微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—OTU聚类与物种注释方法描述

一、OTU聚类

a)序列按照97%相似度（Identity）划分OTU，获得OTU表格，可以观测样品OTU分布情况；

b)主要步骤：

①去重复，去单序列获得OTU代表序列；

②将所有序列和OTU代表序列，按照97%相似度进行OTU划分; 

减少不同样品间测序深度带来的差异 ？

【手段】原始数据×OTU丰度矩阵，在一定序列数水平下，经过n次重复，获得稀疏化样品×OTU丰度子矩阵，用于β多样性分析。

二、物种注释

a) OTU代表序列，采用RDP classifier算法与数据库进行比对，比对置信阈值70%~80%，获得分类学信息，汇总成OTU分类学表格。

三、OTU聚类与注释在论文中的描述

a)OTU聚类的表述：

      例如：Operation Taxonomic Units(OTUs) were clustered with 97% similarity (3% cutoff) using XXX software(Version, website), and chimeric sequences were identified and removed.

b)物种注释的表述：

      例如：The phylogenetic affiliation of each 16S rRNA gene sequence was analyzed by  RDP classifier(website) against the Database(version) 16S rRNA database using confidence of(threshold) 70%.