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排污申报登记制度，与排污许可证制度区别有二：
(1)性质不同。申报登记制度在性质上是环境保护行政主管部门收集和掌握管辖区的污染和治理情况的一种途径，其目的是为当地人民政府和环境保护部门监督提供依据。原则上，排污者均须进行申报登记，具有普遍性。排污许可证是指排污单位向环境保护行政主管部门申请排污，并经批准领取许可证后进行排污活动。排污许可证在性质上是主管机关对申请排污单位的排污活动是否准允，其目的在于控制和约束排污行为。
(2)程序不同。申报登记制度只是要求排污单位按时地如实地向环境保护部门申报登记所规定的排污方面的事项，只要履行登记手续，环境保护部门不需对申报单位的排污量作出否或可的表示。而排污许可证则要求申请单位向主管机关提出申请，受理机关审查批准，发给许可证，并定期监督检查。
排污申报登记制度和排污许可证制度虽然有以上区别，但也有内在的联系，如两者都要求排污者如实申报登记有关排污情况，两者都能为环境保护主管部门提供有关排污或治理方面的信息。
1.排污申报登记制度
（1）实行排污申报登记制度的意义。排污申报登记，是指直接或间接向环境排放污染物、噪声或产生固体废物者，按照法定程序就排放污染物的具体状况，向所在地环境保护行政主管部门进行申报、登记和注册的过程。
排污申报登记的目的在于使环保部门了解和掌握企业的排污状况，同时将污染物的排放管理纳入环境行政管理的规范，以利于环境监测以及国家或地方对污染物排放状况的统计分析。
中国施行排污申报登记的规定最早见于1982年由国务院颁布的《征收排污费暂行办法》之中，其主要目的在于以此作为排污收费的依据。后来在相继制定的水、大气、环境噪声、固体废物等法律法规中又明确地作出了规定。在1989年制定的《环境保护法》中，第27条就明确规定，“排放污染物的企业事业单位，必须依照国务院环境保护行政主管部门的规定申报登记”。
（2）排污申报登记的内容与要求。当建设项目竣工验收合格后，在投入正式使用之前，排污单位应当履行排污申报登记的手续。
凡是直接或者间接向环境排放污染物、排污申报登记的主要内容，包括排放污染物的种类、数量、浓度、排放去向、排放地点、排放方式、噪声源种类、数量和噪声强度、噪声污染防治设施或者固体废物的储存、利用或处置场所等。
按照《排放污染物申报登记管理规定》（1992年，国家环境保护局）的规定，排污申报登记制度的施行要求如下。
首先，排污单位必须按所在地环境保护行政主管部门指定的时间，填报《排污申报登记表》，并按要求提供必要的资料。对于新建、改建、扩建项目的排污申报登记，应当在项目的污染防治设施竣工并经验收合格后一个月内办理。经其行业主管部门审核后向所在地环境保护部门登记注册，领取《排污申报登记注册证》。排污单位终止营业的，也必须办理注销登记（cancellation registration），并同时交回该《排污申报登记注册证》。
对于排污单位在申报登记后要对上述内容作出重大改变的，应当在变更前15日内向所在地环境保护行政主管部门履行变更申报手续。如果发生重大改变而未履行变更手续的，视为拒报。
对于排放污染物超过国家或者地方规定的污染物排放标准的排污单位，在向所在地环境保护行政主管部门申报登记时，应当写明超过污染物排放标准的原因及限期治理措施。
对于需要拆除或者闲置（leave unused）污染物处理设施的，必须提前向所在地环境保护部门申报，并说明理由。未经环境保护部门同意，擅自拆除或者闲置污染物处理设施未申报的，也视为拒报。
2.关于排污许可与污染物的控制方式问题
（1）排污许可制度的概念。排污许可，是指凡需要向环境排放各种污染物的单位或个人，都必须在事先向环境保护主管部门办理排污申报登记手续的基础上，经过环境保护主管部门批准，获得“排放许可证”后方能从事排污行为的一系列环境行政过程的总称。
排污许可的实施，是排污申报登记的延伸或结果，获准污染物的排放许可也是排污单位履行排污申报登记制度之后所拟达到的最终目的。在西方国家，各国的环境污染防治立法都普遍规定，非经环境保护当局许可而向环境排放污染物的行为即为违法行为，因此排污许可制度是西方国家环境污染控制行政的一项重要法律制度。
关于对污染物实行控制，目前其主要方法有两大类：第一类是从环境行政管理的角度出发，针对污染源以及污染物排放而实行的直接控制或间接控制方式。第二类是从针对污染物的排放点和区域的环境面的不同，从污染物排放的浓度与总量的不同的角度出发，而实行的浓度控制和总量控制方式。无论那种方式，它们之中都包含环境行政管理的因素在内。目前这些方式在世界各国的实行都比较普遍，并且常常是针对环境质量的不同要求而交互使用的。
（2）直接控制与间接控制方式。大体上，环境行政控制污染物排放的方法主要有直接控制和间接控制两大类。直接控制就是针对污染物的排放管口对排放污染物的种类（variety）、数量（quantity）和浓度（density）实施管制，通过环境保护当局实施监督，以污染物排放标准来判断污染物的排放是否超标，然后决定排污者的行为是否合法。它的优点在于简单易行，通过强制排污者遵守排放标准的义务来达到减少污染物排放的目的，这种方法常常是让企业被动地以直接遵守规定的方法来完成。但是由于生产工艺和设备的改造是一个需要资金和技术投入的过程，如果没有更大的利益驱动，企业可能并不会注重采用更为先进的生产方式。所以仅仅依靠直接控制的方式来控制污染源，就不利于促进企业进行技术改造以积极地消除或减少污染物的排放。
间接控制的方法，则不是针对污染物排放管口的种类、数量和浓度，而是针对工厂企业生产工艺和设备的全过程，通过以市场的手段实行技术改造或设备更新、逐步淘汰旧设备的方法，促使排污者积极主动地努力从工业生产的开始就注重通过提高生产效率和资源能源的利用率，以减少排放口末端污染物排放的控制方法。由于间接控制的管理方法较之于直接控制在手段上呈多样化的态势，更多的融合了市场的因素，更为实用且具有积极的意味，它的实施可以促使排污者根据自身的经营状况来决定对生产工艺的改造或更新，这样既可以提高对自然资源或能源的利用效率，又可以减少污染物的排放，所以各国在环境行政管理方面都普遍实行了这种措施。
（3）浓度控制和总量控制方式。无论是直接控制还是间接控制，在具体方法上也都存在着浓度控制（density control）和总量控制（total quantity control）的区别。
污染物的浓度是指单位容积物体内所包含的污染物质以及有毒有害物质的数值（数量）。所谓浓度控制，是指在对污染物排放实施控制的手段上，主要以污染物的浓度作为控制对象的一种污染物排放的控制方法。这种方法也是以污染物的排放标准为依据，要求排污者将其排放的各项污染物质的浓度控制在一定的数值以内，从而使排放进入环境的污染物质的浓度不超过环境的自净能力达到保护环境的目的。目前中国就主要采用这样的方式。但是，浓度控制有一个最大的弊端，就是它可能促使企业为了使自己所排放的污染物的浓度达到排放标准所规定的要求，而采取稀释（dilute）污染物的浓度增加排放数量的方法排放污染物。这样既使得高浓度含量的污染物可以排出企业，又不违反排放标准的规定。其结果，是造成一定环境面积内污染物的总量增大而超过环境的容量。因此而达不到环境保护的要求。
为此，总量控制方式也就应运而生。
所谓总量，是指在一定区域环境内，环境可以容纳污染物质以及有毒有害物质的全部数量。它可以通过对环境进行自然科学的基础调查和分析而得出。通常总量是以定量化的数值来表示的。总量控制，就是在对环境可以容纳污染物质以及有毒有害物质的全部数量予以定量化的基础上，对排污者的污染物排放进行定量控制的环境行政方法。
在中国，目前正在试行和推广运用总量控制方式。
（4）排污许可与控制方式的关系。西方国家实行的排污许可制度，是以非经环境当局的许可而向环境排放污染物的行为是违法行为为前提实施的。根据环境保护的需要又将这种排污许可的形式分为两种：一种是对于一般区域（水域）实行的浓度许可制，另一种是对于特定的区域（如对实行浓度控制方式仍不能达到环境质量要求的地域）实行的总量控制制。在它们的适用上，法律规定了严格的适用范围和实施要件。
在中国，由于目前实行着一种“排污收费制度”，即只要向环境超标准排放污染物就必须依法规定向环境保护行政主管部门缴纳相应的超标排污费（向水体排放污染物的，即使不超标也必须缴纳排污费）。这样就不存在所谓超标排污是违法行为的问题。
从80年代开始，中国就开始在水污染防治领域试行水污染物排放许可证制度。在1996年新修改颁布的《水污染防治法》中，法律的修改起草小组对有关排污许可制度在立法中作出了较为隐晦的规定，将“排污许可”制改称为“重点污染物排放量的核定”制度，并且将它们作为水污染物总量控制方法的实行措施。此外，在1995年新修改的《大气污染防治法》也规定了酸雨控制区（acid rain control area）和二氧化硫控制区（sulphur dioxide control area）的区域大气污染控制措施，为今后实施总量控制和排污许可制度奠定了基础。因此，中国目前尚不存在实质意义上的排污许可制度。