RDKit | 基于scikit-learn将pytorch用于QSAR模型构建

将PyTorch用于深度学习框架。PyTorch非常灵活，并且有很多文章将其用于实现。

利用scikit-learn一样调用fit来训练pytorch模型，使用skorch可以使训练过程变得简单。

skorch

skorch 一个基于pytorch封装兼容scikit-learn的神经网络库

 

skorch 安装

pip install skorch

 

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QSAR模型构建

导入库

import os
from rdkit import Chem
from rdkit import RDPaths
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import DataStructs
import numpy as np

 

trainsdf = os.path.join(RDPaths.RDDocsDir, 'Book/data/solubility.train.sdf')
testsdf =  os.path.join(RDPaths.RDDocs