IRscope:可视化叶绿体基因组四个区连接位点

论文题目

IRscope: An online program to visualize the junction sites of chloroplast genomes

期刊 影响因子

Bioinformatics 7.307

网址

https://irscope.shinyapps.io/irapp/

introduction

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高等植物叶绿体基因组通常高度保守，长度在150kb左右，环状DNA,130个基因左右，其中80个蛋白编码基因，30个tRNA,10个rRNA,典型的四部分结构，两个反向重复区（inverted repeats IRs）大的单拷贝区（large single-copy LSC）小的单拷贝区（small single-copy SSC）共有四个连接位点

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GeSeqJob-20180601-195111_Punica_granatum_Taishanhong_OGDRAW.jpg

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叶绿体基因组的相关论文通常会有一幅图比较不同种叶绿体基因组四个区域边界的差异，之前看到的论文里也没有提到这种图是借助什么工具来做的，自己一直以为这类图是借助PPT或者其他工具手动画出来的，今天看到的论文里提到了用来做这种图的在线工具IRscope，上传的文件格式包括genbank文件，NCBI 的accession number,或者DOGMA的输出文件加上叶绿体的fasta序列。自己尝试了网址上提供的例子，输出的结果如下

IR.jpg

看起来还挺美观的，输出的结果是300ppi的jpg文件。
画图借助的是R代码，论文也提供了画图用到的R源码（source code）,可以根据自己的需求来修改源码。抽时间再来研究他的R代码。