GEOparse —— 利用Python处理下载处理GEO数据

利用GEOparse可以方便的从GEO数据库（Gene Expression Omnibus Database）下载并处理数据。

在Python中安装：
pip install GEOparse
同时请确保安装了numpy 和pandas等包。

使用：
1：如果你想直接下载GSE1563这一个系列的芯片数据
import GEOparse
gse = GEOparse.get_GEO(geo="GSE1563", destdir="./")

2：如果你已经在本地下载了芯片数据
import GEOparse
gse = GEOparse.get_GEO(filepath="./GSE1563.soft.gz")

以上两条是下载或打开芯片数据。
GEOparse有三个类GSM：单一的样本；GSE：一系列的样本；GPL：平台

.table 和.columns是GSM的两个属性，返回的是pandas.dataframe对象。table是值。