根据产业投资基金的法律实体的不同，产业投资基金的组织形式可分为公司型、契约型和有限合伙型。
1公司型
主体：公司型产业投资基金是依据公司法成立的法人实体，通过募集股份将集中起来的资金进行投资，政府出资以公司股东身份的形式存在。
决策：公司型基金有着与一般公司相类似的治理结构，基金很大一部分决策权掌握在投资人组成的董事会，投资人的知情权和参与权较大。
投资：公司型产业基金的结构在资本运作及项目选择上受到的限制较少，具有较大的灵活性。
管理：在基金管理人选择上，既可以由基金公司自行管理，也可以委托其他机构进行管理。
2契约型
主体：契约型产业投资基金一般采用资管计划、信托和私募基金的形式，政府出资往往作为认购方出现。
特色：契约型基金是一种资金的集合，不具有法人地位，在投资未上市企业的股权时，无法直接作为股东进行工商登记的，一般只能以基金管理人的名义认购项目公司股份。
决策：投资者作为信托、资管等契约的当事人和产业投资基金的受益者，一般不参与管理决策。
管理：契约型产业投资基金不是法人，必须委托基金管理公司管理运作基金资产，所有权和经营权分离，有利于产业投资基金进行长期稳定的运作。
3有限合伙型
主体：有限合伙型产业基金由普通合伙人（GeneralPartner，GP）和有限合伙人（LimitedPartner，LP）组成。
普通合伙人通常是资深的基金管理人或运营管理人，负责有限合伙基金的投资，一般在有限合伙基金的资本中占有很小的份额。而有限合伙人主要是机构投资者，他们是投资基金的资金主要提供者，政府出资以有限合伙人的形式出现。
投资：投资方向在合伙协议中约定，投资项目由投资决策委员会决定，投资决策委员会一般由普通合伙人、专家组成。
管理：通常情况下，有限合伙人实际上放弃了对有限合伙基金的控制权，只保留一定的监督权，将基金的运营交给普通合伙人负责。普通合伙人的报酬结构以利润分成为主要形式。
特色：典型的有限合伙型产业基金结构可分为三层：银行、保险等低成本资金所构成的优先层，基金发起人资金所构成的劣后层，以及夹层资金所构成的中间层。优先层承担最少风险，同时作为杠杆，提高了中间层和劣后层的收益。通过这种设计，有限合伙型产业基金在承担合理风险的同时，能够为投资者提供较高收益。
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