一大早起来右眼就在跳个不停，海瑞感觉很不好，心想是不是要出什么事。果然他马上得知了他被参劾的事。自己被参劾其实是早晚的事，反正已经不是第一次被参劾了，不过真正让海瑞感到难过的是，参劾他的官员们找的参劾他的原因。
大部分的官员参劾他不识大体，仅仅注意节约纸张等细枝末节，有失巡抚体统。而一位叫戴凤翔的给事中则直接在奏章中措辞严厉的指责海瑞。说海瑞只凭一己的冲动随意对百姓的产业做出判决，在他治下，佃户不敢向业主交租，借方不敢向贷方还款。这种明显的夸大之辞已经让人不禁怀疑这位给事中是否早已和高利贷者沆瀣一气。可是更令海瑞生气的是，戴凤翔竟然在奏章中说，海瑞的一妻一妾在同一个晚上一起死去，很可能出于谋杀。虽然海瑞后来上疏说明了情况，说他的侍妾于8月14日自杀，而妻子则是8月25日病死的。但是不论真想如何，海瑞都给皇帝和百官留下了怪僻而不近人情的印象。戴凤翔的奏章已经达到了预期效果。
海瑞时任南直隶巡抚。在他被参劾之前他早已是帝国的明星官员，以直言抗命享誉整个官场。回想起以前，他刚进入官场的时候只不过是福建一个县的儒学教师，任期四年。四年后，当他被任命为浙江淳安知县的时候他已经45岁了。海瑞直言抗命的声名就是在任淳安知县的时候确立的。
淳安县是往来三省的交通要道，要是搁到现在那当地人民肯定早就脱贫致富了。可是在明朝作为交通的要道的淳安给当地人民带来的却是繁重的负担。因为明朝政府的预算中没有官员的差旅费这一项，当时全国共有1000多个驿站，虽然名义上由政府管理，可是出差过境的官员本人及随从所需的马匹、食物和船轿挑夫全部由地方上负责，政府只是给出差的官员开一封绍信：官员所到之处驿站，按官员品级照规定供应。
这就给驿站所在之地的人民增加了许多负担。若是偏远的地方还好，一年之中也许都碰不上一位过境的官员，可是像淳安这样的交通要道就惨了，几乎每天都有官员过境。要是碰上节俭的官员也还好，轻车简从，快来快去。可是要是碰上那种铺张浪费的官员，不但随带大批的人员和行李，作威作福，有时还要对驿站的款待百般挑剔更有甚者还会凌辱驿丞。
时任兵部右侍郎兼佥都御史、浙、闽总督的胡宗宪的儿子在过境淳安时就曾凌辱驿丞。要是换成其他人做知县遇到这种事也只能睁一眼闭一眼算了。胡宗宪可是当朝一品大员，居官风厉，在他治下的官民无不凛然畏惧，而他的儿子就是不折不扣的官二代，这样一号人物还是少惹微妙。可也怪胡宗宪的儿子运气不好，偏偏在淳安凌辱驿丞，而淳安的知县又恰恰是这个“不懂事”的海瑞。
当时仅仅七品知县的海瑞愣是把一品大员的亲生儿子给绑了。好在海瑞虽然是“生性怪僻”但是并不笨，他把胡宗宪的儿子绑了以后并没有押到县衙，而是直接命人送到了总督衙门，并修书一封说：我今天绑了一个冒充总督大人儿子到处招摇撞骗的人，送到总督衙门请总督亲自发落，我还没收了此人所骗得的钱财。我想总督大人节望清高，是不可能有这样的不肖之子，也不可能有那么多金银财物的。
还有一次海瑞直接让本来要过境的官员望风而逃，直接不敢过淳安境内。
1560年，左副都御使鄢懋卿被任命为清理盐政的钦差大臣，南北各省的食盐征收专卖都归他节制，以期增加政府财政收入，加强抗击倭寇的财力。对于这样一位钦差大臣，地方上的各级官员上至总督巡抚，下到知县自然是不敢有丝毫的怠慢。而钦差大人本人也顺应潮流在出发前就发布通令，说他本人“素性简朴、不喜承迎。凡饮食供帐俱易简朴为尚，毋得过为华奢，靡费甲里”。这样的官样文章早已是司空见惯，地方上的各级大小官员只不过把它看做一纸具文，没有人会去认真对待，就是钦差大人自己恐怕也不会认真。
可是淳安县知县海瑞认真了。钦差大人的节使尚未到达淳安，钦差大人就收到了海瑞的禀帖。禀帖的一开头规规矩矩的写着“严州府淳安县知县孩谨禀，紧接着就把通令的原文抄录于后，在接着就说大人一路南下，我听到很多消息，说大人所到之处皆有酒席，且每席的花销已到达纹银三四百两，并有金花金缎在席间连续奉献，而其他供帐也及其奢华。最后提出要求钦差大人摒弃奢华的排场和搜刮，不应该做一个标榜简朴却沽名钓誉的伪君子。还警告钦差大人说，如果不能严词拒绝地方上这样的阿谀奉承，将来势必不能公事公办，也就无法完成皇上交给的任务。钦差大人在看了这个禀帖后一声不吭，只是马上绕道而行，没有过境淳安。
成也萧何败萧何，由此海瑞直言抗命的声名不但在官场上确立，更是在人民群众中广为流传，他成了人民心中的英雄。但是也因为他的直言抗命，他失去了一次升迁的机会。1562年他调任江西兴国，不过仍然是任知县，不升不降。以他的这种抗命的精神，上司肯定是怀恨在心，如果不是因为他真的是言行如一、清正廉洁，那他海瑞就是有十个脑袋也早就掉光了。
不过被官场上的人看做是“怪胎”的海瑞决心要做一个名垂青史的谏臣。1565年他再次表现出了直言的胆略。这一次他的矛头直接指向了皇帝。
是年海瑞已经不再是那个七品的知县。历任首辅达二十几年的大学士严嵩为嘉靖皇帝免职，他所扶植的私人也不免相继倒台，其中就包括胡宗宪和鄢懋卿，他们被认定为坏人。命运终于开始眷顾海瑞。因为之前在胡宗宪和鄢懋卿当权的时候敢于和他们作对，海瑞被看做是在及其困难的情况下仍然敢于跟恶势力对抗的典型，他在官场上的声望大增。1565年当他向皇帝进言的时候他已经升任北京户部主事，官阶为正六品，算的上是中级官员了。
1565年的明朝已经处在一个内忧外患的年代。当时，南北两方的战事都连连告警，政府急待增加收入以备军需。可是政府却拿不出新的财政方针以增加收入，可行的办法无外乎还是增加附加税。明朝的税收制度本来就及其复杂，在实际的执行过程中也是难以执行，现在是难上加难，在现实中更加难以执行。户部是掌管全国财政税收的部门，对于全国的财政情况，作为户部主事的海瑞是看在眼里急在心里，可是他又不能有什么作为。因为他不过是户部的一个主事，平时根本无事可做。大政方针全部出自尚书、侍郎。若是没有什么特殊事情，像海瑞这样的主事甚至可以不去办公室办公。他们不过是日复一日的积累着做官的资本而已。
而作为但是最高统治者的嘉靖皇帝，虽然已经执政了将近40年。其主要的兴趣在于向神仙祈祷和寻觅道家的秘方以期长生不死。他住在紫禁城的别墅里，从不上朝。但我们却不能说他懒惰不理朝政。因为他除了不在公开的场合露面以外，对于朝廷大事仍然是乾纲独断，有时甚至还要干涉细节。他的喜爱虚荣和不能接受批评的性格举世无双，他只接触少数的佞臣，听到的是各种虚假的情况。当他发现大事败坏，就把昔日的一个亲信正法斩首，以推卸责任而平息舆论。这种做法使得廷臣但求自保而不去关心国家的利益。大臣对于嘉靖的批评是“心惑”、“苛断”、“情偏”。然而嘉靖对于这些意见置若罔闻，明明是为谀臣所蒙蔽，还自以为圣明如同尧舜。
海瑞自然不会像他的皇帝那样自欺欺人。在经过慎重的考虑之后，他直接上折把皇帝骂了一通。平时大臣们若是上书批评皇帝，通常只会批评皇帝的一项或几项政策或措施。而海瑞在奏折中不但否定了嘉靖皇帝所做的一切，还顺带批评了一下嘉靖皇帝的性格。
海瑞在他的奏章中指出，嘉靖皇帝是一个虚荣、残忍、自私、多疑和愚蠢的君主，但凡官吏贪污、役重税多、宫廷的无限浪费和各地盗匪的滋生，皇帝本人都应该直接负责。皇帝天天和方士们混在一起，但上天是不可能开口说话的，长生也只不过是陛下的黄粱美梦。然而奏章中最刺激的一句话，还是“盖天下之人不直陛下久矣”，意思是说普天之下的官员百姓，很久以来就认为你是不正确的了。
不过这一奏疏虽然极端尖辣，但海瑞还是谨守人臣的本分。在奏章海瑞告诉嘉靖皇帝，如果皇都本人能够真正的振作，选择合宜的道路，赴之以决心，那么他完全可以成为一个尧舜之君的。
嘉靖皇帝读完奏疏，其气愤的程度可想而知。据说他才读完奏疏就把奏疏摔到地上，嘴里叫着：“给我抓住这个人，不要让他跑了。”旁边的一个宦官为了平息皇帝的怒气，不慌不忙的启奏到：“陛下不必动怒伤了龙体，此人素有“痴名”，听说在上奏折之前就知道自己难逃一死，所以提前买好了棺材并召集家人诀别，他府上的仆从都已经吓的统统逃散了。这个人是不会跑的。”嘉靖听完以后长叹一声又把地上的奏疏捡了起来读了又读。
嘉靖皇帝暂时没有给海瑞任何的处罚，但是海瑞的奏章也被他扣了下来留中不发。嘉靖不能忘记这一奏疏，其中提到的事实是他无法回避的，可是这许多的事实在这以前从来没有人敢在他面前提起一丁点。嘉靖皇帝此时的情绪显得很矛盾。有时他将海瑞比作唐朝著名的直谏之臣魏征，有时他又痛骂海瑞：“那个畜生竟敢这么说我。”
此时嘉靖皇帝的身体已经欠佳，他甚至动了退位做太上皇的念头，可是本朝自开国以来从来无此先例，所以嘉靖最后还是放弃了此想法。1566年阳历2月，气愤难平的嘉靖还是命令锦衣卫把海瑞抓了起来，并命令刑部议罪。刑部最后觉得海瑞应该被处以绞刑，不过嘉靖这次又犹豫了，他没有批准刑部的奏折。
海瑞在监狱里待了十个月。一天他的饭菜突然换成了山珍海味，海瑞还以为自己大限已至，这是自己在人世间吃的最后一顿了，他神色不变，饮食如常。可狱卒进来对他说：“海大人，皇上已经龙御归天，新君不日即将即位。以海大人的声名出狱任职只是迟早的事。”海瑞听罢嚎啕大哭；号哭之余，继以呕吐。
1567年才登基即位的隆庆皇帝就遇到了一个难题，如何安排明星官员海瑞。海瑞的声望已经为整个帝国所公认，他当然是极端的廉洁，极端的诚实。但是从另外一个角度看，就是极端的粗线条，极端的喜欢吹毛求疵。遇事直来直去不懂的变通，古怪而不近人情。不论去哪里任职他肯定会用他的古怪标准来要求属下和上司。对他该如何分派成了上至皇帝下到文渊阁及吏部尚书的一个难题。看来比较稳妥的一个办法就是升官而不负实际的责任。于是在不长的时间内海瑞从六品官爬到了正四品官，任南京通政司右通政。但是我们的海大人岂是自甘寂寞的人，他是孔圣人的铁杆粉丝，是所谓伦理道德的坚决的信奉者。他对国家和人民具有高度的责任感。
于是1569年京察来临之际，海瑞的机会也来了。他又上了一道奏折。在奏折中说：陛下你既赦免了我的死罪还对我破格提拔，所以在所有的官员中，没有谁会比我更加迫切的想要报答陛下的恩情。可是自己才疏学浅，连现在的一个简单的文件处理工作都做不好，所以请陛下把我革退算了。
这样一封奏折让文渊阁为之一惊，没想到海瑞其实也是一个懂得变通之人。他明着是要求辞职，其实是要挟吏部官员：如果你们真的敢罢免我这样一个在全国有声望的，以直言诤谏而闻名天下的忠臣，那舆论是不会放过你们的，如果你们不敢罢免我，那就请你们分派给我能够实际负责的官职。
这一次文渊阁和吏部向海瑞低头了。不久之后海瑞就被任命为南直隶巡抚。南直隶是当时全国最为富饶的地区，也是最难治理的地区。文渊阁与吏部的用意昭然若揭，与海瑞此等古怪的脾气到哪里任职，不需要很长时间必然会引起不良的后果，不出所料，海瑞只坚持了8个月就惨遭弹劾被迫退休回家。
海瑞的新职一经公布，南直隶就炸了锅了。地方的官员知道自己无法与这位脾气古怪的上司公事，提早就做好准备，有关系有条件的调动了一下工作，没有关系的干脆直接辞职不干了。而南直隶境内的许多豪门大户把原本的红色的大门漆成黑色，更有甚者把原来坐的八抬大轿换成了四台。可以看出海瑞上任的时候声势之迅猛，足以使人震慑。
而海瑞也不负众望，上任伊始就颁布了他的“督抚条约”总共有三十六款。条约中规定：境内的成年男子一律从速结婚成家，不愿守节的寡妇应立即改嫁，溺杀婴孩一律停止。巡抚出巡各地，地方官不得出城迎接，但巡抚可以传讯地方的耆老听取他们的控诉。巡抚在各府先逗留，每天的伙食标准为纹银二钱至三钱，鸡肉、鱼肉都可供应但是不能供应鹅肉及黄酒。境内的公文今后一律使用廉价的纸张；过去公文都习惯在文后都有留白，今后一律废止。自条约公布之日起境内的若干奢侈品要停止制造。
从上面这些规定可以看出，海瑞为什么会被参劾有失巡抚体统。他管的太细了，连政府用什么纸都要管。而他最后的垮台跟他的这些苛刻的规定关系不大，最直接的原因是他干预了境内的土地所有权。
明朝建国初年，太祖皇帝曾严厉的打击了全国的大地主阶级，使得2000年来中国社会的根本问题——土地问题，得到了暂时的缓解。但是到了中叶以后这一问题所带来的矛盾又趋于尖锐。高利贷者放贷于农村的自耕农，利率极高，被迫借款者大多无力偿还。一旦借款的期限已到而又不能偿还，其所抵押的土地即为放款者所有。虽然政府明文规定利率不得超过三分，利息总数不得超过本金的一半，但是这种规定只不过是一纸空文从来都没有被认真的执行过。与上述规定同时，政府还规定了若是因不能按时偿还贷款而被贷方收走的土地，五年内原土地所有者可以按原价赎回土地，这也使事情变得更加复杂。
海瑞素来都有打击、限制富户过多占有土地，缩小贫富差距的愿望。这种愿望使他一往直前，义无反顾。当有农民来找他提出退田申请的时候，他毫不犹豫的受理了。
当时的南直隶境内为小户农民最为忌惮的就是徐阶一家。徐阶此人曾任过内阁首辅，后因政治打击高老还乡。他的家庭成员，据称多达几千，其所占有的土地总数众说纷纭，有的说是24万亩，有的说是40万亩。上述数字可能有所夸大，但是徐阶一家乃是一大家族，几代人未曾分家，放高利贷的时间也已颇为长久。海瑞这时又耍了点小花招，他没有直接传讯徐阶，而是把有关徐家的诉状一并封好后派人送给了徐阶，然后责成徐阶设法处理，最底限度要退田一半。徐阶最后接受了海瑞带有强迫性的要求。
徐阶于海瑞有救命之恩。当年海瑞上书的时候差一点就被处以绞刑，幸好时任首辅的徐阶将此事压置海瑞才得以保住了脑袋。但是徐阶退休回家后却对家里人的横行不法睁一眼闭一眼，根据当时的法令，官府可以追究他的刑事责任。海瑞强迫徐阶退田，并逮捕了他的弟弟徐陟，可谓是一举三得。一方面显示了他的执法不阿，一方面多少有点还徐阶人情的意思，还有一方面多少可以缓解百姓的不满情绪，体现了爱人以德的君子之风。这种兼顾公私的做法大大的提升了海瑞的威信。
如果海瑞就此打住，采取杀一儆百的方式。把徐家或其他几家有代表性的案件加以宣传，以使为富不仁、借富欺贫者有所戒惧，而不是对此类案件都一一追究，那么也许他最后会得以成功。但是我说的是如果。海瑞在处理了徐家的案件后越战越勇，热情一发不可收拾。他指定了每个月有几天专门受理此类案件。据他自己的文章中记载，他每天可以收到三千至四千件此类案件的禀帖，牵涉面之广令人瞠目结舌。豪气冲天的海瑞还浑然不知自己正以一己之力对抗整个社会的强大力量。
南直隶地区的农村大多种植水稻。整片田地因为地形和灌溉的原因被划为无数的小快，以适应当时的生产力条件。而各小块田之间又因为土地的肥瘠不同，买卖典当的事情常有发生，所以极少出现一个地主拥有连绵不断的耕地的现象。就是海瑞自己在海南岛的田产，据估计不到40亩却分成了93块，相去几里。这些复杂的情况使解决农田产权的问题变得更加复杂。
除此以外，利用高利贷去侵吞他人的田产的做法，在当时是一个普遍的社会现象，并不只有富户在做，一个农夫只要自己稍有积蓄，都会设法把钱借给自己的亲戚或邻居以获得利息，借方想要获得贷款必须要以自己的田产作为抵押。在开始的时候借贷双方的贫富程度可能相差不远，可是当借方急需这样的高利贷来饮鸩止渴而又难以自拔时，借方的田产即为贷方所接管。这种情形已经是一种社会风气，海瑞无法自拔的陷入了很多这样的纷争，孤军奋斗，逐使自己陷入了一个难以自拔的泥潭。
而在具体处理这些纠纷的时候海瑞又过于自信，师心自用。既没有对地方上的情形做过周密的考察，也没有宣布法律的准则，更没有设立专门的机构去调查案情、听取申辩以作出公正的裁决，海瑞的不能成功已不言自明。
当海瑞还在众多头绪纷杂的争执中苦苦挣扎的时候，吏部根据各种参劾海瑞的奏疏提出意见，说南直隶巡抚海瑞实为“志大才疏”应该调任闲曹。这情形是如此之微妙，一年前朝廷上下没有一人敢于非议这位全天下最正直的忠臣，一年之后他却成了众矢之的。一年前文渊阁和吏部还因为海瑞的抗议而对他另眼相看，一年后他们却建议皇帝让海瑞重新担任不负实际责任的官职。愤愤不平的海瑞终于在1570年春天被迫辞职回乡，在提出辞呈的奏疏中他痛斥“举朝之士，皆妇人也！”
被迫退休回家对于海瑞来说，是一种难于忍受的痛苦。这位正直、忠臣的官员，他的毕生的最大愿望，是按照圣贤的训示，以全部的精力为国尽忠和为民服务，而现在他的事业似乎走到了终点而他的愿望则不能达成，他心灵上的缺失是任何东西，任何人所不能补偿的。
海瑞于1585年再度被重新起用，他毫不犹豫的接受了这一任命，这一次他真的走到了他生命的终点和事业的最低点。
起用之初，他的职务是南京右佥都御史，不久升任南京吏部右侍郎。文渊阁把年近72的海瑞安排到南京做官可谓用意深远。因为从永乐皇帝迁都北京之后，南京就变为了所谓陪都。这里的一整套和北京一模一样的中央机构实际上是官员俱乐部，北京将一些官员安排来这里养老而已。
可是做事素来认真的海瑞这回又认真了。虽已年过古稀，直言进谏的雄风可是不减当年。才到南京吏部右侍郎任上，他就向当时的万历皇帝建议，要杜绝官员的贪污腐化，除了采用严刑峻法以外没有其他更好的办法了，他建议恢复但年太祖皇帝的法制，凡贪赃在八十贯都要处以剥皮实草的极刑。这一提议马上在朝廷上下造成了震动。
果然没过多久一位巡按南直隶的监察御史就上疏参劾海瑞。在奏疏中全盘否定了海瑞，说海瑞以圣人自诩，奚落孔孟，蔑视天子。最后还用海瑞自己的话来打击海瑞自己，说海瑞既骄且伪，说他被召复，不但不感谢皇恩浩荡，反而强调说他变卖了祖业才能置备朝服。这位御史负有视察学校的责任，他在奏疏中说，如果学校中任何生员敢于按照海瑞的方式待人接物，他将会停发此人的补贴并加以责打。
这位御史的奏疏马上在朝廷中掀起了一股争辩，一发不可收拾。最后逼的吏部也不得不对这场争辩提出自己的意见，说海瑞节操可风，只是近来关于剥皮实草的主张过于偏颇，“不协于公论”，所以不宜让他出任要职，但是可以保留南京吏部右都御使的职位，皇帝同意了吏部的建议。
海瑞虽然被挽留供职，但是他以前在朝廷中的影响被一扫而光，一位堂堂的忠谏之臣被皇帝称为“迂戆”，只是由于圣上的包容才未被去职，那他纵有真知灼见，但朝廷上下哪里还有他说话的份。由于失望而终于绝望，海瑞提出了七次辞呈，可是皇帝都没有批准。不过1587年年底，海瑞终于得以解脱，而北京吏部的官员因为海瑞的逝世也大大的松了一口气，因为他们再也用不着为如何安排这位管不住嘴到处惹是生非的官员而操心了。