biostar handbook: 第四周笔记汇总+第五周任务布置

不知不觉已经过去了四周，这个系列的开篇语写于2017年10月14日，距离今天差不多是一个月的时间了。这个月的时间学的内容并不算多，大致也就是如下几个内容：

• *nux基础： 这个尤为重要，学会了*nix（Linux或unix）之后，如果能够在日常科研生活中进行使用，那么你的效率将会大大提高。
• 数据格式： 数据的保存具有一定的格式，处理数据的前提在于知己知彼，这样才能选择合适的工具。这个部分内容包括知道什么是本体论，fasta和fastq长什么样子。
• 数据库： 一个优秀的数据库提供了分析所需的必要条件，想想如果没有NCBI这些数据库，分析将会多么困难。

这些内容都特别基础，当然越是基础的东西可能越是重要，我遇到的大部分问题都可以归结为基础不扎实。当然从下一周开始，我们将会接触数据分析的第一步，质量控制。

质量控制重要程度在目前看来可能没有那么高，因为现在测序仪器的精确度上升后，大部分测序错误都被避免了。但是质量控制可能不只是判断碱基的质量。我们可能还要考虑实验的重复性等问题。下一周我们负责学习的内容是第8章和第9章。任务是：

• 目前常用的测序仪及其测序原理
• 二代，三代或者四代测序仪的优缺点是什么
• 质量控制一般需要哪几步
• FastQC的结果如何解读
• 使用multiQC聚合fastqc的输出结果
• （额外任务）质量控制除了检查碱基质量以外，还有那些类别

后续部分是第四周的笔记汇总

• 常见的数据格式及数据库The learning notes of the biostar handbook(4)
• Biostar学习笔记（4）GenBank, FASTA, FASTQ and download SRA files from NCBI
• biostarhandbook(四)|生物数据及其下载和基本操作