Mac 安装Circos软件

系统macOS High Sierra 10.13.1

(一)安装perl的模块

这是一个基于Perl的软件,依赖很多Perl模块,先安装好这些模块。

1. 进入perl:

perl -MCPAN -e shell

2.安装模块:

> install Config::General

> install Font:TTF

> install GD

> install List::MoreUtils

> install Math::Round

> install Math::Bezier

> install Math::VecStat

> install Params::Validate

> install Readonly

> install Regexp::Common

> install Set::IntSpan 

> install Text::Format

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其中GD模块的安装非常麻烦,依赖的包很多

查找指定安装模块:

$ perldoc -l List::MoreUtils

根据报错提示需要依赖模块“ExtUtils::PkgConfig”,安装模块:$install ExtUtils::PkgConfig

安装这个模块时继续报错信息:

perl“ExtUtils::PkgConfig requires the pkg-config utility, but it doesn't

*** seem to be in your PATH.  Is it correctly installed?

***  PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin”

显示需要“pkg-config”,看一下是否安装:$ pkg-config

显示“-bash: pkg-config: command not found”说明系统没有安装

先去网站下载 http://pkgconfig.freedesktop.org/releases/pkg-config-0.29.2.tar.gz

然后解压安装

$tar -xf pkg-config-0.29.2.tar.gz

$cd pkg-config-0.29.2

$./configure --with-internal-glib

$make

$sudo make install

成功安装pkg-config

因为之前已经下载好了ExtUtils::PkgConfig的文件,进入文件夹ExtUtils-PkgConfig-1.16-JoLoVF想本地安装一下,但会检测不到模块,需要添加环境变量,添加后跟其他包位置不一样,调用会有问题,因此删除文件夹重新安装是最省事的,下一段可以不看:

$perl Makefile.PL

$make

$make test

这里make成功了,但还是检测不到这个包,应该是没有添加环境变量:

$ export DYLD_LIBRARY_PATH="/Users/*(我的用户名)*/.cpan/build/ExtUtils-PkgConfig-1.16-JoLoVF$DYLD_LIBRARY_PATH"

$ source /etc/bashrc

再检测:$ perldoc -l ExtUtils::PkgConfig

检测成功,但是调用仍然有问题,删除后重新安装,问题得到了解决。

然而GD包的安装还是有问题“No package 'gdlib' found”,原来它需要很多依赖软件,我选择安装一个软件管理器来安装这些包:

另外一个软件管理工具brew (http://blog.csdn.net/wx19900503/article/details/52956598):

安装非常简单,这一个命令就装好了: $ruby -e "$(curl -fsSLhttps://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

然后安装以下依赖包:

$ brew install zlib

$ brew install libpng

$ brew install libjpeg

$ brew install truetype

$ brew install libgd

然后这时候安装GD就能够成功了。

当然我中间还用了其他的方法,例如装软件管理器ports,本地安装这些包等,下面这一段可以不看。

安装一个管理器ports来安装这个包 (软件管理器),根据官网(https://guide.macports.org/#installing.xcode)介绍操作:

安装Xcode(时间较长):$ xcode-select --install

下载MacPorts:  MacPorts-2.4.2-10.13-HighSierra.pkg

太麻烦,不装了,去官网(https://github.com/libgd/libgd/releases)下载安装包。

$ tar -xf libgd-2.2.5-nuked.tar

$ cd libgd-2.2.5

$./configure 

$make

$sudo make install

libpng模块(https://libpng.sourceforge.io),官网显示没有OS X的版本,我选择下载了一个tar.gz的文件包。

$ tar -xf libpng-1.6.34.tar.xz

$ cd libpng-1.6.34

$ ./configure

$make

$sudo make install

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(二) 安装Circos

官网下载Circos软件“http://circos.ca/software/download/circos/”

解压:$ tar xvfz circos-0.69-6.tar

$ perl bin\circos

继续报错提示缺少 Perl 模块:Statistics::Basic, SVG, 按照上面的方法装好。

再次运行OK了

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