一，gcc、make、makefile、cmake、cmakelists区别
1.gcc是GNU Compiler Collection（就是GNU编译器套件），也可以简单认为是编译器，它可以编译很多种编程语言（括C、C++、Objective-C、Fortran、Java等等）。
2.当你的程序只有一个源文件时，直接就可以用gcc命令编译它。
3.但是当你的程序包含很多个源文件时，用gcc命令逐个去编译时，你就很容易混乱而且工作量大
4.所以出现了make工具
make工具可以看成是一个智能的批处理工具，它本身并没有编译和链接的功能，而是用类似于批处理的方式—通过调用makefile文件中用户指定的命令来进行编译和链接的。
5.makefile是什么？简单的说就像一首歌的乐谱，make工具就像指挥家，指挥家根据乐谱指挥整个乐团怎么样演奏，make工具就根据makefile中的命令进行编译和链接的。
6.makefile命令中就包含了调用gcc（也可以是别的编译器）去编译某个源文件的命令。
7.makefile在一些简单的工程完全可以人工手下，但是当工程非常大的时候，手写makefile也是非常麻烦的，如果换了个平台makefile又要重新修改。
8.这时候就出现了Cmake这个工具，cmake就可以更加简单的生成makefile文件给上面那个make用。当然cmake还有其他功能，就是可以跨平台生成对应平台能用的makefile，你不用再自己去修改了。
9.可是cmake根据什么生成makefile呢？它又要根据一个叫CMakeLists.txt文件（学名：组态档）去生成makefile。
10.到最后CMakeLists.txt文件谁写啊？亲，是你自己手写的。
11.当然如果你用IDE，类似VS这些一般它都能帮你弄好了，你只需要按一下那个三角形。
二，makefile的使用
makefile的使用，网上有很多资料，就直接贴代码了：
LOCAL_PATH := $(call my-dir)
APP_CPPFLAGS := -fexceptions -frtti
#指定c++版本
APP_CPPFLAGS += -std=c++11
APP_CPPFLAGS +=-fpermissive
include $(CLEAR_VARS)
#添加本地动态依赖库
LOCAL_MODULE := crypto
LOCAL_SRC_FILES := libcrypto.so
include $(PREBUILT_SHARED_LIBRARY)
include $(CLEAR_VARS)
LOCAL_MODULE := gmp
LOCAL_SRC_FILES := libgmp.so
include $(PREBUILT_SHARED_LIBRARY)
include $(CLEAR_VARS)
LOCAL_MODULE := gmpxx
LOCAL_SRC_FILES := libgmpxx.so
include $(PREBUILT_SHARED_LIBRARY)
include $(CLEAR_VARS)
LOCAL_MODULE := ssl
LOCAL_SRC_FILES := libssl.so
include $(PREBUILT_SHARED_LIBRARY)
include $(CLEAR_VARS)
LOCAL_MODULE := emp_tool
LOCAL_SRC_FILES := libemp_tool.so
include $(PREBUILT_SHARED_LIBRARY)
ifeq ($(TARGET_ARCH_ABI),$(filter $(TARGET_ARCH_ABI), armeabi-v7a x86))
include $(CLEAR_VARS)
LOCAL_MODULE := mpc
# 遍历目录及子目录的函数
define walk
$(wildcard $(1)) $(foreach e, $(wildcard $(1)/*), $(call walk, $(e)))
endef
# 遍历src目录
ALLFILES = $(call walk, $(LOCAL_PATH)/src)
# 从所有文件中提取出所有.cpp文件
FILE_LIST += $(filter %.cpp, $(ALLFILES))
LOCAL_SRC_FILES := $(FILE_LIST:$(LOCAL_PATH)/%=%)
LOCAL_C_INCLUDES+=$(LOCAL_PATH)/include/mpc
LOCAL_C_INCLUDES+=$(LOCAL_PATH)/include/garble
LOCAL_SHARED_LIBRARIES := crypto gmp gmpxx ssl emp_tool
LOCAL_LDLIBS := -llog
LOCAL_ARM_NEON := true
include $(BUILD_SHARED_LIBRARY)
LOCAL_ALLOW_UNDEFINED_SYMBOLS := true
endif
三，CmakeLists:复杂的工程用CmakeLists，CmakeLists最终也是通过makefile形式进行编译的，但是灵活性比较大，可以根据不同的平台生成对应的makefile。
cmake_minimum_required(VERSION 3.4.1)
add_library( emp_tool
SHARED
src/main/cpp/src/backend.cpp
src/main/cpp/src/com_juzix_core_NativeCompute.cpp
src/main/cpp/src/Cpp2Jni.cpp
src/main/cpp/src/mpc_compare.cpp
src/main/cpp/src/mpc_sum.cpp
src/main/cpp/src/MPCAlgorithm.cpp
src/main/cpp/src/MPCAlgorithmFactory.cpp
src/main/cpp/src/MPCUtil.cpp)
#设置emp_tool语言
#SET_TARGET_PROPERTIES(emp_tool PROPERTIES LINKER_LANGUAGE C)
#添加头文件
include_directories( src/main/cpp/include/garble
src/main/cpp/include/relic
src/main/cpp/include
)
#添加加密工具(md5, base64, des, aes , asa) des加密 part-2
add_library(crypto SHARED IMPORTED)
set_target_properties(crypto
PROPERTIES IMPORTED_LOCATION
${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/main/jniLibs/${ANDROID_ABI}/libcrypto.so)
#添加ssl
add_library(ssl SHARED IMPORTED)
set_target_properties(ssl
PROPERTIES IMPORTED_LOCATION
${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/main/jniLibs/${ANDROID_ABI}/libssl.so)
#添加gmp
add_library(gmp SHARED IMPORTED)
set_target_properties(gmp
PROPERTIES IMPORTED_LOCATION
${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/main/jniLibs/${ANDROID_ABI}/libgmp.so)
#添加gmpxx
add_library(gmpxx SHARED IMPORTED)
set_target_properties(gmpxx
PROPERTIES IMPORTED_LOCATION
${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/main/jniLibs/${ANDROID_ABI}/libgmpxx.so)
#添加relic库
add_library(relic_s STATIC IMPORTED)
set_target_properties(relic_s
PROPERTIES IMPORTED_LOCATION
${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/main/jniLibs/${ANDROID_ABI}/librelic_s.a)
find_library(
log-lib
log )
target_link_libraries(
emp_tool
crypto
ssl
gmp
gmpxx
relic_s
${log-lib})
#设置SO库指定输出路径
#set(CMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/src/main/jniLibs/${ANDROID_ABI})。
四：问题：
1，has no member named XXX
出现这种情况分为三种，一种是调用了系统的本身的库，却找不到该方法（如std:toString() ，std:move()等函数），这个时候就是用到了当前环境下不匹配的C++版本。std:toString()要c++11才开始支持。解决办法就是如果是cmakelists就直接在gradle文件中配置一下：
cppFlags"-std=c++11"
如果是makefile就在AndroidApplication.mk文件中配置：APP_STL:=c++_static
另外一种情况就是c和c++混编的时候，需要加#ifdef__cplusplus
extern"C"{
#endif
......//函数声明......
#ifdef__cplusplus
}
#endif
这个就是告诉编译器，这里的函数是c的语言函数。
第三种情况就是引入的头文件顺序问题，检查头文件的引入。
2，当使用JNI传输很多数据时会出现JNI ERROR (app bug): local reference table overflow (max=512)的崩溃异常
原因：
当线程从 Java 环境切换到 native code 上下文时（J2N），JVM 会分配一块内存，创建一个 Local Reference 表，这个表用来存放本次 native method 执行中创建的所有的 Local Reference。每当在 native code 中引用到一个 Java 对象时，JVM 就会在这个表中创建一个 Local Reference。比如我们调用 NewStringUTF() 在 Java Heap 中创建一个 String 对象后，在 Local Reference 表中就会相应新增一个 Local Reference。
运行 nativemethod 的线程的堆栈记录着 Local Reference 表的内存位置，Local Reference 表中存放 JNI Local Reference，实现 Local Reference 到 Java 对象的映射。
native method 代码间接访问 Java 对象。通过线程堆栈中的记录着 Local Reference 表的内存位置的指针定位相应的 Local Reference 的位置，然后通过相应的 Local Reference 映射到 Java 对象。
当 nativemethod 引用一个 Java 对象时，会在 Local Reference 表中创建一个新 Local Reference。在 Local Reference 结构中写入内容，实现 Local Reference 到 Java 对象的映射。
native method 调用 DeleteLocalRef() 释放某个 JNI Local Reference 时，首先通过线程堆栈中的记录着 Local Reference 表的内存位置的指针定位相应的 Local Reference 在 Local Ref 表中的位置，然后从 Local Ref 表中删除该 Local Reference，也就取消了对相应 Java 对象的引用（Ref count 减 1）。
当越来越多的 LocalReference 被创建，这些 Local Reference 会在 Local Ref 表中占据越来越多内存。当 Local Reference 太多以至于 Local Ref 表的空间被用光，JVM 会抛出异常，从而导致 JVM 的崩溃。
产生Local Reference的操作有：
1.FindClass
2.NewString/ NewStringUTF/NewObject/NewByteArray
3.GetObjectField/GetObjectClass/GetObjectArrayElement
4.GetByteArrayElements和GetStringUTFChars
解决方法：
在native method中引用完java对象后及时调用env->DeleteLocalRef方法手动释放本地引用
如果native method返回java对象就不需要手动release，因为java会自动回收
但通过JNI传递对象数组时，由于需要在一个for循环中将C++对象数组成员中的每一个元素通过SetObjectField与java对象的元素进行对应，并调用SetObjectArrayElement将对象添加到数组中，期间可能会不断生成local reference，但是不能在循环中手动release，最终引起local reference内存泄露，因此针对与这种情况可以将对象数组分批传递