建水盒子

1 MS（Materials Studio）

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2 VMD（Visual Molecular Dynamic）

 

 

 

 

 

 

 

 2.1 保存模型

 1 直接保存在当前目录下的psf 和pdb文件

 

 

 

 2 另存在其他路径下

(1) 

然后执行保存命令即可。

(2) 

 

 

（3）VMD文件转存为Lammps文件

 

 2.2 读取模型

（1）进入要读取模型的目录

（2）读取Lammps data文件

命令：

 

 （3）载入psf pdb模型

命令：mol load psf water30528.psf pdb water30528.pdb

2.3 TIP3P转TIP4P

将TIP3P模型导入（psf、pdb），转换成lammps data文件，然后执行以下命令给O和H赋值。

 

 原子赋值后，进行保存，分别保存psf、pdb和data。

2.4 两个模型合并

source combine.tcl #combine.tcl文件需要自己提前编写

 2.5 常用命令

（1）调整模型中原子位置

旋转：set all [atomselect top all]

          $all move [trans center {o o 28} axis y 90 deg]

 

          $all move [trans center {0 0 28} axis x 180 deg]

平移：$all move by {-20 0 0}

（2）查看电荷和质量：

命令:set all [atomselect top all]

        measure sumweights $all weight charge

        measure sumweights $all weight mass