[2018-02-16读完]《再创世纪：合成生物学将如何重新创造自然和我们人类》读书摘录

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《再创世纪：合成生物学将如何重新创造自然和我们人类》[美]乔治·丘奇+艾德·里吉西.电子工业出版社.2017

只需要区区六种元素就能够创造出生命的大部分分子：S、C、H、P、O、N，这个字母组合 SCHPON的英语发音近似英语单词spawn，有产卵、再生和后代的意思。（p5）

一种名为 沙利度胺（thalidomide）的药物在1957-1961年间在欧洲范围内用于治疗孕妇的晨吐反应，而其另一种手性化合物则会在胎儿发育中造成严重的肢体畸形。（p11）

如果能将有用的多聚体的手性翻转，例如纤维素、羊毛和丝绸，就能够延缓其腐败的速度。（p11）

说得更极端一点，镜像细胞或镜像生物（完全由翻转手性的化合物组成）可能对所有的或几乎所有的寄生虫和猎食者都免疫，这可是极有价值的结果。（p12）

用拉丁文 levo（左）或字母L来表示左手型，而用拉丁文 dexter（右）或字母D来表示右手型。（p15）

巴斯德首先证明，外消旋的酒石酸盐会自动崩解为细小的晶体，他居然在显微镜下用镊子将这些晶体按照形状进行分类收集，然后将它们分别溶解在水中。结果发现，两种溶液的旋光方向正好相反。这种重要光学特性与分子的朝向无关，因为溶液中的分子具有各种可能的朝向。不仅如此，他还通过观察发现，从天然系统（如他的酿酒酵母）中来源的酒石酸都只具有两种手性中的一种，也就是左手型手性。（p18）

在汤姆·施内德（Tom Schneider）所维护的一个网页（http://www.fred.net/tds/leftdna）上，他专门展示了700多个刊登在主流媒体或公司手册上的具有错误手性的“幽默”DNA螺旋。（p21）

完全随机的RNA文库可以在高强度选择压力下筛查具有特定结合和催化功能的罕见分子。（p24）

一种茶碱分子（theophylline，常作为治疗哮喘和其他肺病的药物）可以与一种55个核苷酸长度的RNA结合，后者随茶碱浓度不同又会表现为两种不同的形态并具有两种不同的功能状态。（p24）

作为一个细胞，其实就是一个由DNA负责管理、由蛋白质和脂质作为主要组成要素，并且由ATP驱动的明确系统。（p38）

大肠杆菌是在1885年由德国儿科医生泰奥多·埃舍里希（Theodor Escheich）发现的，因此也以他的名字命名（大肠杆菌又称 埃希氏大肠杆菌）。（p38）

生殖支原体（ Mycoplasma genitalium）是一种现在已知能够被纯化培养的自然微生物中基因组最小的生物，仅有580,000对碱基，编码482个蛋白质。（p44）

在2007年，凡特的团队通过化学方法合成了生殖支原体完整的582,970对碱基的基因组（JCVI-1.0）。（p45）

将 丝状支原体（ M. mycoides）的基因组分离出来，然后移植到野生型的 山羊支原体（ M. capricolum）中。在一段时间内，同一个细胞里存在这两套不同的基因组。最终，新DNA被受体细胞所识别和接受，继而将自己转变为一个丝状支原体细菌。（p46）

使用 MAGE和 CAGE进行分治（p90）

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DNA折纸（DNA origami）（p91-93）

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裸鼹鼠（ Heterocephalus）两个最重要特征：长寿和抵抗癌症。（p95-96）

弓头鲸的寿命可以超过200年，是已知唯一一种寿命超过人类的哺乳动物，很可能也是地球上活得最久的哺乳动物。（p97）

两种伪科学运动： 李森科主义过分强调了环境影响、而 优生学则过分强调了基因的作用。（p100-101）

石油起源的 生物发生理论（biogenic theory）：石油来自于沉至海底的生物残骸，这些生命体也许是浮游植物、浮游动物或两者兼有。经历漫长的时间之后，浮游动物和/或浮游植物被埋压在不断增厚的岩石层下，由此形成了足够高的压力和温度，令残余的有机物质经历一系列化学反应后转变为原油中的碳氢化合物。（p114）

石油起源的 非生物发生理论（abiogenic theory）认为，构成石油的成分从一开始就存在，可以追溯到地球的形成时期。它们是行星本身的组成部分，从一开始就埋藏在地壳之下。（p115）

当一些包括大肠杆菌在内的菌种被注入血液中后，它们会自然地向肿瘤聚集，尤其是包括膀胱癌、脑癌和乳腺癌在内的实体肿瘤，它们之所以能够这么做，可能是受到肿瘤周围的血流干扰或其他一些微环境因素的吸引。（p140）

两种利用基因工程提高人类健康水平的方案：①制造能够潜入杀伤癌细胞的细菌，②打造出能够抵御特定疾病的定制抗体。（p142）

有史以来所有生物中具有最强抗辐射能力的非 耐辐射球菌（ Deinococcus radiodurans）莫属。（p159）

另几种抗辐射生物： 蛭形轮虫（ Bdelloid rotifer）、 嗜眠摇蚊（ Polypedilum vanderplanki）。（p160）

核转移克隆的流程：从待克隆动物的一个细胞中取出细胞核，转移到一个事先移除了细胞核的胚胎细胞（“去核”细胞）中，然后再将这个装上新细胞核的胚胎细胞植入的代孕母亲的子宫中。（p167）

研究者的退化之路：自己动手→买试剂→买试剂盒→买设备→买服务→买解读（p202）

所谓的工程师，一般都是与定义明确且可互换的现成部件、规格清单、系统方案等等打交道的。而遗传工程则恰恰相反，主要依靠的是碰运气一样的试错方法。相比真正意义上的工程学科而言，它更像是一门匠人的手艺活。（p202）

“合成生物学”这个术语是斯特芬·勒杜克（Stéphane Leduc）在他1912年的著作《合成生物学：关于生物物理的研究》（La biologie synthétique, étude de biophysique）中首次提出的。（p206）

这个领域很快就分成了6个不同的阵营：①利用重组DNA技术的代谢工程学，②仿生学和拟生学，③仿工程学的生物积块，④进化，⑤设备，⑥基因组工程学。（p206）

指数增长的科技（p208）：

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基因测序的公司（p214-215）：

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iGEM：国际遗传工程改造机器（international genetically engineered machine）（p233）

MIT标准生物学组件：parts.mit.edu（p245）

最初的人类基因组计划花了30亿美元对长度为30亿对碱基的人类基因组进行了测序，或者说每对碱基的平均成本为1美元。（p268）

“在法律允许的范围内，PersonalGenomes.org放弃与个人基因组计划参与者的遗传和特征数据有关的版权以及所有相关权利。”（p275）

史蒂文·平克（Steven Pinker）《我的基因组与我自己》（ My Genome, My Self），米沙·安格里斯特（Misha Anglist）《这是一个人类：写于个人基因组学的黎明》（ Here Is a Human Being: At the Dawn of Personal Genomics）。（p276-278）

灯塔水母（ Turritopsis nutricula）能够实现逆生长，它们能从性成熟的水母形态回归到相对年轻的水蛭形态，整个族群的这种生物都能够同步且快速地进行这种转变——尽管在野生环境下很难观察到。（p285）

海莉艾塔·拉克丝（Henrietta Lacks）是一名非洲裔的美国女性，1951年10月4日因宫颈癌死于巴尔的摩市的约翰·霍普金斯医院，时年31岁。出于癌症研究的目的，她的子宫颈细胞样本被采集和保留了下来，它们被命名为 海拉细胞（HeLa cell），即这位女性姓氏与名字前两个字母的组合。它们具有70至86条染色体（平均数目为82条，其中包括了各种残破、错联、删失和重复），而不是正常的23对共46条染色体（不同于海拉细胞染色体数目的不确定性，正常细胞的染色体数目是非常精确的）。此外，海拉细胞完全无法产生正常的人类组织。（p286）

在英国，2001年的人类生殖克隆法案（Human Reproductive Cloning Art）明令禁止了生育性克隆。但2008年的人类受孕与胚胎学法案（Human Fertilisation and Embryology Art）则废止了2001年的克隆法案，并允许对人类与动物的杂交胚胎进行克隆和实验。在美国，没有任何联邦法律禁止克隆，但在某些州中确实有这样的法律。（p287-288）