MySQL程序可以从选项文件(有时也称为配置文件)读取启动选项。选项文件提供了一种很方便的方式来指定常用的选项，因此不需要每次运行程序时从命令行输入。
下面的程序支持选项文件：myisamchk、myisampack、mysql、mysql.server、mysqladmin、mysqlbinlog、mysqlcc、mysqlcheck、mysqld_safe、mysqldump、mysqld、mysqlhotcopy、mysqlimport和mysqlshow。
在Windows中，MySQL程序从以下文件读取启动选项：
| 文件名 | 目的 |
|---|---|
| WINDIR\my.ini | 全局选项 |
| C:\my.cnf | 全局选项 |
| INSTALLDIR\my.ini | 全局选项 |
| defaults-extra-file | 用--defaults-extra-file=path指定的文件，如果有 |
WINDIR表示Windows目录的位置。通常为C:\WINDOWS或C:\WINNT。你可以使用下面的命令通过环境变量WINDIR的值确定其确切位置：
C:\Users\Administrator> echo %WINDIR%
结果:C:\Windows
INSTALLDIR表示MySQL的安装目录。我的安装目录为C:\Program Files (x86)\MySQL\MySQL Server 5.5
在Unix中，MySQL程序从下面的文件读取启动选项：
| 文件名 | 目的 |
|---|---|
| /etc/my.cnf | 全局选项 |
| $MYSQL_HOME/my.cnf | 服务器相关选项 |
| defaults-extra-file | 用--defaults-extra-file=path指定的文件，如果有 |
| ~/.my.cnf | 用户相关选项 |
MYSQL_HOME是一个环境变量，包含服务器相关的my.cnf文件驻留的目录路径。
如果未设置MYSQL_HOME，并且DATADIR中有一个my.cnf文件，BASEDIR中没有my.cnf文件，mysqld_safe将MYSQL_HOME设置为DATADIR。否则，如果未设置MYSQL_HOME并且在DATADIR中没有my.cnf，则mysqld_safe将MYSQL_HOME设置为BASEDIR。
典型情况二进制安装的目录为/usr/local/mysql/data或源代码安装的目录为/usr/local/var。请注意这是配置时指定的数据目录的位置，而不是 mysqld启动时用--datadir指定的。运行时使用--datadir对寻找选项文件的服务器没有效果，因为服务器在处理命令行参量之前寻找这些选项。
MySQL按照上述顺序寻找选项文件，并读存在的选项文件。如果你想要使用的某个选项文件不存在，则用明文文本编辑器创建。如果存在多个选项文件，文件中指定的后读取的选项要优先文件中指定的先读取的选项
注释：在Unix平台上，MySQL忽略人人可写的配置文件。这是故意的，是一个安全措施。
任何可以在运行MySQL程序时在命令行给出的长选项也可以在选项文件中给出。要想列出程序的适用选项，用--help选项运行程序。
在选项文件中指定选项的语法类似于命令行语法，例外的是要忽略掉两个破折号。例如，命令行中的--quick或--host=localhost在选项文件中应指定为quick或host=localhost。要想在选项文件中指定--loose-opt_name形式的选项，应写为loose-opt_name。
选项文件中的空行被忽略掉。非空行可以采用下面任何形式：
- #注释，；注释
注释行以‘#’或‘；’开头。‘#’注释也可以从行的中部开始。
- [group]
group是你想要设置选项的程序名或组名。在组行后面，任何opt_name或set-variable行适用于组名，直到选项文件结尾或给出其它组行。
- opt_name
等价于命令行中的--opt_name。
- opt_name=value
等价于命令行中的--opt_name=value。在选项文件中，‘=’字符附近可以有空格，而在命令行中是不允许的。你可以用单引号或双引号来引用值。如果值包含一个‘#’注释字符或空格时很有用。
选项名和值前后的空白将自动删除掉。你可以在选项值中使用转义序列‘\b’、‘\t’、‘\n’、‘\r’、‘\’以及‘\s’来表示退格、tab、换行符、回车以及空格字符。
在Windows中，如果某个选项值表示一个路径名，应使用‘/’而不是‘\’作为路径名间隔符来指定值。如果使用‘\’，必须用双斜线‘\’，因为‘\’在MySQL中为转义字符。
如果选项组名与程序名相同，则组内的选项专用于该程序。
所有客户程序(但不能被mysqld)读取[client]选项组。这样允许你指定适用于所有客户端的选项。例如，[client]是用于指定连接服务器的 密码的理想的组。(但应确保该选项文件只能由你自己读写，以便其他人不能发现你的密码）。一定不要随意在[client]组内放置选项，除非它可以被你使用的所有客户程序识别。如果你试图运行程序，如果程序不理解选项则会显示一条错误消息后退出。
从5.0系列的MySQL 5.0.4开始，可以在选项文件中使用!include指令来包括具体文件和!includedir来搜索选项文件的具体目录。例如，要包括文件/home/mydir/myopt.cnf，可以使用：
!include /home/me/myopt.cnf
要搜索所有以.cnf结尾的文件的目录/home/mydir并作为选项文件读取，应使用：
!includedir /home/mydir
请注意这些选项与节有关。例如，假定你想要使用my.cnf中的某些内容，如下所示：
[mysqld]
!include /home/mydir/myopt.cnf
在这种情况下，只为该服务器处理文件myopt.cnf，并且!include指令将被客户应用程序忽略。然而，如果你使用下面的部分：
[mysqldump]
!includedir /home/mydir/my-dump-option
则只有mysqldump为以.cnf结尾的文件检查目录/home/mydir/my-dump-option，服务器或其它客户应用程序均不检查。
注释：目前，在Unix操作系统中，所发现的使用!includedir指令包括的文件的文件名必须以.cnf为扩展名。在Windows中，该指令也为有.ini扩展名(包括.cnf)的文件做检查。
如果你想要创建只由一个具体mysqld服务器发布系列读取的选项组，选项组可以用[mysqld-5.0]、[mysqld-5.1]等名称。下面的组表示--new选项只能用于5.1.x 版本的MySQL服务器：
[mysqld-5.1]
new
[mysqld-5.1]
new
下面是一个典型的全局选项文件：
[client]
port=3306
socket=/tmp/mysql.sock
[mysqld]
port=3306
socket=/tmp/mysql.sock
key_buffer_size=16M
max_allowed_packet=8M
[mysqldump]
quick
在上述的选项文件中，设置key_buffer_size和max_allowed_packet变量的行使用了var_name=value语法。
下面是一个典型的用户选项文件：
[client]
# The following password will be sent to all standard MySQL clients
password="my_password"
[mysql]
no-auto-rehash
connect_timeout=2
[mysqlhotcopy]
interactive-timeout
如果你有一个源代码分发，可以从support-file目录中找到名为my-xxxx.cnf的示例选项文件。如果你有一个二进制分发，在MySQL安装目录的support-file目录中查找。在Windows中，示例选项文件也可以位于MySQL的安装目录。目前有小、中等、大以及非常大的系统的示例选项文件。要想练习这些文件，在Windows中复制到C:\my.cnf或在Unix中复制到根目录的.my.cnf。
注释：在Windows中，可以不显示.cnf选项文件的扩展名。
所有支持选项文件的MySQL程序可以处理下面的命令行选项：
· --no-defaults
不读取任何选项文件。
· --print-defaults
打印从选项文件中获得的程序名和所有选项。
· --defaults-file=path_name
只使用给出的选项文件。path_name是文件的全路径名。
· --defaults-extra-file=path_name
在全局选项文件后但在用户选项文件前读该选项文件。path_name是文件的全路径名。
为了正确工作，每个选项必须紧随命令行中的命令名后，例外情况是--print-defaults可以紧随--defaults-file或--defaults-extra-file。
在shell脚本中，可以使用my_print_defaults程序来分析选项文件。下面的例子显示了当要求显示[client]和[mysql]组内发现的选项时my_print_defaults产生的输出：
shell> my_print_defaults client mysql
--port=3306
--socket=/tmp/mysql.sock
--no-auto-rehash
开发人员请注意：在C客户程序库中，只是通过处理命令行参量前面的所有匹配选项(即相应组内的选项)来处理选项文件。对于使用多次指定的最后的选项实例的程序，可以很好地工作。如果你有一个C或C++程序按这种方式处理多次指定的选项，但不读取选项文件，只需要添加两行来实现该功能。检查标准MySQL客户程序的源代码来看看如何做。
其它几个MySQL语言接口基于C客户库，它们中的一部分提供了访问选项文件的一种方式。包括Perl和Python。