【说明】

  • 网上某火热的gene family课程,我是看过,应该是一年多前(2017)它刚出来的时候看过,
  • 当时因为我整个分析都会,想看看它有没有什么补充的。
  • 现在我写的这个系列,都是我自己总结和尝试多种方法的学习心得,应该算是一年多前就写好的,后来只是对同一个问题提供多种思路,简化操作。
  • 14-3-3家族也是为了写这个系列加上去的,因为它是拟南芥标出来的第一个家族,我做过分析,成员也比较少,
  • 谁说这个家族没有pfam accession???
  • 只是没想到挑选的家族跟这个课不谋而合。
  • 当初看完这个课,很多地方我都觉得不足,甚至分析是不对。
结果:
  • 刚出来时:
    都是perl脚本提取,基因家族hmmer和blast结合t都没有,更没有对domain的确定,MCScanX分析都没有,个性circos图也不是,启动子分析部分也没有,当时还提供脚本。

  • 现在:
    加了好多内容,但是不提供脚本,提供sample(数据示例文件巨大),很无脑上手(简直傻瓜到极致)。还用了TBtools软件,不知道致谢或者跟CJ讲过没有。

总结一句:
  • 对我来说,有些地方确实值得借鉴!但是不多。
  • 文献看得比较少的原因,文献也有不足之处
  • 目的不是目的。
  • 版权意识强啊!!!
  • perl脚本真是厉害!!!
  • awk就能解决!
    也许,我心情不好就都隐藏好啦!

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