(1)转录组之软件安装

一、Linux系统环境准备

其中的软件并非转录组必备自行删减

用window10系统的同学，可以按照网络上的教程开启自带unbuntu子系统。(系统安装完成后通过apt-get安装git, vim )

sudo apt install git vim

想用纯Linux系统的同学，可以通过虚拟机或实体机安装Linux的ISO镜像。我这里使用的是基于Arch Linux的衍生版本manjaro的xfce版本。特点是同时拥有aur丰富的软件和可视化的便捷安装。
(系统安装完成后通过pacman安装git, vim )

sudo pacman -S git vim chromium mousepad

安装yaourt用于获取AUR中的软件

vim /etc/pacman.conf #用VIM打开编辑文件，自行百度VIM用法或用文本查看器替代

在pacman.conf文件最后加入以下三行

[archlinuxcn]
SigLevel = Optional TrustAll
Server = https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/archlinuxcn/x86_64

安装yaourt

pacman -Syu yaourt
yaourt -S deepin-qq-im #安装个qq玩玩

二、miniconda安装与配置

已经有系统的直接从这里开始

用miniconda的好处是不用自己寻找相关软件官网查看安装方法以及漫长的本机编译过程和烦人的软件依赖关系解决，另外可以通过建立不同的虚拟环境来管理同一软件的不同版本

cd && mkdir Source && cd Source # 在家目录下建立Source 文件夹存放代码文件
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O miniconda3.sh # 通过wget下载miniconda安装代码，并重命名为miniconda3.sh方便后期使用

bash miniconda3.sh # 运行后按提示安装

以下添加channels,就是为conda增加软件源

conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/

conda config --set show_channel_urls yes

三、转录组软件安装

安装之前

conda create -n biosoft --clone root #克隆自带的root环境并命名为biosoft为其所用
conda info --env #查看当前所有环境
source activate biosoft #激活新建的biosoft环境
conda search (packagename) #搜索包名，也可以先到这里搜索以保证包名写法正确，并且比conda search速度快

安装软件代码

conda install sra-tools fastqc hisat2 samtools htseq #用conda search查完确定正确名称后各软件一起安装，可以同时解决依赖

四、R与rstudio软件安装

source deactivate #退出安装转录组软件的那个biosoft环境
conda create -n R gcc_linux-64 r-essentials rstudio #新建一个环境命名为R，然后安装R语言和rstudio
source activate R #进入R环境（环境隔离避免系统太过混乱，不想要了直接conda remove -n R --all）
R -version #查看R版本
rstudio #启动rstudio