【生物信息笔记】Linux操作系统 (dry-1)

当我开始接触生物学之后发现这是个坑，是个洞，越走愈远，越来越黑，越来越危险。本科时期听说谁会提个RNA，DNA做个PCR那简直了（非985/非211NB Uni.），后来随着自己慢慢变老，接触了一系列生物学相关的实验，也开始慢慢了解了很多生物学理论，生物学理论简直是没有什么逻辑可言，但是实验验证讨论又要科学要有逻辑。然而昨天的理论很可能被今天的实验给推翻，因为今天的发现更科学更有逻辑。当然这些是建立在技术的不断更新上的，依靠很多其它的领域，单纯靠实验室里的白大褂们是搞不定的。数学家，物理学家，化学家，医学家，计算机学家，哲学家，etc，全都在帮助搞生物的家伙们。顿时发现，坑太深。如果你想在这个领域生存下去，你需要学太多，死板的生物学理论，数学，物理，化学，医学，计算机，哲学，MD这些你都得会，你会发现生物学家简直就是天才。太杂了，同样跟你抢饭碗的人也来自各个领域。

读博士课开始，接触到NGS测序，之前只知道ATGC碱基。NGS不就是次世代测序技术，快呗，测出全基因组每条染色体的序列。后来发现还有什么ChIP-seq，RNA-seq，CAGE，ATAC-seq，etc。

接触了这些之后又发现，不止是准备测序library（wet），你还要会分析测序数据（dry），这个可是个技术活，是个学科领域，我勒个去要学的太多啊，去年开始学R语言（参考：http://blog.sciencenet.cn/blog-81613-570484.html），Linux shell。（潮人=wet+dry）

我用了一年在实验室弄library（临床样品-优化实验条件-制备library），一年自学分析，不要指望别人，这把年纪了，没人愿意手把手教你，帮你分析都是为了作者，不是为了教你，信息都是自己淘来的，我打算这里开始整理自学生信的笔记（信息来自各种论坛贴吧文献书籍公众号，尽量cite到）。只有大家（和我一样的生物出身）都这么做们才能进步，砸掉那些靠这个吃饭的人的饭碗，知识需要共享，你我都有知情权！！！我学习生物信息的理念，也是被逼的！

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Linux是什么？

是操作系统（建议维基百科看详细介绍，此处重点），跟windows／Mac一样。也叫一种特殊软件。一个完整的操作系统包括内核和一些辅助软件。建议看看Linux的介绍了解它的历史，虽然没什么大用。

Shell是什么？（a program）

是用户与操作系统核心直接的媒介（中介）程序，理解为那些辅助软件。具体功能是作为用户的命令解释器，命令传达给shell然后它再翻译成内核可以理解的语言来完成执行操作。shell分为，图形界面shell和命令行shell两种。学生物的要学习后者！FUCK啊。

Linux中流行的bash则是命令行shell，Linux中也有图形界面的shell（x-window）。

sh，bash和dash区别？

他们都是脚本解释器（shell命令解释器）

参考 http://www.runoob.com/w3cnote/shell-quick-start.html

Sh是Bourne shell，POSIX（Portable Operating System Interface）标准的shell解释器，它的二进制文件路径通常是/bin/sh，由Bell Labs开发。

Bash是Linux平台内定的shell（命令解释器），还有很多传统UNIX上其它shell，如csh，ash，bsh，ksh，etc。

Dash比bash要简化，Linux里被更名为Dash，／bin／sh会指向它，达到更快的脚本执行速度。

如何知道自己的/bin/sh指向哪种解释器（bash 还是 dash）？

`ls -l /bin/*sh`命令查看：

1）在CnetOS里bin/sh是指向 bin/bash的，也有dash，可以通过

`sudo dpkg-reconfigure dash` 然后，图片配置菜单选择NO来修改；

2）在MacOS里不但自带了sh 和 bash这两个基本的shell命令解释器，还有一些不常用的解释器，都是单独的解释器（没有指向谁，也没有dash）如下（我用的是MacOS，打开你的终端输入命令查看下）：

ls -l /bin/*sh 

-r-xr-xr-x  1 root  wheel  626272 Mar 23 08:57 /bin/bash

-rwxr-xr-x  1 root  wheel  375632 Mar 23 08:57 /bin/csh

-r-xr-xr-x  1 root  wheel  1377872 Mar 23 08:57 /bin/ksh

-r-xr-xr-x  1 root  wheel  630464 Mar 23 08:57 /bin/sh

-rwxr-xr-x  1 root  wheel  375632 Mar 23 08:57 /bin/tcsh

-rwxr-xr-x  1 root  wheel  592656 Mar 23 08:57 /bin/zsh

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注释：

*sh ：表示一切带有sh的文件名；

／bin：binary，可执行文件，用户命令文件夹

Linux系统下的目录和含义：

酝酿中。。。

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接下来继续更新：shell脚本