Linux与生物信息（第一章——Linux常用命令）
（网易云课堂，腾讯课堂生物信息讲师，高级生物信息工程师）
第一章——Linux常用命令
1. 目录和文件管理
1.1目录相关
1.1.1 mkdir(make directory)
功能说明：建立目录
语 法：mkdir [-p]
参 数：-p 若所要建立目录的上层目录目前尚未建立，则会一并建立上层目录。
Example ：mkdirtestdir
mkdir -p newdir/childdir
1.1.2 rmdir(remove directory)
功能说明：删除（空）目录
补充说明：该命令只能删除空目录，若要删除非空目录，请使用rm –r dirname
语 法：rmdir [-p]
参 数：-p删除指定目录后，若该目录的上层目录已变成空目录，则将其一并删除。
Example ：rmdirtestdir
rmdir -p childdir
1.1.3 ls(list)
功能说明：列出目录内容
语 法：ls [-alhtr]
参 数：-a 显示目录下所有文件和目录（显示隐藏文件和目录）。
-l 显示文件/目录详细信息，每行显示一个文件/目录。
-h 文件大小按’K’，’M’，’G’，来显示（需要加 -l 参数）。
-t 用文件和目录的更改时间排序。
-r 反向排序
Example ：ls -a dirname
ls -lh dirname
ls -ltr dirname
补充说明：ll 并不是linux 下的基本命令，实际上是ls–l 的一个别名（缩写），别名可在~/.bashrc中使用alias定义，
如alias ll=’ls –l’
1.1.4 cd(change directory)
功能说明：切换目录
语 法：cd
Example ：cd /path/dirname/
特殊例子：cd / 转换到根目录
cd ~ 转换到家目录（即/home/yourname/）
cd ../ 转换到上一级目录
cd - 转换到上一次cd前所在的目录
1.1.5 pwd(print working directory)
功能说明：显示工作目录绝对路径
语 法：pwd
Example ：pwd
特殊目录的表示：
/ 根目录
~ 家目录
./ 当前目录
../ 上一级目录
特殊说明：linux 下以”.”开头的文件名为隐藏文件，使用ls -a时才会显示
1.2 文件处理
1.2.1 touch
功能说明：创建一个空文件或者更改文件修改时间
语 法：touch
Example ：touchnewfile 创建一个名为newfile的空文件
1.2.2 cp(copy)
功能说明：复制文件或目录
语 法：cp [-r]
参 数：-r/-R 将一个目录及目录内所有文件复制到另一个目录
Example ：cp file1file2 将file1复制并重命名为file2
cp file1 file2 dirname/ 将file1，file2复制到一个目录下
cp -r dir1 dir2 若dir2已存在，dir1复制到dir2下，若不存在，dir1复制并重命名为dir2
1.2.3 mv(move)
功能说明：移动或更名现有的文件或目录。
语 法：mv
Example ：mv file1file2 将file1重命名为file2
mv file1 file2 dirname/ 将file1，file2移动到dirname/目录下
mv dir1 dir2 若目录dir2已存在，dir1移动到dir2下，若dir2不存在，dir1移动并重命名为dir2
1.2.4 rm(remove)
功能说明：删除目录或文件
语 法：rm [-r]
参 数：-r/-R 删除目录和该目录下的所有文件
Example ：rm file1 [file2 …] 删除file1[file2 …]
rm -r dir1 [dir2 …] 删除dir1 [dir2 …] 目录及目录下所有文件
1.2.5 less
功能说明：查看文件内容
语 法：less [-SN]
参 数：-S 每行不显示长于屏幕宽度的字符（默认显示在下一行）
-N 显示行号
Example ：less -S file
less -SN file
补充说明：使用less 打开文件后，使用ctrl+u向上翻页，ctrl+d向下翻页，/pattern可以进行向下匹配查找，?pattern
可以进行向上匹配查找。使用“q”退出。
1.2.6 more
功能说明：显示文件内容
语 法：more
Example ：more file
补充说明：使用more 显示文件内容后，"enter"往下移动一行，使用空格键“space”向下翻页，使用“q”退出
1.2.7 head
功能说明：显示文件开头部分
语 法：head [-n]
参 数：-n
Example ：headfile 显示file文件的头10行的内容
head -n 100 file 显示file文件头100行的内容
1.2.8 tail
功能说明：显示文件末尾部分
语 法：tail [-n]
参 数：-n
Example ：tail file 显示file文件的末尾10行的内容
tail -n 100 file 显示file文件末尾100行的内容
1.2.9 cut
功能说明：显示文件每行指定范围的字符
语 法：cut [-cdf]
参 数：-c num1-num2，显示每行从开头算起第num1到num2的字符
-d 指定域分割符，默认“\t”
-f num1-num2，显示每行从开头算起第num1到num2的域
Example ：cut -c 1-10 file 显示文件file每行开头的10个字符
cut -f 1-10 file 显示文件file每行开头10列（以“\t”分割）
cut -d “ ” -f 2 显示文件file第二列（以空格分割）
1.2.10 cat（concatenate）
功能说明：将文件连接后显示到标准输出（或使用“>”重定向到其他文件）
语 法：cat [-n]
参 数：-n 在文件内容前加行号显示
Example ：catfile 将file文件的内容显示到屏幕。
cat -n file > newfile 将file内容加行号后重定向到newfile中。
cat file1 file2 > newfile 将file1和file2的内容重定向到newfile。
cat file1 file2 >> file 将file1和file2的内容追加到file文件的末尾。
cat > file
new word
生成file文件并将“new word”添加到文件中。
1.2.11 ln（link）
功能说明：链接目录或文件
语 法：ln [-s]
参 数：-s 对目标文件进行符号链接而非硬链接
Example ：ln -s file1 file2 将file1链接为file2（注：file2必须不存在）
ln -s file1 file2 dirname/ 将file1和file2链接到dirname/下