p 可以是一个路径名称。此时若路径中的某些目录尚不存在，加上此选项后，系统将自动建立好那些尚不存在的目录，即一次可以建立多个目录。
rmdir命令
删除一个或多个子目录项，目录必为空
-p 递归删除目录，当子目录删除时父目录为空，可连续删除。
cd命令
更改目录，..切换为上一层：
cd / 切换为根目录
cd ~ 切换至宿主目录(用户登录时所在的目录)，效果等同于不加指定目录。
pwd 命令
该命令显示用户当前所在路径。
ls 命令
显示目录或文件。
-a 隐藏文件
-R 递归式地显示指定目录的各个子目录中的文件
-l 以长格式显示文件的详细信息。
文本查看命令
More 命令
显示一屏文本，若要继续显示，按回车或空格键，退出按 q 或 Q。
-p 显示下一屏之前清屏，
-s 文件中连续空白行压缩成一个空白行显示。
More -c -5 example.txt 执行该命令，先清屏，然后以每五行方式显示文件。
Less 命令
用less显示文件，文件往前移动，按b键，要移动到用文件的百分比表示的某位置，则指定一个 0 到 100 之间的数，并按 p 即可。
Cat 命令
显示命令，它依次读取其后所指文件的内容并将其输出到标准输出，该命令功能之二是用来将两个或多个文件连接起来。
-n 在文件的每行前面显示行号。
-b 对于空白行不显示行号。
-s 消除两行以上空白行。
head 命令
显示指定文件的前若干行。
-n line
tail 命令
输出文件后几行。-n 只显示后面n行。-c 最后几个字节。-f 动态显示.
sed 命令
只看文件的中间几行。
Sed -n ‘5,10p’ /etc/ 只看文件的第5-10行。
grep命令
过滤器，搜索文件并过滤出某个特征行。
-n 所找到的行在行前加上行号列出。
-v 把不包含匹配模式的行列出。
grep -n mrna 文件输出。
文本处理命令
Sort命令
排序并输出。
-u 对排序后认为相同的行只留其中一行。
-d 按字典顺序排序，比较时仅字母、数字、空格和制表符有意义。
+posl -pos2 指定一个或几个字段作为排序关键字，字段位置从括posl，不包括pos2）。如不指定pos2，则关键字为从posl到行尾。字段和字符的位置从0开始。
-b 在每行寻找排序关键词时忽略前导的空白。
-t a 指定字符a 作为字段分隔符。
Uniq命令
将文件中的重复行中删除，只留下每条记录的唯一样本。
-c 显示输出中，在每行行首加上本行在文件中出现的次数。它可取代-u和-d选项
-d 只显示重复行。
-u 只显示文件中不重复的各行。
-n 前n个字段与每个字段前的空白一起被忽略。一个字段是一个非空格、非制表符的字符串, 彼此由制表符和空格隔开。
+n 前n个字符被忽略，之前的字符被跳过。
wc命令
用来统计给定文件中的字节数、字数、行数.
-c 统计字节数
-l 统计行数
-w 统计字数。
显示行数、字数、字节数、文件名 （34 算一个字）1个汉字在这里被转换为3字节
Split 命令
将一个文件分割成数个，生成文件依次为前缀aa……，默认前缀x
-b SIZE SIZE值为每一输出文件的大小，单位为 byte
-l NUMBER number 为每一输出文件的行数。
split -b 30k UCSC.lis TEST（例子，TEST为前缀）
cut 命令
截取文件中的某字段
-c m-n 表示显示每一行的第 m 个字元到第 n 个字元
-f m-n 表示显示第m栏到N 拦 （使用 tab 分隔)。
-d’ 分隔符’ 用来定义分隔符（单个字符），默认为 tab 键，和-f 配合使用。
cut -f 1-2 -d ',' UCSC.lis 以“，”为分隔符，取文件UCSC.lis的第一列和第二列。
awk命令
对文件进行信息提取等处理
awk '{ print }' /etc/passwd 此命令输出/etc/passd 文件内容
$ awk -F:":" ’{ print $1 }’ /etc/passwd 使用 -F 选项来指定 ":" 作为字段分隔符，打印出在输入文件中每一行中出现的第一个字段。
改变文件或目录的权限命令
chmod 命令
chmod命令用于改变文件或目录的访问权限
字母设定
chmod g+r，o+r GC_content.pl
chmod g+rw file 增加组内可读写权限。
chmod o=rx file 更改文件的权限，使其他用户可读可执行
数字设定
0 无权限
1 可执行
2可写
4可读
权限可以数字的形式叠加。
rwx属性则4+2+1=7
chmod 755 GC_content.pl
-r 更改所有的权限，包括子目录及其内文件
chgrp命令
改变
文件或目录所属的用户组，可以是组 ID，也可以是组名（见文件/etc/group）
-R 递归式地改变指定目录及其下的所有子目录和文件的属组。
chown 命令
更改某个文件或目录的属主和属组
-R 递归式地改变指定目录及其下的所有子目录和文件的属组。
chown -R soft:bgi genome/
(12)备份与压缩命令
tar命令（打包备份）
tar可以为文件和目录创建档案, 利用tar，用户可以为某一特定文件
件），也可以在档案中改变文件，或者向档案中加入新的文；全部打包成一个文件
-cf 创建新的档案文件。用于备份。
-rf 把要存档的文件追加到档案文件的末尾。
-tvf 列出档案文件的内容，查看备份了哪些档案。
-uf 更新文件。就是说，用新增的文件取代原备份文件
-xf 从档案文件中释放文件，解压缩
-zf 用压缩档案文件。
tar -cf bin.tar /usr/bin 将/usr/bin 目录下所有文件打包成 bin.tar
tar -xf bin.tar 提出 bin.tar 包里所有文件（但是包本身还存在）
tar -tvf bin,tar 给出目录，但是不解压缩。
Tar -help 显示帮助信息。
tar -rf up.tar text.txt 往压缩包中添加文档。
gzip命令
对文件压缩解压缩
对文件进行压缩和解压缩的命令，可以减少文件大小，.gz的压缩文件
-c 输出，并保留原有文件，与-d联用
-d 将压缩文件解压。源文件不存在了。
-l 对每个压缩文件，显示压缩文件的大小，未压缩时候的大小， 压缩比及文件压缩前名字
-r 递归地查找指定目录并压缩其中的所有文件或者是解压缩 (-r 压缩，-rd解压缩)
unzip命令
window 系统下的文件zip用该命令解压缩、
-x 文件列表 解压缩文件，但不包括指定的file文件。
-v 查看压缩文件目录，但不解压
-t 测试文件有无损坏，但不解压。
-d 目录，把压缩文件解到指定目录下。
-z 只显示压缩文件的注解
-n 不覆盖已经存在的文件
-o 覆盖已存在的文件且不要求用户确认。
-j 所有文件解压到同一目录下。
Compress压缩文件
.z 格式可以用 uncompress 解压缩或使用参数-d 解压缩。
磁盘和系统管理命令
df命令
-a 显示所有文件系统的磁盘活动
-k 以K字节显示
-i 显示i 节点信息。
-t 显示各指定类型的文件系统的磁盘空间使用情况
-x 列出不是某一指定类型文件系统的磁盘空间使用情况
-T 显示文件系统类型。
du命令
指定目录的每一个子目录并显示该目录占用文件系统数据块情况，如不指定则为当年目录。
-s 对每个文件或目录只给出占用的数据块总数
-a 递归
-b 以字节为单位列出磁盘空间使用情况
-k
-c 最后加上总计
-l 计算所有文件大小，对于硬链接文件，反复计算
-x 跳过不同系统上的目录不予统计。
free命令
查看当前系统内存的使用情况，
top命令
即时显示进程动态，进入 top 命令后可以使用如下几个命令进行操作
h:显示帮助信息
q: 离开
s: 更新速度，每几秒更新一次,空格键手动更新。
n: 只显示上面运行的几个进程
i: 不显示闲置不用的形成
u: 单独显示某一用户的进程，“+”显示所有用户的进程。
ps命令
显示用户的运行程序或系统程序
-e 所有用户的进程
-u 列出用户的进程
-f 给出详细列表
history命令
查询历史命令记录
Kill 命令
杀死一般无法终止的进程
-signal pid signal 为 0 到 31 的数字，也可以是特定字符串。如数字 9 代表 KILL，可以杀 掉一般无法终止的程序
-l 查看 signal 代表的意思。常用的 signal 有 HUP、STOP、CONT 等。