Kuang 1999 标记分离 distortion

1. Kuang H, Richardson T, Carson S, Wilcox P, Bongarten B. Genetic analysis of inbreeding depression in plus tree 850.55 of Pinus radiata D. Don. I. Genetic map with distorted markers. Theor. Appl. Genet. 1999;98:697–703.

使用S-1种子的大配子体构建了辐射松+树850.55的遗传图谱。该图包含19个连锁群，有168个RAPD和4个微卫星标记。总图谱长度为1116.7cM（Kosambi函数），估计覆盖56％的基因组。在172个标记中，59个（34％）从兆配子体中预期的1：1比率扭曲（P <0.05）。我们显示，如果失真是由单个生存力基因或抽样误差引起的，自交种子的megagametophytes重组频率的估计不会受到影响。

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介绍
辐射松（Pinus radiata D.Don）是世界上更经济上重要的林木树种之一，特别是在南半球，育种项目已经持续了近50年（Balocchi 1997）。这些计划提供了用于建立商业种植园的大量种子，通常是通过种植高价值的树种。辐射松与大多数其他针叶树一样，在自交上显示出近亲繁殖抑制，表现为生长速率和种子集减少（Williams和Savolainen 1996综述）。在几个树种中，在后代中发现了遗传标记的分离畸变（Fowler 1964，1965; Cheliak 1987; Hedrick和Muona 1990）。植物中分离畸变的原因尚不清楚，但被认为与染色体丢失等因素有关（Kasha和Kao，1970），遗传分离机制（Zamir和Tadmor 1986）或存活基因（Hedrick和Muona 1990; Beavis和Grant 1991; Lin等人1992; Liedl和Anderson 1993; Bradshaw和Stettler 1994; Cheng等人1996; Xu等人1997）。关于生存力基因，选择可以是配子水平（Lin等人1992; Liedl和Anderson 1993; Yanagihara等人1995; Cheng等人1996; Xu等人1997）或合子水平（Hedrick和Muona 1990; Bradshaw和Stettler 1994）。非生物因素如评分误差（Deve xy et al。 1994; Plomion et al。 1995）或抽样误差（Plomion等人1995; Echt和Nelson 1996）也可能导致偏析失真。 DNA标记系统的可用性促进了中等密度连锁图的发展，因此增强了检测分离失真的能力。已经有许多关于植物中包括林木的连锁实验的分离失真的报道（例如Helentjaris等人1986; McCouch等人1988; Nelson等人1993; Pillen等人1993; Bradshaw和Stettler 1994 ; Cheng等人1996; Xu等人1997）。在针叶树中，针叶树种子的单倍体大配子体的使用提供了构建单个树的遗传图谱的有效方法（Tulsieram等人1992; Nelson等人1993,1994; Binelli和Bucci 1994; Plomion等人1995 ; Echt和Nelson 1997），并用于检测母体的分离畸变。该映射策略类似于具有未知连锁相的回交的策略（Nelson等人，1993）。然而，尚未确定由于活力基因和使用大配子体的连锁分析的抽样误差而导致的畸变的选择。在回交群体中，两个标记之间的重组频率的经典估计等于重组体的比例，到最大似然估计（MLE）。如果单个存活力基因（合子选择）与两个标记物连锁，重组频率的估计与当没有活力干扰时相同（Bailey 1961）。这个结果还没有扩展到使用针叶树粉虱。在本文中，我们证明，在标准假设下，当基因型数据从巨型母细胞获得时，即使存在分离失真，常规重组的最大似然估计也是无偏的。此外，我们描述了一个高价值辐射松树，850.055，从人工自花授粉产生的种子的巨型母细胞基因型构建的连锁图。这里，经常发现与预期的孟德尔比的偏差。