选择指导教授是念研究所的第一个重大抉择，而很多人的首要考虑是准时毕业后的出路。这些考虑确实也是需要的，但不该因此牺牲研究能力的养成。
研究的能力是可以带得走并且一辈子受用的：文献回顾的能力，让你在毕业后可以用前人的智慧来解决职场、家庭和人生的重大问题；批判性思考让你可以在规划、执行与创新的过程中监督自己，事先警觉到一般人觉察不到的风险、疏失与错误，这是一个领导者必备的能力；而创新的能力更是职场上关键的制胜利器。
这些能力都很难有系统地传授与学习，然而用心的指导教授还是可以为学生规划出较有力的学习环境。反之，如果指导教授不用心，就很容易出现第2章那种错误示范的案例。尤其是对于研究工作几乎一无所知的硕士生，如果欠缺教授和学长的指导，不但很难培养出研究能力，甚至连「研究所可以学什么」都不知道，以至于白白辜负了研究所两年的青春。
然而许多理工学院的教授把研究室当小型顾问公司在经营，研究生在学长带领下执行研究计划的一个局部，文献回顾和研究计划构想出自教授或学长代劳，因而研究工作很轻松，但是学到的能力却非常有限。
本章先以批判性思考为例，谈研究能力的养成，再谈它们跟指导教授的关系，作为读者选择指导教授时的参考。
批判性思考能力的培养
我们必须先了解文献回顾、批判性思考与创新的能力是如何培养的，然后才有办法讨论指导教授的领导风格可以如何影响这些能力的养成。
谈到批判性思考能力的养成，有一个令人非常困惑的对比：所有学者都会强调批判性思考的重要性，但是所有学科却都没有开授批判性思考相关的课程；对比之下，很少人会特别强调数学的重要性，但是所有跟计量有关的系所，都会开授相关的数学课程。就研究生而言(尤其是博士生)，到底是数学比较重要，还是批判性思考比较重要？假如批判性思考真的很重要，却又不在课堂上教，那么要去哪里学？
美国哲学协会曾对各种不同领域的专业工作者进行访问调查，然后归纳所有专家意见，最后把批判性思考分成六种能力：(1)分析(analysis)证据、概念、方法和问题脉络的能力，(2)评估(evaluation)证据、方法、结果的价值和可靠性等，(3)对各种证据与事实进行严谨的归纳与演绎等推论(inference)，以产出新的结论或命题、发现，(4)解释(explanation)各种证据的内在关联或可能的因果连结，以形成规律或理论，(5)诠释与解读(interpretation)各种证据、概念、理论与研究结果的内在意涵(implications)和可能衍生的影响、重要性与价值等，同时(6)有能力自行引导与组织(self-regulation)自己的思考活动，以便选择研究方法，规划研究活动，寻找证据，从证据中产出可靠的结论与判断，并且在这过程中主动侦测出自己隐藏的假设或前提，和跳跃的推论等谬误。
毫无疑问，这六种能力确实密切影响着研究的品质，甚至密切影响着一个人的思考、判断与决策的品质，因此其重要性不可能会被过分强调。
然而很多研究都发现，批判性思考的教与学迥然不同与数学或基本逻辑，后者有一套明确的操作程序可以依循，只要动作正确，结果就是正确。相较之下，批判性思考重视的并非徒具形式的思考活动，而是思考活动所能达成的品质或严谨性——如果分析的不彻底，或者评估时不够客观、严谨，就算照所有流程演绎一遍也毫无意义。
因此这些攸关「思考品质」的判准，很难被明确地刻画成可以「依样画葫芦」的标准操作程序或技巧，因此批判性思考的教与学比较像美术、舞蹈和音乐，老师可以带着你练习，可以示范给你看，但是同一班的学生学完以后，所表现出来的品质却差距甚大，反映着每个人领悟力的差异。因此，它的学习过程必须像美术、舞蹈和音乐那样，在你的学习过程中，由资深的人不时纠正你所犯的错误，并给予正确(或较佳)的示范——而不适合想数学课或逻辑课那样采用大班教学，而欠缺练习时间的个别指导与示范。
此外，批判性思考的学习过程必须跟各科系的专业知识(domain specific knowedge)结合，当一个人对特定问题的背景知识知道的愈充分、深刻、细腻，他在该问题上表现出来的批判性思考就愈周延、细腻而深刻。因此，批判性思考的能力很难像数学或基本逻辑那样，独立于专业知识之外去传授，也很难在严重欠缺专业知识的情况下表现出来。
举例来说，医药疗效和经济学基本工资问题的研究，都需要统计学：但是两种研究主题的问题脉络南辕北辙，实验设计与统计数据的取样，所需要克服的技术难题不同，影响研究品质的干扰因素不同。因此一个人在研究基本工资问题时，所培养出来的批判性思考能力，无法立即被转化为有关医药疗效研究的批判性思考能力——不过，当你在一个领域内培养成熟的批判性思考能力后，要培养出第二个领域的批判性思考能力是会容易许多，因此批判性思考的能力并非百分之百跟专业知识绑在一起，它具有某种程度的跨领域共通性。
对于初学者而言，批判性思考必须在明确的专业知识脉络中去进行，而无法像数学或基本逻辑那样，独立于专业知识之外去传授。缘此，批判性思考能力的养成必须跟各系所的专业课程紧密结合，而高阶的批判性思考能力，几乎只能靠师徒相授的模式，或者从前辈大师的作品里去揣摩、学习——也就是从文献回顾里去增进个人的批判性思考能力。
以上这些事实意味着，指导教授和研究室学长姐对你的研究能力增长有很大的影响，因此必须慎重选择指导教授和研究室。