BBQ(生物信息基础问题30)： IGV的使用小技巧

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各位老铁好~这次对IGV的用法进行进一步的学习和实战，这次的学习主要focus在一些使用技巧上面，一起学起来。

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在使用一个软件的时候，翻看说明书还是王道：http://software.broadinstitute.org/software/igv/UserGuide

userguide 目录

1. IGV Tools支持的文件类型与绘图方式；

绘图的文件

主要有bam ,cram,seg,bed.gtf.bigwig,bedgraph等文件。
通过IGV Tools我们可以载入FASTA文件作为参考序列；可以载入BAM文件读取比对信息；可以载入BED（一般是各种peak的注释信号）还可以载入GFF/GTF的基因注释文件；当然还有一些特殊格式比如mutation的数据等等。

2. 提供RNA-Seq的mapping测试数据；
   链接：https://pan.baidu.com/s/1nORmpD9DU6yK4zzmWan_lw 密码：orbz

IGV Tools设置Reads的排序方式；
点击rna_test.bam，右键 sort_alignments by ,点击 start location .其他的还有很多排序方式

sort_alignments by ----> start location

3. IGV Tools画Sashimi plot；

操作界面

Sashimi plot

4. 使用IGV Tools浏览公共数据；
   1：点击file
   2:load form ENCODE
   3:选择想要的数据，如以不同的细胞系的H3K4me3数据为例，然后导入（选的是peak文件哟~）

导入结果

我们可以从ENCODE上面导入不同的4中细胞的H3K4me3的文件，然后根据peaks的文件的位置，判断转录情况和组蛋白修饰。
补充一下，在细胞中,H3K4me3组蛋白修饰被发现呈现很高的丰度,并且在转录起始位点附近H3K4me3富集在激活的启动子上。是不是可以对照转录组的结果和ChIP的数据结果进行一起分析了呢？

此外，IGV还可以干很多事情，比如说motif的搜索，热图的可视化等等。欢迎和大家一起讨论学习呀~

Ref:
1:http://software.broadinstitute.org/software/igv/home
2:https://zhuanlan.zhihu.com/p/36856459