WEEK 3 Mass Spectrometry-Based Proteomics

Lecture 1 - Basics of Mass Spectrometry 1

Lecture 2 - Basics of Mass Spectrometry 2

Lecture 3 - Quantification in Proteomics

定量方法，特别强调了IBAQ。

Lecture 4 - Lab-Based Video - Proteomics Day 1

• 将两个样本跑SDS-PAGE根据分子量分离，之后考马斯亮蓝染色。
• 染色后的胶切成24个馏分。每个馏分装了一个EP管中。
• ammonium bicarbonate将胶条上的考马斯亮蓝洗掉，之后吸掉上清液
• acetyl nitrate硝酸乙酰酯将剩下的胶进行shrink
• DTT进行还原烷基化
• 胶内酶解成肽段，过夜

Lecture 5 - Lab-Based Video - Proteomics Day 2

• 用提取液提取肽段混合物
• 将肽段用40%的乙腈洗脱，放在C18的柱子上。而脂类和蛋白需要用60%及以上的乙腈洗脱。这时肽段会吸附在C18的柱子上。
• 之后将C18柱子用70%的乙腈再次洗脱。
• 肽段冻干
• 肽段过UPLC进行分离，之后被离子化，送质谱分析。在分析前要先进行标准蛋白的校准。
• 用ACN不同梯度的将肽段洗脱，送质谱分析，有保留时间。
• Thermo Excalibur软件看图像，top20或10。得到了Raw 文件

Lecture 6 - Lab-Based Video - Analysis

• Maxquant分析
• 选择无标定量的iBAQ分析作为定量指标。