NCBI获取基因序列以及不同转录本序列

前言：最近实验室要用northern-blot实验去检测miRNA的表达，对于多年没有设计过探针的我感到一丝恐慌，因为让人尴尬的是我把如何找一个基因表达的转录本也就是mRNA序列找出来这件事给彻底忘记了。不过还好，经过周围人的提醒和自己的摸索，已经可以在NCBI上自如的获取基因给mRNA序列了

关键词：NCBI 基因  转录本  mRNA序列  探针（建议在查找实验之前先把概念理清楚）

1 首先是打开NCBI官网，左上角选择框选择Gene，输入基因名字，比如GAPDH，点击Search；

2 在检索结果中选择自己想要物种的基因，比如想要第一个人的GAPDH，就点击 ID编号为2579的GAPDH就可以；

3 点击进去之后网站会展示这个基因的Full Report出来。从上到下依次有summary，genomic context等等，这里我们直奔主题，点开NCBI Reference Sequences相关内容；

4 点开之后会看到如下内容，发现这个基因会有5个转录本（开头以NM的认为是确定的mRNA序列）点击NM_001256799.3；

5 点击之后会出现如下的内容，有gene,exon，等等，基因的序列是固定的，不同的转录本可能会有不同的外显子区域组成，这里我们因为要以mRNA序列进行杂交实验，所以必须在外显子区域选择序列；

值得注意的是，这里给出的序列中虽然是atcg四种碱基，但它指示的不是DNA序列，而是mRNA序列，如果要设计与RNA能够杂交的探针，直接截取一段（5‘-3’）放在peimer5引物设计软件中获取它的反向互补序列就行了。这个反向互补序列就是probe序列，可以直接在5‘端或者3’端加修饰发送给生物公司合成了。