受体与配体(小分子)之间的相互作用图-二维

相互作用图二维展示

在分析对接结果,以及相互作用力的时候,我们需要一张二维图像来万完美的展示作用力,当然也需要三维的,这次讨论的是二维的作用力展示。

软件:

LIGPLOT
网址:https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LIGPLOT/
可以直接下载,免费,不过安装过程的话,估计我可能得再重新写一篇。

过程:

1:这个是主界面


受体与配体(小分子)之间的相互作用图-二维_第1张图片
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2:导入蛋白


受体与配体(小分子)之间的相互作用图-二维_第2张图片
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3:直接输入ID号或着点击browse装载自己的蛋白文件
受体与配体(小分子)之间的相互作用图-二维_第3张图片
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4:接下来的界面,ligplot是分子和蛋白,dimplot是蛋白和蛋白或者蛋白和多肽之间的结合。这次是蛋白和分子,选择其中一个任意就好,点击run。


受体与配体(小分子)之间的相互作用图-二维_第4张图片
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5:结果,半圆形为疏水性相互作用,Aer601为紫色,C原子黑色,氧原子红色,氮原子蓝色,氢键相互作用是绿色,Nap268为配体分子。
受体与配体(小分子)之间的相互作用图-二维_第5张图片
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6:结束

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