使用igvtools可视化测序深度分布

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igvtools是最常用的NGS数据可视化工具之一，功能非常强大，可以展示序列比对，拷贝数变异，突变位点等多种数据的分布，网址如下

https://software.broadinstitute.org/software/igv/home

本文主要介绍如何使用这个工具来展示测序深度的分布，对于测序深度，有多种格式的文件都存储了相应的信息，比如我们之前介绍过的bedgraph, bigwig等。igvtools当然支持直接导入这种格式的文件，但是igvtools官方更推荐使用它们自己制定的一种文件格式-TDF。

TDF格式也是采用了滑动窗口的方式，用窗口内的数据的平均值来代表该窗口的结果，最终生成了一个二进制的文件，这个文件igvtools处理起来更加快速。通过igvtools的命令行工具，可以由bam文件生成对应的tdf格式的文件，用法如下

igvtools count \
-z 5 -w 10 -e 0 \
sample.bam \
sample.tdf \
genome.fa

生成了tdf格式的文件之后，就可以导入到igvtool之中，首选选择对应的基因组版本，然后通过File->Load from File导入对应的文件。

为了展示的更加美观，我们对默认参数进行一些调整。通过View->Preferences按钮， 调整Charts的参数，勾选对应的单选框，示意如下

在igvtools中，每一行展示的数据称之为track, 通过右键弹出的菜单，可以对每个track的颜色，数值范围进行调整。调整参数之后，可以生成如下所示的结果

igvtools也支持导出图片，通过File->Save Images可以导出png, svg, jpeg等多种格式的文件。

·end·

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