公元前221年，秦始皇扫清六合，并吞八荒，建立了中国历史上第一个中央集权制的专制帝国，这是中国历史上最最重大的历史事件之一，这样的历史事件在中国历史上仅出现过三次。从此之后，专制帝国的政治形态统治中国两千多年。在此形式下，先秦时代任何学术思想必须适应这一转变，否则无法生存。贵为天下独尊的帝王也会检视各家学术，取其为我所用之处，以巩固一家一姓之天下。面对如此局面，儒家后学不得不自我阉割以迎合统治者，统治者亦拿起手术刀，视自己的需要对儒家学术予以阉割。
先谈谈儒家后学的自我阉割。孔子曾说：“君使臣以礼，臣事君以忠。”君与臣在封建时代之下，是对等的关系，君王对臣子以礼相待，臣子对君王才可能尽忠尽诚。但到了专制时代，这样的做法显然不现实。
最早做出改变的是叔孙通。此人投奔刘邦之初，尽推荐些好勇斗狠的土匪强盗，跟随他的儒生很不高兴，背地里骂他。叔孙通说，“你们能够上阵冲杀，斩将擎旗吗？时机未到，着什么急，我不会忘记你们的。”
刘邦统一天下之后，打天下的功臣集团没大没小，在宴会之上酗酒争功，狂呼乱叫，甚至拔剑乱砍，刘邦深以为忧。叔孙通见机会来了，自荐为刘邦制定朝仪。
叔孙通的朝仪，不过是以秦朝礼仪为主，再杂揉一些古仪，搞出的一套尊君卑臣的玩艺。搞成之后，当年十月第一次实行，其时正好长乐宫建成，各地诸侯和朝廷大臣都来参加朝会。先是到点之后，谒者带领诸侯大臣依次进入殿门，院子里布满宫廷卫士和刀枪剑戟。有人喊“趋…”殿下武士立刻分立两边，每个台阶上站着几百人。武将们依次站在西边，面朝东，文官们依次站在东边，面朝西；九行人设立了九个傧相，专门负责传呼；最后皇帝的车子从后宫出来，贴身人员拿着旗子，传话叫大家肃静，然后领着官员们依次向皇帝朝贺，所有的官员无不诚惶诚恐，汗不敢出。
朝仪结束之后行酒宴，上至宰相，下至有资格出席宴会的所有官员，叩伏在地，一个个按爵位高低依次起身给刘邦祝酒。酒过九巡，礼仪官传出命令：“停止”。哪个稍有不合规矩的，负责纠察的御史立刻把他们拉出去，要么罚俸，要么挨板子。
全套礼仪结束之后，刘邦大乐，曰：“吾今日始知皇帝之贵。”立即提升叔孙通做太常，赐给黄金五百金。叔孙通趁机对刘邦说：“我的弟子跟随我多年，这套礼仪是他们和我一块儿制定的，请陛下也能赏赐。"刘邦立马任命那些人当了郎官。叔孙通把刘邦赏给他的那五百斤黄金都分给了那些儒生。儒生们都高兴:"叔孙通可真是个圣人，能顺应时势啊。"
孔子的行事风格是“当行则行，当止则止”，是说有实践道义的机会就努力去做，没有机会就停下来，他不会拿原则做交易。但叔孙通就不一样，他所说的顺时处势，没有原则，一切以迎合上意为转移。
叔孙通只是为皇家粉饰门面，真正的大儒董仲舒从理论上证明皇权专制是万古不变，天命所归的真理。
他吸收利用道家和阴阳家的思想资源，把人事政治与天道运行附会在一起，搞出了一套天人感应学说。此论基调是屈民而伸君，屈君而伸天。把君的专制权力说成来自于天，神圣不可侵犯；而皇权又要受到天的制约，天又如何制约君呢，也就是上天示警，水旱灾害、特殊天象都是对皇帝不合理政治的警告；提出了“三纲”之说，君为臣纲、父为子纲、夫为妻纲。
董仲舒搞的这一套东西，从当时的政治形势来看，儒家要想在政治上出头，不迎合当时流行的阴阳五行等观念，不对君权予以追捧，绝对是不可能的。汉初的政治是黄老政治，主要是道家思想结合法家权术搞出的一套东西。如果儒家在政治上不能斗倒在当时政治上居统治地位的道家，它的命运就和以后道家在政治上失败一样，只能流落于民间。道家在民间发展出了道教，大搞炼丹修仙、画符念咒之类。如果儒家流落于民间，不知道会发展成什么样。
但董仲舒搞的这一套东西，与孔孟的原义距离甚远。孔子不语怪力乱神，那套五行灾异的学说在孔子那里完全站不住脚。孔子“敬鬼神而远之”，人间的事情由现世中的人自己来办，不必烦劳鬼神。在孔子的眼中，所谓“天”，是一个道德的化身，天的真意就是一个“诚”，“天何言哉，四时行焉，百物生焉”，君子当效仿天道，“天行健，君子以自强不息。”君子当“修己以敬，修己以安人，修己以安百姓。”君子完成可以为自己的选择负责。孔子所展现的，是一个刚健的、进取的、充满活力的、阳光的人格形象。但董仲舒搞的这套神神鬼鬼，人慢慢的变成了一个猥琐的、阴暗的、凡事不敢负责任、而在权力面前唯唯诺诺的一个奴才形象。这样的形象，从董仲舒始，随着专制权力的日益强大，一直到清未达到高潮，以至于龚自珍写出这样的诗：“九州生气恃风雷，万马齐喑究可哀。我劝天公得抖擞，不拘一格降人才。”专制主义的毒害，竞至无人敢说话的地步，人格扭曲无以复加（这种阴暗的人格，真到今天还在影响着中国人的心灵，以至于一些不明就里的外国人，给中国人贴上阴险、狡诈、猥琐的标签）。
董仲舒搞的“三纲之说”，其源自法家，与孔子没有任何关系。三纲的最早记载见于《韩非子·忠孝》：“臣事君、子事父、妻事夫，三者顺则天下治，三者逆则天下乱，此天下之常道也。”
董仲舒吸收这个思想，在《春秋繁露》中说：“君臣、父子、夫妇之义，皆取之阴阳之道。君为阳，臣为阴;父为阳，子为阴;夫为阳，妻为阴。是故仁义制度之数，尽取之天。”他又说，“阴者阳之合，妻者夫之合，子者父之合，臣者君之合。物莫无合，而合各有阴阳。”“合”是配合的意思，也就是被支配的一方。董仲舒吸收法家思想撰改儒家学说，后世人不知，以为“三纲”之说是儒家固有的思想，实大谬不然。
到了东汉汉章帝时代，儒生们汇聚于白虎观，讨论儒家经义，经班超整理，形成《白虎通义》一书，大部分复述了董仲舒的观点，并有所发挥。
该书认为，“太初者，气之始也；太始者，形之始也；太素者，质之始也；阳唱阴和，男行女随也。”这种天地万物生成法，核心的一条重申董仲舒的阳为主，阴为次的说法，从而为“三纲”之说找到了世界观的来源。“子顺父，妻顺夫，臣顺君，何法？法地顺天。”君臣、父子、夫妇之间的关系，犹如天在上，地在下一样，是永远不能改变的。“三纲之义，日为君，月为臣也。”（《日月》）帝王就象太阳，月亮就象臣子；“君有众民，何法？法天有众星也。”（《五行》）君主之于臣民，犹如天上月亮星辰所拱卫的太阳。
并说：“地之承天，犹妻之事夫，臣之事君也。其位卑，卑者亲事，故自周于行，尊于天也”。天是最高神，地是它的“妻子”，如此，自然现象之间的关系也就具有了专制制度下伦理的性质。
《白虎通义》这套神神鬼鬼的说法，根本经不起推敲。到了宋朝，又有一位大圣人出，就是朱熹，搞出了一套天理的学说。理学的主要观点认为：“天理”是最高的范畴，理无所不在，不生不灭，不仅是世界的本源，也是社会生活的最高准则。这个理是什么呢？就是仁。
朱熹的这个说法不是挺符合孔孟之道吗，孔孟不是口口声声谈仁吗？但两者有根本的区别。
孔孟所谈之仁，是就人与人之间的关系来说的，强调在高位的人有义务照顾在低位的人，家族内部讲父慈子孝，兄友弟恭，普通人之间讲诚信，君臣之间有礼义。人人有遵礼守仁的自觉性和自主性。
但朱熹讲的这个仁，是天道，天理，那么，人的自主意识不见了，变成了必须遵守的道德教条。
还有至关重要的一点，天道、天理掌握在谁的手里面？朱熹大概认为掌握在儒家知识分子手里面，从而为儒家知识分子监督皇仅，为民服务提供理论依据，这也符合大宋王朝“吾与士大夫共治天下”的气象。但这个理论的流弊在于，它也证明了皇权的合法性，但更吊诡的是，为无限的皇权扩张奠定了理论基础。既然宇宙有一个天理在，那么，皇权就可以说，这个放之四海而皆准的真理掌握在我的手里，你们都得听我的。知识分子嘴巴说，“你们得听我的。”我为什么听你的？除非你给我好处。但权力说真理在我这，你听不听，不听有棍棒侍候，不听也得听。所以，朱熹搞的这个理论，大受专制皇权欢迎，从元朝中叶开始，他注解的四书就成为科举考试的唯一教材。统治者为何如此追捧朱夫子，原因无他，朱熹的理论为他们以仁义之名大肆杀戮和剥削开了方便之门。这大概是朱熹没有想到的吧？
理学的创立，以及理学统治中国八百年说明了一个深刻的道理，自从秦始皇建立了专制制度开始，任何学术必须适合统治者的胃口，才有生命力，至于为民服务之说，只能寄托于为统治者服务的夹缝之中。
朱熹绝不会想到他的理论被派上了如此的用场，这也说明了一个道理，漫长的专制时代造成的专制主义思维已经渗入了中国人的骨髓，你自己都没有意识到。比如现在已经21世纪了，许多在外被认为温文尔雅的父亲在家里俨然是一个专制暴君，对子女的专业选择、就业、婚恋大加干涉，甚至日常生活的小事也要横加指责；在任何一个单位里面，自然而然就形成了唯领导马首是瞻、大家拣领导喜欢听的话说的氛围，那些说真话、实话的人反而给人怪怪的感觉。连朱夫子都没有意识到他的理论里面有这么多的专制主义因素，从而自觉不自觉的为专制皇权作了嫁衣，又何况我等凡夫俗子呢？