分析记录 | 细菌基因组软件安装

1.conda安装

1. 直接安装

    conda install fasttree mummer mafft repeatmasker prodigal
    conda install trf trnascan-se
    conda install lastz  
    conda install ucsc-chainnet orthomcl  
    conda install canu pacbio_falcon effectivet3

2.手动安装

2.1 Celera assembler

1. 界面似乎提醒已经停止更新，如果是pacbio nanopore数据，请用canu。
   下载界面
2. 新名字叫Whole-Genome Shotgun Assembler
3. 安装代码

       wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/wgs-assembler/wgs-assembler/wgs-8.3/wgs-8.3rc2.tar.bz2
       bzip2 -dc wgs-8.3rc2.tar.bz2 | tar -xf -
       cd wgs-8.3rc2
       cd kmer && make install && cd ..
       cd src && make && cd ..
       cd ..

4. 使用：wgs-8.3rc2/*/bin/runCA 星号这里是机器名，比如Linux-amd64。
5. runCA

2.2 Rfam

1. 先安装Infernal软件 http://eddylab.org/infernal/
   conda install -c bioconda infernal=1.1.2
2. 下载Rfam数据库
   得到Rfam.cm和Rfam.clainfo两个文件。我将它们放在新建的Rfam文件夹里。

    wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam/12.2/Rfam.cm.gz
    gunzip Rfam.cm.gz
    wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam/12.2/Rfam12.2.claninfo

3. 在Rfam文件夹中运行,建立索引： cmpress Rfam.cm
   
   

   DraggedImage.png
4. 详细见链接

2.3 RNAmmer

1. 下载界面链接
   http://www.cbs.dtu.dk/services/RNAmmer/
2. 需要学术邮箱
3. signalP同 链接
   4.安装
   cat rnammer-1.2.tar.Z | gunzip | tar xvf -
   
   

   image.png

需要hmmsearch和Getopt::Long perl模块。
需要修改rnammer文件。

• rnammer安装路径
  -hmmsearch路径
  -perl路径

  
  
  

  image.png

2.4 Quiver

1. 安装最新SMRTanalysis，包含在内。

2.5 PHAST

1. 下载界面链接
2. 安装代码 1)安装clapck 2）安装Phast

    wget http://www.netlib.org/clapack/clapack.tgz
    tar -xvzf clapack.tgz
    cd CLAPACK-3.2.1
    cp make.inc.example make.inc && make f2clib && make blaslib && make lib
    ##安装Phast
    wget http://compgen.cshl.edu/phast/downloads/phast.v1_4.tgz
    tar -xvzf phast.v1_4.tgz
    cd phast/src/
    make CLAPACKPATH=/home/liyb/biosoft/CLAPACK-3.2.1

2.6 CRISPRFinder

1. online 链接
2. java版本链接

2.7 IslandPath-DIOMB

web版本：已整合入islandviewer 4 link

linux版本

1. 安装界面
2. 需要先安装HMMER3

  wget http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64.tar.gz
  tar -xvzf ?? && cd hmmer-3.1b2
   ./configure
   make
   make check
   make install

3. 安装islandpath

linux版本：
git clone https://github.com/brinkmanlab/islandpath
需要安装几个perl模块

Data::Dumper
Log::Log4perl
Config::Simple
Moose
MooseX::Singleton
Bio::Perl

perl -MCPAN -e shell  
>install Data::Dumper

4. 运行:输入文件是annotated genome as a genbank (.gbk) 或者embl (.embl) file.

# gbk file
./Dimob.pl example/NC_003210.gbk NC_003210_GIs.txt
# embl file
./Dimob.pl example/NC_003210.embl NC_003210_GIs.txt

2.8 repeatmasker

1. RMBlast序列搜索引擎
   conda直接安装
   手动安装
   http://www.repeatmasker.org/RMBlast.html
   2.6.0 ver 2 2017-3-29

# 下载RMBlast源码包并编辑
cd ~/bin/
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.6.0/ncbi-blast-2.6.0+-src.tar.gz
wget http://www.repeatmasker.org/isb-2.6.0+-changes-vers2.patch.gz
tar zxvf ncbi-blast-2.6.0+-src.tar.gz
gunzip isb-2.6.0+-changes-vers2.patch.gz
cd ncbi-blast-2.6.0+-src
patch -p1 < ../isb-2.6.0+-changes-vers2.patch
cd c++
./configure --with-mt --prefix=/usr/local/rmblast --without-debug
make
# 安装程序及库至系统目录，有报误，但我们需要的rmblastn已经可以正常使用了
sudo make install # Makefile:40: recipe for target 'install-toolkit' failed
# 测试程序是否安装成功
/usr/local/rmblast/bin/rmblastn -h

2. TRF(Tandem Repeat Finder)
   conda 直接安装
   手动安装
   http://tandem.bu.edu/trf/trf.download.html
   4.09 2016-2-22
   最新版4.09，本操作系统需要安装其中的legacy的64位版才能运行

cd ~/bin/
wget http://tandem.bu.edu/trf/downloads/trf409.legacylinux64
chmod +x trf409.legacylinux64
sudo cp trf409.legacylinux64 /usr/local/bin/trf
# 测试有帮助信息即可用
trf

3. RepeatMasker
   http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
   4.0.7 2017-2-1

# 下载267MB安装包，也比较慢，放在后台慢慢下
nohup wget -c http://www.repeatmasker.org/RepeatMasker-open-4-0-7.tar.gz &bg
tar xvzf RepeatMasker-open-4-0-7.tar.gz

4. Repbase数据库
   http://www.girinst.org/server/RepBase/index.php
   需要注册才能下载，人工审批，可能要等两天。
   RepBaseRepeatMaskerEdition-20170127.tar.gz (48.84 MB) 也可以在我的百度网盘下载，并上传服务器至RepeatMasker下载的相同目录。http://pan.baidu.com/s/1c2zSMKo

mv RepBaseRepeatMaskerEdition-20170127.tar.gz RepeatMasker/
cd RepeatMasker/
tar xvzf RepBaseRepeatMaskerEdition-20170127.tar.gz

！conda安装后不方便加库，建议手动安装repeatmasker
将下载的repbase库全部放在repeatmasker的libraries目录下面

屏幕快照 2017-10-31 下午3.25.13.png

5. 配置RepeatMasker依赖关系

# 默认perl, repatmasker, trf安装位置正确的就一路回车
# 搜索引挚选择2 RMBlast，输入RMBlast安装目录/usr/local/rmblast/bin，# 再选5 done完成；例如我刚才编绎最新版安装目录：/usr/local/rmblast/bin；如果新版安装失败的，下载的旧版预编辑 安装目录为：/usr/local/rmblast-2.2.28/bin
./configure 
#添加至全局环境变量

EMBOSS

#If you are compiling a fresh installation:
./configure 
make
#If you compile it on subsequent occasions, use the following:-
rm config.cache 
make clean 
./configure
 make

2.9 blast早期版本

1. 下载原代码
   FTP 2012

2. 按照make/readme.unx中的提示。
   2.1 在biosoft中新建toolkit文件夹，将targz放在该文件夹中解压
   2.2 在toolkit目录，./ncbi/make/makedis.csh
   2.3 编译失败，放弃

3. 另一种方法
   下载2.2.26已编译的版本似乎更好，但ftp打不开（文件名变更了，可以从上一级目录开始找）
   ftp
   wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/legacy/2.2.26/blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz
   参照link

安装gnuplot 4

下载4.6.0
查看README.1st

./configure
make

antismash

1. 自己尝试
   antismash：需要python 2.7 环境
   conda create -n Icey python=2 antismash
   查看环境：conda info --envs
   切换环境：source activate Icey （退出 source deactivate)
   download-antismash-databases
2. antismash：官方推荐安装方法 (未尝试）
   link
   创建antismash镜像，并安装antismash包。

conda create -n antismash antismash 
source activate antismash
download-antismash-databases
source deactivate antismash

3. 运行

source activate antismash
antismash my_input.gbk

picard

1.picard
conda安装会报错
手动安装：下载picard.jar就可以了
2.java -jar /path/to/picard.jar -h

3. picard 直接运行

echo '#!/bin/bash' > ~/bin/picard
echo 'java -jar ~/src/picard-tools-1.140/picard.jar $@' >> ~/bin/picard

# Make the script executable
chmod +x ~/bin/picard

Mauve

1. http://darlinglab.org/mauve/user-guide/installing.html
2. 需要安装java