人类在与人工智能机器人的战争中失败，于是遮蔽了天空隔绝太阳能试图以此切断机器人唯一的能源供应。但机器人没有就此灭亡，反而捕获人类并放入能源仓内来摄取人体的生物能，而这种生物能的产生需要人类大脑的活跃，于是机器人中最强大的存在“架构师”创造了“Matrix”，也就是“矩阵”，将能源仓中休眠人类的意识唤醒并禁锢在这个由程序编写的虚拟世界里，这样人类可以在现实世界中沉睡又可以源源不断的为机器人提供生物能。
架构师为矩阵V1.0版本营造了一个完美的世界，这显然是机器人逻辑，没办法被人类大脑所接受，于是矩阵V1.0崩溃了，架构师认为是人类的大脑思维不适应新环境，于是用人类历史的某个鼎盛时期为背景又开发出矩阵V2.0版本，但却再次崩溃了。架构师明白了矩阵与人类不兼容的症结所在，进而设计了一个专门用来研究人类心智的程序——“先知”，引用架构师的话讲如果自己是矩阵之父，那么先知就是矩阵之母。
在先知的帮助下，架构师不再构建完美的世界，让矩阵中的人类拥有选择的权利，终于99%的人类接受了这个新版本的矩阵V6.0。
但是每个程序都存在漏洞也就是bug，矩阵也不例外。矩阵V6.0版本存在两个重要的bug：一是仍旧有1%的人类无法适应矩阵；二是随着矩阵的更新迭代，有一些旧程序需要被删除，但现实却没想象的那么容易，这些旧程序在矩阵里隐藏了起来成为非法程序，以“法国人”梅文为首的非法程序集合成了一个团体，并且这个团体的某些成员还能够超出矩阵的一些规则束缚拥有特异功能，他们的存在对矩阵也构成了威胁。
架构师针对这两个可能会导致矩阵崩溃的bug想出了解决方案：唤醒无法适应矩阵的人类并让他们离开被机器占领的世界去地底深处建立了人类最后一个城市“锡安”进行反抗，但是这种反抗仍是在架构师控制范围内的，甚至是架构师更新矩阵计划中的一环。与此同时架构师集合了所有非法程序的原始代码组成一个新程序植入到一个人类的大脑里，让这个人成为“程序+人类”的存在，并赋予了这个人“救世主”的角色。
这也是人类命运可悲的地方，一切都是在架构师一手掌控之中的，就连人类的救世主也是架构师创造并且掌控的。但是到了矩阵V6.0版本也就是第六代救世主尼奥发生了变化——先知赋予了尼奥前几代救世主的程序里没有的“爱”这个因素，并引导尼奥和女主崔妮蒂相爱，这种爱不同于前几代救世主选择拯救人类的那种博爱，这种爱是针对个人的爱。
为什么先知要对崔妮蒂预言她会爱上救世主尼奥？先知真的有预知未来的能力么？
先知是无法预知未来的，这点从第二部尼奥见到矩阵架构师的时候就知道了，先知也只是用来研究人类心智的一个人类程序而已。
对崔妮蒂作这样的预言是先知自己的一个选择。随着对人类的学习，先知逐渐理解了人类与机器最大的不同在于人类懂得选择，而机器却只能做出“正确”的决定。而更为重要的是爱是让人类进行选择的关键因素，所以先知冒着巨大的风险为尼奥注入了爱这个不同于历代救世主的因素，并试图终结这场人类与机器的战争。
从先知和小女孩一起做饼干时的对话我们就知道这时候作为程序的先知已经开始理解爱这个人类情感了，而且因为爱先知愿意付出一切。
全片最经典的桥段是当尼奥被困在“火车人”的车站时和程序一家人的对话，也是证明先知已经理解了爱。
这段对话揭示了机器人已经不仅仅再是没有情感的程序，这一家人和先知一样已经理解了什么是爱，就是愿意为对方付出一切。所以即便这位父亲知道当矩阵完成升级后自己也将会成为非法程序被删除，他却没有和其他非法程序一样选择逃避，而是和妻子尽可能的保住自己的女儿。
所以被注入了爱的尼奥在最终的代码之源做出了和其他救世主不同的选择，就是因为给尼奥注入的程序里有“爱”。从尼奥和先知的对话中知道架构师不仅不理解爱，更不理解选择，所以架构师不理解为什么尼奥宁可做出会毁灭人类的“错误”决定也要救崔妮蒂。
尼奥的选择终结了矩阵升级锡安毁灭重建的循环，但却迎来了另一个问题，如果尼奥不进入代码之源，那么架构师就会亲自毁灭人类。
先知为此改造了“特工”史密斯使之成为一个类似病毒的非法程序存在，这点从先知和尼奥的对话中可以得知只有先知知道史密斯和其他特工程序的不同，史密斯是尼奥的对立面。并且只有尼奥能打败史密斯来阻止史密斯复制自己毁灭世界。
在第一部史密斯和被抓住的莫菲斯的对话中，史密斯试图离开矩阵的强烈意图就已经体现了史密斯与其他特工程序的不同。史密斯原本不属于非法程序，也不可能是架构师改造用来毁灭自己的机器世界的，所以有理由相信是先知一手将史密斯改造成了非法程序，用来作为尼奥与架构师最终谈判的砝码。
先知随着对人类的研究逐渐理解并拥有了人类的情感，这是与同为程序的架构师最大的不同，先知想要终结机器与人类的战争并因此创造出了尼奥和史密斯。最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类永久的生存在锡安中，先知的矩阵革命得以实现。
最终先知和尼奥共同拯救了人类。
经典的黑客帝国系列完结。
PS：有人认为锡安也是虚拟世界，这点我不是很认同，理由如下：
1、为什么尼奥在真实世界仍能通过意念控制机器哨兵，并且史密斯能够控制真实世界的人类？我觉得这部科幻电影是1999年拍摄的，基于当时导演对于未来的想象这两点也是可以理解的，遥感方式控制机器人，而反过来机器人控制人类就跟催眠一样也并不是不可能的。
2、另外一点是让我觉得最能够肯定锡安是真实世界的因素是整个故事的结尾先知与架构师唯一的一次对话。
